Молекулярно-генетический анализ полного генома вируса клещевого энцефалита сибирского субтипа на примере современного изолята Коларово-2008


https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-4(110)-44-48

Полный текст:


Аннотация

Определена полная последовательность генома штамма Коларово-2008 сибирского подтипа вируса клещевого энцефалита (ВКЭ), изолированного из клеща в пригороде Томска. Анализ нуклеотидной последовательности показал, что уровень генетических отличий внутри сибирского подтипа ВКЭ может достигать 10 % по нуклеотидной последовательности и 7 % по аминокислотной последовательности для отдельных вирусных генов. Наиболее высокий уровень изменчивости имеет 3'-НТО генома сибирского генотипа ВКЭ, для которой уровень гомологии колеблется от 65 до 97 %. Самый высокий уровень гомологии штамм Коларово-2008 имеет со штаммом Vasilchenko, выделенным в Новосибирске в 1969 г. Уровень отличий между двумя томскими штаммами существенно выше, общее количество аминокислотных замен между томскими штаммами Zausaev и Коларово-2008 достигает 124, а уровень гомологии 3'-НТО составляет всего 79 %. Обнаруженная генетическая изменчивость сибирского субтипа ВКЭ имеет принципиальное значение для дальнейшего совершенствования генетической диагностики клещевого энцефалита.

Об авторах

Е. В. Чаусов
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


В. А. Терновой
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


Е. В. Протопопова
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


С. Н. Коновалова
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


Ю. В. Кононова
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


Н. Л. Тупота
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


Н. С. Москвитина
Томский государственный университет
Россия


В. Н. Романенко
Томский государственный университет
Россия


Н. В. Иванова
Томский государственный университет
Россия


Н. П. Большакова
Томский Государственный Университет
Россия


Г. Н. Леонова
НИИ эпидемиологии и микробиологии СО РАМН
Россия


В. Б. Локтев
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»
Россия


Список литературы

1. Злобин В.И., Верхозина М.М., Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Адельшин Р.В., Козлова И.В. и др. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита. Вопр. вирусол. 2007; (6):4-13.

2. Локтев В.Б., Терновой В.А., Нетесов С.В. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита. Вопр. вирусол. 2007; 52(5):10-6.

3. Погодина В.В., Фролова М.П., Ерман Б.А. Хронический клещевой энцефалит. Новосибирск.: Наука, 1986. 78 с.

4. Charrel R.N., Attoui H., Butenko A.M., Clegg J.C., Deubel V., Frolova T.V. et al. Tick-borne virus diseases of human interest in Europe. Clin. Microbiol. Infect. 2004; 10(12):1040-55.

5. Chausov E.V., Ternovoi V.A., Protopopova E.V., Kononova J.V., Konovalova S.N., Pershikova N.L. et al. Variability of the Tick-Borne Encephalitis Virus Genome in the 5' Noncoding Region Derived from Ticks Ixodes persulcatus and Ixodes pavlovskyi in Western Siberia. Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(4):365-75.

6. Ecker M., Allison S.L., Meixner T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia. J. Gen. Virol. 1999; 80:179-85.

7. Filomatori C.V., Lodeiro M.F., Alvarez D.E., Samsa M.M., Pietrasanta L., Gamarnik A.V. A 5' RNA enement promotes dengue virus synthesis on a circular genome. Genes Dev. 2006; 20:2238-49.

8. Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-borne encephalitis. Antiviral Res. 2003; 57:129-46.

9. Gritsun T.S., Frolova T.V., Zhankov A.I., Armesto M, Turner S.L., Frolova M.P. et al. Characterization of a Siberian Virus Isolated from a Patient with Progressive Chronic Tick-Borne Encephalitis. J. Virol. 2003; 77:25-36.

10. Poponnikova T.V. Specific clinical and epidemiological features of tick-borne encephalitis in Western Siberia. Int. J. Med. Microbiol. 2006; 296(Sl):59-62.

11. Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol. Biol. Evol. 2007; 24:1596-9.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Чаусов Е.В., Терновой В.А., Протопопова Е.В., Коновалова С.Н., Кононова Ю.В., Тупота Н.Л., Москвитина Н.С., Романенко В.Н., Иванова Н.В., Большакова Н.П., Леонова Г.Н., Локтев В.Б. Молекулярно-генетический анализ полного генома вируса клещевого энцефалита сибирского субтипа на примере современного изолята Коларово-2008. Проблемы особо опасных инфекций. 2011;(4(110)):44-48. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-4(110)-44-48

For citation: Chausov E.V., Ternovoy V.A., Protopopova E.V., Konovalova S.N., Kononova Y.V., Tupota N.L., Moskvitina N.S., Romanenko V.N., Ivanova N.V., Bol'shakova N.P., Leonova G.N., Loktev V.B. Molecular Genetic Analysis of the Complete Genome of Tick-Borne Encephalitis Virus (Siberia Subtype): Modern Kolarovo-2008 Isolate. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2011;(4(110)):44-48. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-4(110)-44-48

Просмотров: 31

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)