Опыт использования филогенетического анализа в эпидемиологическом расследовании случая заражения ВИЧ-инфекцией

Цель. Расследование криминального случая заражения ВИЧ-инфекцией с использованием молекулярно-генетического анализа образцов плазмы крови предполагаемого источника инфекции и реципиента для определения вероятности наличия эпидемиологической связи между ними. Материалы и методы. Проведены генотипирование и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей вариантов ВИЧ-1, выделенных от пациентов исследуемой группы и группы сравнения с помощью современных молекулярно-генетических методов. Построение филогенетического дерева и расчет генетической дистанции проводились путем анализа 36 образцов. Результаты и выводы. Варианты вируса, выделенные в исследуемых образцах, относятся к субтипу А ВИЧ-1. Проведенный филогенетический анализ показал, что нуклеотидные последовательности исследуемых образцов достоверно группируются на филогенетическом дереве, образуя общий кластер, отличный от образцов группы сравнения. Расчет генетической дистанции свидетельствует, что генетическая близость между образцами исследуемой группы выше, чем между образцами исследуемой группы и группы сравнения. С помощью филогенетического анализа было показано, что штаммы, полученные от предполагаемого источника инфекции и реципиента, генетически более близки друг с другом, чем со штаммами из группы сравнения. В связи с этим можно с большой долей уверенности утверждать о вероятности наличия эпидемиологической связи между ними.

заражение ВИЧ-инфекцией, эпидемиологическое расследование, филогенетический анализ, генетическая дистанция, группа сравнения, infection with HIV, epidemiological investigation, phylogenetic analysis, genetic distance, control group

1. Нешумаев Д.А., Татьянина Е.А., Малышева М.А., Шевченко Н.М., Кокотюха Ю.А., Мейрманова Е.М., Виноградова М.Н., Уланова Т.И., Загрядская Ю.Е. Опыт совместного использования филогенетического анализа и определения давности инфицирования при расследовании внутрибольничного заражения ВИЧ-инфекцией. В кн.: Матер. VIII Всерос. конф. с междунар. участ. «Молекулярная диагностика - 2014». М.; 2014. Т. 1. С. 64-5.

2. Сандырева Т.П., Герасимова Н.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Куевда Д.А., Шипулин Г.А., Подымова А.С. Филогенетический анализ в эпидемиологических расследованиях случаев ВИЧ-инфекции. Эпидемиол. и инф. бол. 2014; 1:17-21.

3. Сандырева Т.П., Герасимова Н.А., Подымова А.С. Молекулярно-генетические методы в системе эпидемиологической диагностики ВИЧ-инфекции. В кн.: Матер. VIII Всерос. конф. с междунар. участ. «Молекулярная диагностика - 2014». М.; 2014. Т. 1. С. 41-2.