Молекулярно-генетические и фенотипические особенности штаммов возбудителя чумы, выделенных во Вьетнаме

Цель работы состояла в изучении фенотипических, молекулярно-генетических особенностей и полногеномном секвенировании штаммов Y. pestis, выделенных во Вьетнаме. Материалы и методы. В работе изучены фенотипические и генотипические особенности 20 штаммов возбудителя чумы, выделенных в разных провинциях Вьетнама. Проведен SNP-анализ этих штаммов, секвенированы геномы 8 штаммов Y. pestis. Результаты и выводы. По результатам изучения дифференциальных биохимических признаков все изученные штаммы отнесены к восточному биовару основного подвида возбудителя чумы, что подтверждено наличием маркерной для восточного биовара indel мутации – делеции размером 93 п.н. в гене glpD. Изучен плазмидный состав штаммов. На основании проведенного секвенирования геномов и SNP-анализа установлена принадлежность 19 из 20 изученных штаммов к филогенетической линии 1.ORI2v, родственной штаммам, выделенным в провинции Юньнань в Китае, что свидетельствует об их общем происхождении. Найден маркерный SNP и разработан способ SNP‑типирования штаммов 1.ORI2v из Вьетнама.

возбудитель чумы, очаги чумы Вьетнама, штаммы, филогения

1. Ерошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Павлова А.И., Краснов Я.М., Шавина Н.Ю., Гусева Н.П., Виноградова Н.А., Кутырев В.В. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2012; 3:25–35.

2. Касьян А.Ф., Дао Суан Винь, Бобров А.Г. Характеристика некоторых биологических свойств штаммов возбудителя чумы, циркулирующих во Вьетнаме. В кн.: Экологические и эпизоотологические аспекты чумы во Вьетнаме. М.-Хошимин-Буонматхуот; 2003. С 96–8.

3. Куклев Е.В., Куклева Л.М., До Тхунг. Характеристика штаммов чумного микроба, выделенных на плато Тайнгуйен (Вьетнам) в 1990 году. В кн.: Тропцентр-91. М.; 1992. С. 253–5.

4. Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., редакторы. Лабораторная диагностика особо опасных инфекционных болезней. М.: ЗАО «Шико»; 2013. 560 с.

5. Слудский А.А., Ли Тхи Ви Хыонг, Касьян А.Ф., Данг Туан Дат, Матросов А.Н., Дао Суан Винь, Майоров Н.В., Сунцов В.В. Современная эпидемическая активность антропогенных очагов чумы на плато Тайнгуен. В кн.: Экологические и эпизоотологические аспекты чумы во Вьетнаме. М.-Хошимин-Буонматхуот; 2003. С. 10–2.

6. Сулейменов Б.М., Дао Суан Винь, Касьян А.Ф., До Тхунг, Нгуен Ай Фыонг. Энзоотия и эпизоотия чумы. Алматы: Эверо; 2015. 514 с.

7. Сунцов В.В., Сунцова Н.И., Матросов А.Н., Кузнецов А.А., Данг Туан Дат, Лыонг Тхи Мо, Слудский А.А., Куклев Е.В., Тарасов М.А., Касьян И.А., Майоров Н.В., Астахова Т.С. Антропоургические очаги чумы во Вьетнаме: прошлое и настоящее. Пробл. особо опасных инф. 2014; 4:29–35.

8. Сучков И.Ю., Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Арутюнов Ю.И., Шишияну М.В., Мишанькин Б.Н. VNTR-генотипы в коллекции природных штаммов Yersinia pestis из республики Вьетнам. В кн.: Современные технологии в диагностике особо опасных инфекционных болезней. Саратов; 2003. С. 177–80.

9. Филиппов А.А., Солодовников Н.С., Куклева Л.М., Проценко О.А. Изучение плазмидного состава штаммов возбудителя чумы из разных природных очагов. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 1992; 3:10–3.

10. Шведун Г.П., Савостина Е.П., Можаров О.Т., Плотников О.П. Плазмидный спектр штаммов чумного микроба из Вьетнама. В кн.: Актуальные проблемы профилактики особо опасных и природно-очаговых инф. болезней. Саратов; 1994. С. 173.

11. Cavanaugh D., Dangerfield H., Hunter D., Joy J., Marshall J., Quy D., Vivona S., Winter E. Some observations on the current plague outbreak in the Republic of Vietnam. Amer. J. Public. Health. 1968; 58(4):42–52.

12. Guiyoule A., Grimont F., Iteman I., Grimont P., Lefèvre M., Carniel E. Plague pandemics ivestigated by ribotyping of Yersinia pestis strains. J. Clin. Microbiol. 1994; 32(3):634–41.

13. Kado C., Liu S. Rapid procedure for detection and isolation of large and small plasmids. J. Bacteriol. 1981; 145(3):365–73.

14. Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M., Feldkamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R., Lichtner P., Rahalison L., Petersen J.M., Balloux F., Keim P., Wirth T., Ravel J., Yang R., Carniel E., Achtman M. Yersinia pestis genome sequencing dentifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140–3. DOI: 10.1038/ng.705.

15. Motin V., Georgescu A., Elliott J., Hu P., Worsham P., Ott L., Slezak T., Sokhansanj B., Regala W., Brubaker R., Garcia E. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR-based IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184 (4):1019–27.

16. Pham H., Dang D., Tran Minh N., Nguyen N., Nguyen T. Correlates of environmental factors and human plague: an ecological study in Vietnam. Intern. J. Epidemiol. 2009; 38(6):1634–41. DOI: 10.1093/ije/dyp244.

17. Spyrou M., Tukhbatova R., Feldman M., Drath J., Kacki S., Beltrán de Heredia J., Arnold S., Sitdikov A., Castex D., Wahl J., Gazimzyanov I., Nurgaliev D., Herbig A., Bos K., Krause J. Historical Y. pestis Genomes Reveal the European Black Death as the Source of Ancient and Modern Plague Pandemics. Cell Host Microbe. 2016; 19(6):874–81. DOI: 10.1016/j.chom.2016.05.012.

18. Velimirovic B. Investigations on the epidemiology and control of plague in South Vietnam. Zentralbl. Bakteriol. Orig. A. 1974; 228(4):482–532.