Вариабельность генов cef токсигенных и нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae О1

Аннотация

Целью исследования явился сравнительный биоинформационный анализ генов и белков Cef (CHO cell elongating factor) холерных вибрионов О1 серогруппы. Материалы и методы. В работе использовано 36 штаммов Vibrio cholerae О1 из коллекции Ростовcкого противочумного института. Секвенирование ДНК проводили на платформе MiSeq (Illumina), для идентифицации генов и анализа использовали программы BioEdit 7.2.5, BLASTN 2.2.29, BLASTP, MEGA 7, Vector NTI Advance 11. Результаты и выводы. Полученные данные подтвердили достаточно высокую консервативность Cef у холерогенных штаммов (несущих гены холерного токсина ctxAB в составе интегрированного в геном профага CTX): все они содержали близкородственные прототипные аллели cefС или cefЕ1. Аллель Е1 обнаружена также у ctxAB– штаммов, содержащих профаг pre-CTX, и всего у одного лишенного обоих профагов. У остальных CTX–/pre-CTX– вибрионов идентифицировано четыре новых, ранее не описанных варианта Cef, два из которых (Е2 и Е3), принадлежащие штаммам, выделенным в России, оказались уникальными, тогда как для двух других (Е4 и Е5) в NCBI были найдены полные гомологи. При этом в группу носителей cefЕ4 попали несколько штаммов, вызывавших у людей тяжелые холероподобные заболевания. Поскольку Cef является одним из факторов патогенности/персистенции холерных вибрионов, мы полагаем, что сохранение в процессе естественного отбора его измененных вариантов несет определенный биологический смысл с точки зрения возможного приобретения ими свойств, существенных для реализации возбудителями как патогенетического, так и персистентного потенциала.