Сравнительный анализ секвенированных образцов вируса Zaire Ebolavirus из Гвинейской Республики

В 2013-2015 гг. в Западной Африке зарегистрирована крупнейшая в истории эпидемия лихорадки Эбола, вызванная вирусом вида Zaire ebolavirus. Из Гвинейской Республики вирус быстро распространился на соседние страны. В статье представлены результаты сравнительного анализа трех геномов Zaire ebolavirus, кДНК которых получена из клинического материала от больных лихорадкой Эбола с лабораторно подтвержденным диагнозом на территории Гвинейской Республики в 2014 г. Полученные нуклеотидные последовательности геномов позволили установить их филогенетическую близость к определенным вариантам, представленным в базе данных NCBI GenBank. Общий филогенетический анализ с использованием репрезентативной выборки показал два направления эволюционного развития генома от одного исходного предка. Первая ветвь эволюции представлена относительно небольшим числом изолятов Zaire ebolavirus, получивших распространение в Гвинее. Второе, наиболее многочисленное направление эволюции, вызвано 4 вариантами генома Zaire ebolavirus, которые первоначально начали выделяться в конце мая - начале июня 2014 г. в Сьерра-Леоне. За короткий период времени они охватили территорию Сьерра-Леоне, Гвинеи и Либерии.

геном возбудителя БВВЭ, лихорадка Эбола, секвенирование, филогенетический анализ, Гвинейская Республика, Западная Африка, EVD agent genome, Ebola fever, sequencing, phylogenetic analysis, Republic of Guinea, West Africa

1. Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности: МУ 1.3.2569-09. М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора; 2010. 51 с.

2. Baize S., Pannetier D., Oestereich L., Rieger T., Koivogui L., Magassouba N’Faly, Soropogui B., Sow M.S., Keïta S., Clerck H., Tiffany A., Dominguez G., Loua M., Traoré A., Kolié M., Malano E.R., Heleze E., Bocquin A., Mély S., Raoul H., Caro V., Cadar D., Gabriel M., Pahlmann M., Tappe D., Schmidt-Chanasit J., Impouma B., Diallo A.K., Formenty P., Van Herp M., Günther S. Emergence of Zaire Ebola virus disease in Guinea. N. Engl. J. Med. 2014; 371:1418-25.

3. Ebihara H., Takada A., Kobasa D., Jones S., Neumann G., Theriault S., Bray M., Feldmann H., Kawaokaet Y. Molecular determinants of Ebola virus virulence in mice. PLoS Pathog. 2006; 2(7):e73.

4. Ebola response roadmap - Situation report. http://www.who.int/csr/disease/ebola/situation-reports/en. (дата обращения 12.08.2015).

5. Gire S.K., Goba A., Andersen K.G., Sealfon R.S., Park D.J., Kanneh L., Jalloh S, Momoh M., Fullah M., Dudas G., Wohl S., Moses L.M., Yozwiak N.L., Winnicki S., Matranga C.B., Malboeuf C.M., Qu J., Gladden A.D., Schaffner S.F., Yang X., Jiang P.P., Nekoui M., Colubri A., Coomber M.R., Fonnie M., Moigboi A., Gbakie M., Kamara F.K., Tucker V., Konuwa E., Saffa S., Sellu J., Jalloh A.A., Kovoma A., Koninga J., Mustapha I., Kargbo K., Foday M., Yillah M., Kanneh F., Robert W., Massally J.L., Chapman S.B., Bochicchio J., Murphy C., Nusbaum C., Young S., Birren B.W., Grant D.S., Scheiffelin J.S., Lander E.S., Happi C., Gevao S.M., Gnirke A., Rambaut A., Garry R.F., Khan S.H., Sabeti P.C. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science. 2014; 345(6202):1369-72.

6. Huang Y., Xu L., Sun Y., Nabel G.J. The assembly of Ebola virus nucleocapsid requires virion-associated proteins 35 and 24 and posttranslational modification of nucleoprotein. Mol. Cell. 2002; 10:307-16.

7. Kuhn J.H., Andersen K.G., Baize S., Bào Y., Bavari S., Berthet N., Blinkova O., Brister J.R., Clawson A.N., Fair J., Gabriel M., Garry R.F., Gire S.K., Goba A., Gonzalez J.P., Günther S., Happi C.T., Jahrling P.B., Kapetshi J., Kobinger G., Kugelman J.R., Leroy E.M., Maganga G.D., Mbala P.K., Moses L.M., Muyembe-Tamfum J.J., N’Faly M., Nichol S.T., Omilabu S.A., Palacios G., Park D.J., Paweska J.T., Radoshitzky S.R., Rossi C.A., Sabeti P.C., Schieffelin J.S., Schoepp R.J., Sealfon R., Swanepoel R., Towner J.S., Wada J., Wauquier N., Yozwiak N.L., Formenty P. Nomenclature- and database-compatible names for the two Ebola virus variants that emerged in Guinea and the Democratic Republic of the Congo in 2014. Viruses. 2014; 6(11):4760-99.

8. Park D.J., Dudas G., Wohl S., Goba A., Whitmer S.L., Andersen K.G., Sealfon R.S., Ladner J.T., Kugelman J.R., Matranga C.B., Winnicki S.M., Qu J., Gire S.K., Gladden-Young A., Jalloh S., Nosamiefan D., Yozwiak N.L., Moses L.M., Jiang P.P., Lin A.E., Schaffner S.F., Bird B., Towner J., Mamoh M., Gbakie M., Kanneh L., Kargbo D., Massally J.L., Kamara F.K., Konuwa E., Sellu J., Jalloh A.A., Mustapha I., Foday M., Yillah M., Erickson B.R., Sealy T., Blau D., Paddock C., Brault A., Amman B., Basile J., Bearden S., Belser J., Bergeron E., Campbell S., Chakrabarti A., Dodd K., Flint M., Gibbons A., Goodman C., Klena J., McMullan L., Morgan L., Russell B., Salzer J., Sanchez A., Wang D., Jungreis I., Tomkins-Tinch C., Kislyuk A., Lin M.F., Chapman S., Maclnnis B., Matthews A., Bochicchio J., Hensley L.E., Kuhn J.H., Nusbaum C., Schieffelin J.S., Birren B.W., Forget M., Nichol S.T., Palacios G.F., Ndiaye D., Happi C., Gevao S.M., Vandi M.A., Kargbo B., Holmes E.C., Bedford T., Gnirke A., Stroher U., Rambaut A., Garry R.F., Sabeti P.C. Ebola virus Epidemiology, Transmission, and Evolution during Seven Months in Sierra Leone. Cell. 2015; 161(7):1516-26.

9. Sanchez A., Kiley M.P., Holloway B.P., Auperin D.D. Sequence analysis of the Ebola virus genome: organization, genetic elements, and comparison with the genome of Marburg virus. Virus Res. 1993; 29(3):215-40.

10. Simon-Loriere E., Faye O., Faye O., Koivogui L., Magassouba N., Keita S., Thiberge J.M., Diancourt L., Bouchier C., Vandenbogaert M., Caro V., Fall G., Buchmann J.P., Matranga C.B., Sabeti P.C., Manuguerra J.C., Holmes E.C., Sall A.A. Distinct lineages of Ebola virus in Guinea during the 2014 West African epidemic. Nature. 2015; 524(7563):102-4.

11. Volchkov V.E., Becker S., Volchkova V.A., Ternovoj V.A., Kotov A.N., Netesov S.V., Klenk H.-D. GP mRNA of Ebola virus is edited by the Ebola virus polymerase and by T7 and Vaccinia virus polymerases. Virology. 1995; 214:421-30.