Пути оптимизации синтеза олигонуклеотидов при производстве препаратов для генной диагностики особо опасных инфекционных болезней


https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-3-90-94

Полный текст:


Аннотация

Цель работы. Изучение влияния активатора, окислителя и деблокирующего раствора на количественный выход олигонуклеотидов при производстве тест-системы для выявления ДНК Vibrio cholerae (ctxA+) методом полимеразной цепной реакции «ГенХол».

Материалы и методы. В качестве объекта исследований были выбраны праймеры ctx2 и ctx3, входящие в состав «Тест-системы для выявления ДНК Vibrio cholerae (ctxA+) методом полимеразной цепной реакции «ГенХол». Для проведения исследований использовали экспериментальные составы растворов для деблокирования, активатора и окислителя и «стандартные» растворы, рекомендованные производителем ООО «Биоссет». Специфическую активность синтезированных праймеров ctx2 и ctx3 проверяли с использованием трех штаммов V. cholerae 569B, M-1298, 158 и E. coli 12226 О-55, готовили бактериальную суспензию возбудителей с конечной концентрацией 1·103 – 1·101 м.к./мл. ДНК выделяли методом нуклеосорбции в присутствии гуанидинизотиоцианата.

Результаты и вывод. Показана возможность оптимизации производства генодиагностических препаратов путем увеличения выхода олигонуклеотидов при фосфорамидитном синтезе за счет использования в качестве деблокирующего раствора 3 % дихлоруксусной кислоты в дихлорметане и окислителя – 0,1 М раствор йода в уксусной кислоте и пиридине в соотношении 1:9. Применение таких реагентов увеличивает выход конечного продукта (праймеров) на 6 и 95 % соответственно. Использование усовершенствованной технологии синтеза позволит снизить затраты на дорогостоящие импортные реагенты и повысить количество выпускаемых генодиагностических препаратов для детекции особо опасных патогенов.


Об авторах

А. В. Степанов
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия

Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46



Н. В. Майоров
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46


Н. А. Осина
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46


А. К. Никифоров
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46


Список литературы

1. А ралов А. В., Чахмахчева О. Г. Защитные группы в химическом синтезе олигорибонуклеотидов. Биоорг. химия. 2013; 39(1):3–25. DOI: 10.7868/S0132342313010028.

2. Г айдышев И. Анализ и обработка данных: специальный справочник. Санкт-Петербург: Питер; 2001. 752 с.

3. Beucage S.L., Caruthers M.H. Deoxynucleoside phosphoramidites – A new class of key intermediates for deoxypolynucleotide synthesis. Tetrahedron Lett. 1981; 22(20):1859–62. DOI: 10.1016/S0040-4039(01)90461-7.

4. Ellington A., Pollard Jr. J.D. Current Protocols in Molecular Biology. Unit 2.11 Synthesis and Purification of Oligonucleotides. 1998. P. 2.11.1–2.11.25. DOI: 10.1002/0471142727.mb0211s42.

5. Ferretti L., Karnik S.S., Khorana H.G., Nassal M., Oprian D.D. Total synthesis of a gene for bovine rhodopsin. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1986; 83:599–603. DOI: 10.1073/pnas.83.3.599.

6. Kaplan B.E., Itakura K. 2-DNA Synthesis on Solid Supports and Automation. In: Synthesis and Applications of DNA and RNA. Academic Press; 1987. P. 9–45. DOI: 10.1016/B978-0-12-514030- 0.50007-4.

7. Song F., Krull U.J. Selectivity of hybridization controlled by the density of solid phase synthesized DNA probes on glass substrates. In: Optical waveguide sensing and imaging. Springer Science and Business Media; 2008. P. 195–210. DOI: 10.1007/978-1-4020- 6952-9_8.

8. Wang C., Trau D. A portable generic DNA bioassay system based on in situ oligonucleotide synthesis and hybridization detection. Biosens. Bioelectron. 2011; 26(5):2436–41. DOI: 10.1016/j.bios.2010.10.028.

9. White H.A. Manual Oligonucleotide Synthesis Using the Phosphoramidite Method. New Nucleic Acid Techniques. Methods Mol. Biol. 1988; 4:193–213. DOI: 10.1385/0-89603-127-6:193.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Степанов А.В., Майоров Н.В., Осина Н.А., Никифоров А.К. Пути оптимизации синтеза олигонуклеотидов при производстве препаратов для генной диагностики особо опасных инфекционных болезней. Проблемы особо опасных инфекций. 2016;(3):90-94. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-3-90-94

For citation: Stepanov A.V., Mayorov N.V., Osina N.A., Nikiforov A.K. Approaches to Optimization of Oligonucleotide Synthesis during Manufacturing of Preparations for Gene Diagnostics of Particularly Dangerous Infectious Diseases. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2016;(3):90-94. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-3-90-94

Просмотров: 176

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)