Preview

Проблемы особо опасных инфекций

Расширенный поиск

Высокоэффективное xMAP-мультиплексирование для обнаружения и идентификации геморрагических лихорадок, включая Эбола

https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-3-94-97

Полный текст:

Аннотация

Разработан олигонуклеотидный суспензионный биочип на основе технологии xMAP для лабораторной диагностики возбудителей особо опасных вирусных инфекций - филовирусов Эбола и Марбург и аренавирусов Ласса, Хунин и Мачупо. Предложенный подход позволяет детектировать до 100 вирусных геном-эквивалентов в пробе. Чувствительность и специфичность олигонуклеотидного биочипа составляет 100 % при использовании лабораторных панелей положительных и отрицательных образцов. Полученные результаты показывают, что xMAP-мультиплексирование для обнаружения и идентификации тропических геморрагических лихорадок, включая Эбола, не уступает по чувствительности традиционному методу ОТ-ПЦР в реальном времени и может быть использовано для оценки вирусной нагрузки, а также в будущем может быть легко расширено как для анализа новых вирусных агентов, так и для выявления критических мутаций в вирусных геномах.

Об авторах

В. А. Терновой
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»; Томский государственный университет
Россия


А. В. Семенцова
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


Е. В. Чуб
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


О. В. Пьянков
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


В. Б. Локтев
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»; Институт цитологии и генетики СО РАН; Новосибирский государственный университет
Россия


А. П. Агафонов
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


Список литературы

1. Рудзевич Т.Н., Терновой В.А., Казачинская Е.И., Разумов И.А., Чепурнов А.А., Локтев В.Б., Нетесов С.В. Выявление антигенных детерминант на N-конце белка VP35 вируса Эбола с помощью коротких рекомбинатных фрагментов этого белка. Мол. генет., микробиол. и вирусол. 2003; 2:38-41.

2. Чепурнов A.A., Терновой В.А., Даданева А.А., Дмитриев И.П., Сизикова Л.П., Волчков В.Е., Кудоярова Н.М., Рудзевич Т.Н., Нетесов С.В. Иммунобиологические свойства белка VP24 вируса Эбола, экспрессируемого в рекомбинантном вирусе осповакцины. Вопр. вирусол. 1997; 42(3):115-20.

3. Ambrosio A., Saavedra M., Mariani M., Gamboa G., Maiza A. Argentine hemorrhagic fever vaccines. Hum. Vaccin. 2011; 7:694-700.

4. Charrel R.N., de Lamballerie X. Zoonotic aspects of arenavirus infections. Vet. Microbiol. 2010; 140:213-20.

5. Chepurnov A.A., Ternovoy V.A., Tuzova M.N., Chernukhin I.V. Suppressive effect of Ebola virus on T cell proliferation in vitro is provided by a 125-kDa GP viral protein. Immunology Lett. 1999; 68:257-61.

6. Hastie K.M., Kimberlin C.R., Zandonatti M.A., MacRae I.J., Saphire E.O. Structure of the Lassa virus nucleoprotein reveals a dsRNA-specific 39 to 59 exonuclease activity essential for immune suppression. Proc. Nat. Acad. Sci USA. 2011; 108:2396-01.

7. Irizarry R.A., Bolstad B.M., Collin F., Cope L.M., Hobbs B., Speed T.P. Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data. Nucleic Acids Res. 2003; 31(4):e15.

8. Keller K.L., Iannone M.A. Multiplexed microspherebased flow cytometric assays. Exp. Hematol. 2002; 30:1227-37.

9. Moraz M.L., Kunz S. Pathogenesis of arenavirus hemorrhagic fevers. Expert Rev. Anti Infect. Ther. 2011; 9(1):49-59.

10. Racsa L.D., Kraft C.S., Olinger G.G., Hensley L.E. Viral Hemorrhagic Fever Diagnostics. Clin Infect Dis. 2015, DOI: 10.1093/cid/civ792.

11. Sanchez A., Geisbert T.W., Feldmann H. Filoviridae: Marburg and Ebola viruses. In: Knipe DM, Howley PM, eds. Fields virology. Philadelphia: Lippincott Williams & Wilkins; 2006. P. 1409-48.

12. Volchkov V.E., Becker S., Volchkova V.A., Ternovoj V.A., Kotov A.N., Netesov S.V., Klenk H.D. GP mRNA of Ebola virus is edited by the Ebola virus polymerase and by T7 and vaccinia virus polymerases. Virology. 1995; 214:421-30.

13. Volchkov V.E., Chepurnov A.A., Volchkova V.A., Ternovoj V.A., Klenk H.-D. Molecular characterization of guinea pig-adapted variants of Ebola virus. Virology. 2000; 277:147-55.

14. Wu Z., Irizarry R.A., Gentleman R., Martinez M.F. A model based background adjustment for oligonucleotide expression arrays. J. Am. Stat. Assoc. 2004; 99:909-17.

15. Wood W.I., Gitschier J., Lasky L.A., Lawn R.M. Base composition-independent hybridization in tetramethylammonium chloride: a method for oligonucleotide screening of highly complex gene libraries. Proc. Natl. Acad. Sci USA. 198; 2(6):1585-88.


Для цитирования:


Терновой В.А., Семенцова А.В., Чуб Е.В., Пьянков О.В., Локтев В.Б., Агафонов А.П. Высокоэффективное xMAP-мультиплексирование для обнаружения и идентификации геморрагических лихорадок, включая Эбола. Проблемы особо опасных инфекций. 2015;(3):94-97. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-3-94-97

For citation:


Ternovoy V.A., Sementsova A.V., Chub E.V., P’Yankov O.V., Loktev V.B., Agafonov A.P. Highly Effective xMAP Multiplex Assay for the Detection and Identification of Hemorrhagic Fever Agents, Including Ebola Virus. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2015;(3):94-97. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-3-94-97

Просмотров: 314


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)
ISSN 2658-719X (Online)