Типирование Yersinia pseudotuberculosis с помощью мультилокусного анализа вариабельного числа тандемных повторов
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-4-55-57
Аннотация
Проведена оценка эффективности используемого для дифференциации и кластеризации штаммов чумного микроба метода MLVA25 в отношении возбудителя псевдотуберкулеза, а также поиск штаммов Y. pseudotuberculosis наиболее филогенетически близких Yersinia pestis с помощью варианта этого метода с использованием не 25, а 14 VNTR локусов. При сравнительном исследовании 71 изолята Y. pseudotuberculosis и пяти штаммов Y. pestis вариантами метода MLVA25 и MLVA14 выявлено 75 и 54 генотипа соответственно. Штаммам псевдотуберкулезного микроба отдельных сероваров соответствовали определенные MLVA типы. По данным MLVA14, наиболее близкими к чумному микробу из 221 исследованного штамма Y. pseudotuberculosis оказались представители кластеров, включающих изоляты псевдотуберкулезного микроба MLST типов ST19 (серовар O:3) и ST43 (серовар O:1b).
Об авторах
В. В. Евсеева
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
М. Е. Платонов
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
С. В. Дентовская
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
А. П. Анисимов
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии
Россия
Россия
Список литературы
1. Blouin Y., Platonov M.E., Pourcel C., Evseeva V.V., Afanas’ev M.V., Balakhonov S.V., Anisimov A.P., Vergnaud G. Draft genome sequences of two Yersinia pseudotuberculosis ST43 (O:1b) strains, B-7194 and B-7195. Genome Announc. 2013; 1(4):e00510-13. DOI: 10.1128/genomeA.00510-13.
2. Bogdanovich T. Use of O-antigen gene cluster-specific PCRs for the identification and O-genotyping of Yersinia pseudotuberculosis and Yersinia pestis. J. Clin. Microbiol. 2003; 41:5103-12.
3. Hulton C.S., Higgins C.F., Sharp P.M. ERIC sequences: a novel family of repetitive elements in the genomes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium and other enterobacteria. Mol. Microbiol. 1991; 5(4):825-34.
4. Ishiguro N., Nakaoka Y., Sato G., Tsubokura M. Plasmid DNA relatedness among different serogroups of Yersinia pseudotuberculosis. J. Clin. Microbiol. 1985; 21(4):662-5.
5. Laukkanen-Ninios R., Didelot X., Jolley K.A., Morelli G., Sangal V., Kristo P., Brehony C., Imori P.F., Fukushima H., Siitonen A., Tseneva G., Voskressenskaya E., Falcao J.P., Korkeala H., Maiden M.C., Mazzoni C., Carniel E., Skurnik M., Achtman M. Population structure of the Yersinia pseudotuberculosis complex according to multilocus sequence typing. Environ. Microbiol. 2011; 13(12):3114-27. DOI: 10.1111/j.1462-2920.2011.02588.x.
6. Le Flèche P., Hauck Y., Onteniente L., Prieur A., Denoeud F., Ramisse V., Sylvestre P., Benson G., Ramisse F., Vergnaud G. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of Yersinia pestis and Bacillus anthracis. BMC Microbiol. 2001; 1:2.
7. Li Y., Cui Y., Hauck Y., Platonov M.E., Dai E., Song Y., Guo Z., Pourcel C., Dentovskaya S.V., Yang R., Vergnaud G. Genotyping and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci. PLoS ONE. 2009; 4(6):e6000.
8. Makino S., Okada Y., Maruyama T., Kaneko S., Sasakawa C. PCR-based random amplified polymorphic DNA fingerprinting of Yersinia pseudotuberculosis and its practical applications. J. Clin. Microbiol. 1994; 32(1):65-9.
9. Niskanen T., Fredriksson-Ahomaa M., Korkeala H. Yersinia pseudotuberculosis with limited genetic diversity is a common finding in tonsils of fattening pigs. J. Food Prot. 2002; 65(3):540-5.
10. Odaert M., Berche P., Simonet M. Molecular typing of Yersinia pseudotuberculosis by using an IS200-like element. J. Clin. Microbiol. 1996; 34(9):2231-5.
11. Platonov M.E., Blouin Y., Evseeva V.V., Afanas'ev M.V., Pourcel C., Balakhonov S.V., Vergnaud G., Anisimov A.P. Draft genome sequences of five Yersinia pseudotuberculosis ST19 isolates and one isolate variant. Genome Announc. 2013; 1(2):e0012213. DOI: 10.1128/genomeA.00122-13.
12. Platonov M.E., Evseeva V.V., Svetoch T.E., Efremenko D.V., Kuznetsova I.V., Dentovskaya S.V., Kulichenko A.N., Anisimov A.P. Phylogeography of Yersinia pestis vole strains isolated from natural foci of the Caucasus and South Caucasus. Mol. Genet. Microbiol. Virol. 2012; 27(3):108-11.
13. Stewart C.-B. The powers and pitfalls of parsimony. Nature. 1993; 361(6413):603-7.
14. Voskresenskaya E., Savin C., Leclercq A., Tseneva G., Carniel E. Typing and clustering of Yersinia pseudotuberculosis isolates by restriction fragment length polymorphism analysis using insertion sequences. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(6):1978-89. DOI: 10.1128/JCM.00397-14.
15. Voskressenskaya E., Leclercq A., Tseneva G., Carniel E. Evaluation of ribotyping as a tool for molecular typing of Yersinia pseudotuberculosis strains of worldwide origin. J. Clin. Microbiol. 2005; 43(12):6155-60.
Рецензия
Для цитирования:
Евсеева В.В., Платонов М.Е., Дентовская С.В., Анисимов А.П. Типирование Yersinia pseudotuberculosis с помощью мультилокусного анализа вариабельного числа тандемных повторов. Проблемы особо опасных инфекций. 2015;(4):55-57. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-4-55-57
For citation:
Evseeva V.V., Platonov M.E., Dentovskaya S.V., Anisimov A.P. Yersinia pseudotuberculosis Typing Using Multi-Locus Variable-Number Tandem Repeat Analysis . Problems of Particularly Dangerous Infections. 2015;(4):55-57. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-4-55-57
Просмотров: 610
Послать статью по эл. почте 