Особенности структуры генома токсигенного штамма Vibrio cholerae El Tor Инаба, выделенного в 2014 г. из открытого водоема в Ростове-на-Дону

Проведено полногеномное секвенирование ДНК штамма Vibrio cholerae 81 биовара Эль Тор серовара Инаба, выделенного в 2014 г. из воды реки Темерник на территории Ростова-на-Дону в июле 2014 г. Установлено присутствие в его геноме гибридного профага CTX, содержащего ген ctxB классического типа (аллель ctxB1 ) и гена rstR типа Эль Тор, гена tcpA с мутациями в кодирующей и промоторной областях (аллель tcpET^CIRS ), а также наличие null-мутации в гене rtxA (аллель rtxA4 ) и протяженной делеции в пределах острова пандемичности VSP-II. Все эти особенности характерны для геновариантов холерных вибрионов, которые обладают повышенным эпидемическим потенциалом и в последние годы вытесняют типичных представителей данного биовара.

Vibrio cholerae, геноварианты, профаг CTX, RTX-кластер, остров пандемичности, genovariants, CTX prophage, RTX-cluster, pandemicity island

1. Агафонов Д.А., Заднова С.П., Лозовский Ю.В., Смирнова Н.И. Конструирование ПЦР-тест-системы для дифференциации генетически измененных токсигенных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор с разным эпидемическим потенциалом. Пробл. особо опасных инф. 2014; 2:85-8.

2. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин М.Б., Сучков И.Ю., Мишанькин Б.Н. Вариабельные тандемные повторы, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio cholerae. Биотехнология. 2001; 6:85-8.

3. Водопьянов С.О., Сучков И.Ю., Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С. База данных «Холера. Штаммы - VNTR». Свидетельство о государственной регистрации № 2007620389.

4. Лабораторная диагностика холеры: МУК 4.2.2218-07. М.; 2007.

5. Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С., Ломов Ю.М. Мультилокусное VNTR-типирование культур холерных вибрионов, выделенных в г. Казань во время вспышки холеры летом 2001 года. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2003; 6:11-5.

6. Смирнова Н.И., Агафонов Д.А., Заднова С.П., Черкасов А.В., Кутырев В.В. Алгоритм идентификации токсигенных генетически измененных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2014; 2:36-46.

7. Смирнова Н.И., Горяев А.А., Заднова С.П., Краснов Я.М., Лозовский Ю.В., Кутырев В.В. Генетическая характеристика клинических штаммов Vibrio cholerae, завезенных на территорию Российской Федерации в современный период. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2011; 3:3-10.

8. Смирнова Н.И., Горяев А.А., Кутырев В.В. Эволюция генома возбудителя холеры в современный период. Мол. генет., микробиол. и вирусол. 2010; 4:11-9.

9. Смирнова Н.И., Заднова С.П., Агафонов Д.А., Шашкова А.В., Челдышова Н.Б., Черкасов А.В. Сравнительный молекулярно-генетический анализ мобильных элементов природных штаммов возбудителя холеры. Генетика. 2013; 49(9):1036-47.

10. Шашкова А.В., Агафонов Д.А., Черкасов А.В., Заднова С.П., Смирнова Н.И. Фенотипический и молекулярно-генетический анализ генетически измененного токсигенного штамма Vibrio cholerae 301 биовара Эль Тор, изолированного в 2011 г. в России. Пробл. особо опасных инф. 2012; 4(114):61-4.

11. Dolores J., Satchell K.J.F. Analysis of Vibrio cholerae genome sequences reveals unique rtxA variants in environmental strains and an rtxA null-mutation in recent altered El Tor isolates. mBio. 2013; 4(2):e00624-12.

12. Dutta N.K., Habbu M.K. Experimental cholera in infant rabbits: a method for chemotherapeutic investigation. Brit. J. Pharmacol. 1955; 10(2):153-9.

13. Hasan N.A., Choi S.Y., Eppinger M., Clark P.W., Chen A., Alam M., Haley B.J., Taviani E., Hine E., Su Q., Tallon L.J., Prosper J.B., Furth K., Hoq M.M., Li H., Fraser-Liggett C.M., Cravioto A., Huq A., Ravel J., Cebula T.A., Colwell R.R. Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2012; 109:E2010-17.

14. Lin W., Fullner K.J., Clayton R., Sexton J.A., Rogers M.B., Calia K.E., Calderwood S.B., Fraser C., Mekalanos J.J. Identification of a Vibrio cholerae RTX toxin gene cluster that is tightly linked to the cholera toxin prophage. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999; 96(2):1071-6.

15. Nair G.B., Qadri F., Holmgren J., Svennerholm A.-M., Safa A., Bhuiyan N.A., Ahmad Q.S., Faruque S.M., Faruque A.S.G., Takeda Y., Sack D.A. Cholera due to altered El Tor strains of Vibrio cholerae O1 in Bangladesh. J. Clin. Microbiol. 2006; (44):4211-3.

16. Nusrin S., Gil A.I., Bhuiyan N.A., Safa A., Asakura M., Lanata C.F., Hall E., Miranda H., Huapaya B., Vargas C.G., Luna M.A., Sack D.A., Yamasaki S., Nair G.B. Peruvian Vibrio cholerae O1 El Tor strains possess a distinct region in the Vibrio seventh pandemic island-II that differentiates them from the prototype seventh pandemic El Tor strains. J. Med. Microbiol. 2009; 58(3):342-54.

17. Safa A., Nair G.B., Kong R.Y. Evolution of new variants of Vibrio cholerae O1. Trends Microbiol. 2010; 18:46-54.