Системная биология Yersinia pestis
Аннотация
Разработанные в последние годы методы -омик (протеомика, геномика, транскриптомика и др.) существенно изменили подход к изучению молекулярной биологии бактериальных патогенов. В настоящее время исследования могут проводиться на уровне полного генома, что дает возможность одновременно оценивать различные компоненты (белки, нуклеиновые кислоты, метаболиты, липиды и т.д.). Эта работа требует постоянного взаимодействия специалистов по многим дисциплинам для интеграции биологии, инструментального анализа и компьютерных наук. Исследования на основе мультиомик были осуществлены при анализе системной биологии Y. pestis . Полученные обобщенные наборы данных позволили внести уточнения в аннотации геномов, выявить новые потенциальные факторы вирулентности, построить регуляторные сети и создать интерактивную компьютерную модель метаболизма.
Ключевые слова
Yersinia,
системная биология,
чума,
исследования на основе -омик,
моделирование,
Yersinia,
systems biology,
plague,
omics research,
modeling
Список литературы
1. Doll J.M., Zeitz P.S., Ettestad P., Bucholtz A.L., Davis T., Gage K. Cat-transmitted fatal pneumonic plague in a person who traveled from Colorado to Arizona. Am. J. Trop. Med. Hyg. 1994; 51:109–14.
2. Motin V.L., Georgescu A.M., Elliott J.M., Hu P., Worsham P.L., Ott L.L., Slezak T.R., Sokhansanj B.A., Regala W.M., Brubaker R.R., Garcia E.Genentic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR-based IS100 genotyping and analysis of structural genes endocing glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184:1019–27.
3. Onishenko G.G., Kutyrev V.V., editors. Natural plague foci in the Caucasis, Caspian Sea Region, Middle Asia and Siberia. Moscow: Medicine; 2004. 192 p.
4. Burrows T.W., Bacon G.W. V and W antigens in strains of Pasteurella pseudotuberculosis. Brit. J. Exp. Pathol. 1960; 41:38–44.
5. Fowler J.M., Brubaker R.R. Physiological basis of the low calcium response in Yersinia pestis. Infect. Immun. 1994; 62: 5234–41.
6. Schrimpe-Rutledge A.C., Jones M.B., Chauhan S., Purvine S.O., Sanford J.A., Monroe M.E., Brewer H.M., Payne S.H., Ansong C., Frank B.C., Smith R.D., Peterson S.N., Motin V.L., Adkins J.N. Comparative omics-driven genome annotation refinement: application across Yersiniae. PLoS One. 2012; 7(3):e33903.
7. Achtman M., Zurth K., Morelli G., Torrea G., Guiyoule A., Carniel E. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1999; 96:14043–8.
8. Chain P.S., Carniel E., Larimer F.W., Lamerdin J., Stoutland P.O., Regala W.M., Georgescu A.M., Vergez L.M., Land M.L., Motin V.L., Brubaker R.R., Fowler J., Hinnebusch J., Marceau M., Medigue C., Simonet M., Chenal-Francisque V., Souza B., Dacheux D., Elliott J.M., Derbise A., Hauser L.J., Garcia E. Insights into the evolution of Yersinia pestis through whole-genome comparison with Yersinia pseudotuberculosis. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2004; 101:13826–31.
9. Motin V.L., Georgescu A.M., Fitch J.P., Gu P.P., Nelson D.O., Mabery S.L., Garnham J.B., Sokhansanj B.A., Ott L.L., Coleman M.A., Elliott J.M., Kegelmeyer L.M., Wyrobek A.J., Slezak T.R., Brubaker R.R., Garcia E. Temporal global changes in gene expression during temperature transition in Yersinia pestis. J. Bacteriol. 2004; 186:6298–6305.
10. Ansong C., Schrimpe-Rutledge A.C., Mitchell H.D., Chauhan S., Jones M.B., Kim Y.M., McAteer K., Deatherage Kaiser B.L., Dubois J.L., Brewer H.M., Frank B.C., McDermott J.E., Metz T.O., Peterson S.N., Smith R.D., Motin V.L., Adkins J.N. A multi-omic systems approach to elucidating Yersinia virulence mechanisms. Mol. Biosyst. 2013; 9:44–54.
11. Navid A., Almaas E. Genome-scale reconstruction of the metabolic network in Yersinia pestis, strain 91001. Mol. Biosyst. 2009; 5:368–75.
12. Charusanti P., Chauhan S., McAteer K., Lerman J.A., Hyduke D.R., Motin V.L., Ansong C., Adkins J.N., Palsson B.O. An experimentally-supported genome-scale metabolic network reconstruction for Yersinia pestis CO92. BMC Syst. Biol. 2011; 5:163.
Рецензия
Для цитирования:
Мотин В.Л. Системная биология Yersinia pestis. Проблемы особо опасных инфекций. 2013;(3):55-57. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2013-3-55-57
For citation:
Motin V.L. Systems Biology of Yersinia pestis. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2013;(3):55-57. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2013-3-55-57
Просмотров: 496
Послать статью по эл. почте 