Разработка алгоритма MLST-типирования пандемических и предпандемических штаммов Vibrio cholerae биовара эльтор
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-1(107)-58-61
Аннотация
Проведено молекулярное типирование пандемических и предпандемических штаммов холерного вибриона методом мультилокусного секвенирования. Применение двух схем MLST, основанных на сиквенсе генов, связанных с вирулентностью, и генов жизнеобеспечения, показало большую эффективность последней в дифференциации штаммов, выделенных до начала и в период 7-й пандемии холеры.
Ключевые слова
616.932:616-093/-098
Об авторах
А. В. Осин
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
Россия
Я. М. Краснов
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
Россия
Н. П. Гусева
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
Россия
Н. И. Смирнова
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия
Россия
Список литературы
1. Смирнова Н.И., Нефедов К.С., Осин А.В., Ливанова Л.Ф., Краснов Я.М. Изучение распространенности регуляторных генов, контролирующих экспрессию генов вирулентности, среди штаммов Vibrio cholerae биовара эльтор с разным пандемическим потенциалом. Мол. генет. 2007; 1:15-22.
2. Balakrish Nair, Ashrafus Safa, Bhuiyan N. A., Suraia Nusrin, Denise Murphy, Carolyn Nicol et al. Isolation of Vibrio cholerae O1 strains similar to pre-seventh pandemic El Tor strains during an outbreak of gastrointestinal disease in an island resort in Fiji. J. Med. Microbiol. 2006; 55:1559-62.
3. Dziejman M., Balon E., Boyd D., Fraser C.M., Heidelberg J.F., Mekalanos J.J. Comparative genomic analysis of Vibrio cholerae: genes that correlate with cholera endemic and pandemic disease. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002; 99(3):1556-61.
4. Garg P., Aydanian A., Smith D., Morris J.G., Balakrish Nair G., Stine O.C. Molecular epidemiology of O139 Vibrio cholerae: mutation, lateral gene transfer, and founder flush. Emer. Infec. Diseases. 2003; 9(7):810-4.
5. Grim C.J., Hasan N.A., Taviani E., Haley B., Chun J., Brettin T.S. et al. Genome sequence of hybrid Vibrio cholerae O1 MJ-1236, B-33, and CIRS101 and comparative genomics with V. cholerae. J. Bacteriol. 2010; 192(13):3524-33.
6. MLST-Home: Multi Locus Sequence Typing [Internet] Available from: http://www.mlst.net [cited 17 Jun 2010].
7. Jolley K.A., Feil E.J., Chan M.S., Maiden M.C. Sequence type analysis and recombinational tests (START). Bioinformatics. 2001; 17:1230-1.
8. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment. Briefings in Bioinformatics. 2004; 5:150-63.
9. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977; 74:5463-7.
Рецензия
Для цитирования:
Осин А.В., Краснов Я.М., Гусева Н.П., Смирнова Н.И. Разработка алгоритма MLST-типирования пандемических и предпандемических штаммов Vibrio cholerae биовара эльтор. Проблемы особо опасных инфекций. 2011;(1(107)):58-61. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-1(107)-58-61
For citation:
Ossin A.V., Krasnov Y.M., Guseva N.P., Smirnova N.I. Elaboration of the Algorithm of MLST-Typing of Pandemic and Pre-Pandemic V. cholerae El Tor strains. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2011;(1(107)):58-61. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-1(107)-58-61
Просмотров: 511
Послать статью по эл. почте 