КОНСТРУИРОВАНИЕ ДНК-ЧИПА ДЛЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ОСНОВНОГО И НЕОСНОВНЫХ ПОДВИДОВ И БИОВАРОВ ОСНОВНОГО ПОДВИДА YERSINIA PESTIS
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2017-2-32-35
Аннотация
Цель исследования: разработка ДНК-чипа для дифференциации штаммов Y. pestis основного и неосновных подвидов и биоваров основного подвида. Материалы и методы. Анализ эффективности разработанного способа проведен на 62 штаммах Y. pestis разных подвидов и биоваров, выделенных в природных очагах России, ближнем и дальнем зарубежье. Результаты и выводы. Выбраны ДНК-мишени, рассчитаны праймеры и зонды, оптимизирована методика подвидовой и биоварной дифференциации штаммов Y. pestis с помощью ДНК-чипа. Использование ДНК-чипа с мишенями «Med24», «glpD(-93)» и «45» позволяет проводить быструю дифференциацию штаммов основного и неосновных подвидов и биоваров основного подвида по наличию и отсутствию сигнала флуоресценции по специфическим для основного подвида и его биоваров ДНК-мишеням.
Об авторах
К. А. Никифоров
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Д. В. Уткин
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Л. М. Куклева
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Г. А. Ерошенко
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Список литературы
1. Одиноков Г.Н., Павлова А.И., Анисимова Л.В., Ерошенко Г.А., Кутырев В.В. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов и возбудителя псевдотуберкулеза методом полимеразной цепной реакции. Патент на изобретение RUS 2425891. Опубл. 10.08.2010.
2. Одиноков Г.Н., Павлова А.И., Ерошенко Г.А., Кутырев В.В. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного подвида средневекового и античного биоваров методом полимеразной цепной реакции. Патент на изобретение № 2496882. Опубл. 27.10.2013 г., бюл. № 30.
3. Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I–IV групп патогенности. МУ 1.3.2569–09. М.; 2009. 31 с.
4. Bos K.I., Herbig A., Sahl J., Waglechner N., Fourment M., Forrest S.A., Klunk J., Schuenemann V.J., Poinar D., Kuch M., Golding G.B., Dutour O., Keim P., Wagner D.M., Holmes E.C., Krause J., Poinar H.N. Eighteenth century Yersinia pestis genomes reveal the long-term persistence of an historical plague focus. Elife. 2016; 5:e12994. DOI: 10.7554/eLife.12994.
5. Jin D.Z., Xu X.J., Chen S.H., Wen S.Y., Ma X.E., Zhang Z., Lin F., Wang S.Q. Detection and identification of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 and Vibrio cholerae O139 using oligonucleotide microarray. Infect. Agent Cancer. 2007; 2:23. DOI: 10.1186/1750-9378-2-23.
6. Marcy Y., Cousin P.Y., Rattier M., Cerovic G., Escalier G., Béna G., Guéron M., McDonagh L., le Boulaire F., Bénisty H., Weisbuch C., Avarre J.C. Innovative integrated system for real-time measurement of hybridization and melting on standard format microarrays. Biotechniques. 2008; 44(7):913–20. DOI: 10.2144/000112758.
7. Motin V.L., Georgescu A.M., Elliott J.M., Hu P., Worsham P.L., Ott L.L., Slezak T.R., Sokhansanj B.A., Regala W.M., Brubaker R.R., Garcia E. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR–based IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol–3–phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184 (4):1019–27. DOI: 10.1128/jb.184.4.1019-1027.2002.
8. Tomioka K., Peredelchuk M., Zhu X., Arena R., Volokhov D., Selvapandiyan A., Stabler K., Mellquist-Riemenschneider J., Chizhikov V., Kaplan G., Nakhasi H., Duncan R. A multiplex polymerase chain reaction microarray assay to detect bioterror pathogens in blood. J. Mol. Diagn. 2005; 7(4):486–94. DOI: 10.1016/S1525-1578(10)60579-X.
9. Wagner D.M., Klunk J., Harbeck M., Devault A., Waglechner N., Sahl J.W., Enk J., Birdsell D.N., Kuch M., Lumibao C., Poinar D., Pearson T., Fourment M., Golding B., Riehm J.M., Earn D.J., Dewitte S., Rouillard J.M., Grupe G., Wiechmann I., Bliska J.B., Keim P.S., Scholz H.C., Holmes E.C., Poinar H. Yersinia pestis and the Plague of Justinian 541–543 AD: a genomic analysis. Lancet Infect. Dis. 2014; 14:319–26. DOI: 10.1016/S1473-3099(13)70323-2.
10. World Health Organization. Plague. Fact sheets № 267. http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs267/en/. Дата обращения: 22.06.2016.
Рецензия
Для цитирования:
Никифоров К.А., Уткин Д.В., Куклева Л.М., Ерошенко Г.А. КОНСТРУИРОВАНИЕ ДНК-ЧИПА ДЛЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ОСНОВНОГО И НЕОСНОВНЫХ ПОДВИДОВ И БИОВАРОВ ОСНОВНОГО ПОДВИДА YERSINIA PESTIS. Проблемы особо опасных инфекций. 2017;(2):32-35. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2017-2-32-35
For citation:
Nikiforov K.A., Utkin D.V., Kukleva L.M., Eroshenko G.A. CONSTRUCTION OF A DNA-MICROARRAY FOR DIFFERENTIATION BETWEEN THE MAIN AND NON-MAIN SUBSPECIES AND BIOVARS OF THE MAIN SUBSPECIES OF YERSINIA PESTIS. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2017;(2):32-35. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2017-2-32-35
Просмотров:
748
Послать статью по эл. почте 