Применение молекулярных методов типирования при изучении штаммов риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки и вируса бешенства

Проведена идентификация и типирование 50 штаммов риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ) и 36 штаммов лиссавирусов из рабочих коллекций ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» с использованием молекулярно-биологических, эпидемиологических и биоинформационных подходов. Определено таксономическое положение исследованных культур риккетсий группы КПЛ. Проведено районирование территории Российской Федерации по распространению патогенных риккетсий группы КПЛ в хозяевах - иксодовых клещах. Рассмотрены вопросы распространения лиссавирусов на территории Сибири.

Российская Федерация, эндемичные риккетсиозы, бешенство, эпидемиология, молекулярно-биологические исследования

1. Ботвинкин А.Д., Отгонбаатар Д. Бешенство на сопредельных территориях России и Монголии (исторический обзор). Сибирский мед. журн. 2006; 7:8-10.

2. Шпынов С.Н., Рудаков Н.В. Районирование территории Российской Федерации по распространению патогенных риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки. Мед. паразитол. и паразитарн. бол. 2008; 4:26-30.

3. Boldbaatar B., Inoue S., Tuya N., Dulam P., Batchuluun D., Sugiura N. et al. Molecular Epidemiology of Rabies Virus in Mongolia, 2005-2008. Jpn. J. Infect. Dis. 2010; 63(5):358-63.

4. Dessen P., Fondrat C., Valencien C., Mugnier C. BISANCE: a French service for access to biomolecular sequence databases. Comput. Appl. Biosci. 1990; 6(4):355-6.

5. Fournier P.-E., Roux V., Raoult D. Phylogenetic analysis of spotted fever group rickettsiae by study of the outer surface protein rOmpA. Int. J. Syst. Bacteriol. 1998; 48(3):839-49.

6. Fournier P.-E., Dumler J.S., Greub G., Zhang J., Wu Y., Raoult D. Gene sequence-based criteria for identification of new rickettsia isolates and description of Rickettsia heilongjiangensis sp. nov. J. Clin. Microbiol. 2003; 41(12):5456-65.

7. Johnson N., Black С., Smith J., Un H., McElhinney L.M., Aylan O., Fooks A.R. Rabies emergence among foxes in Turkey. J. Wildl. Dis. 2003; 39(2):262-70.

8. Kimura M.A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequence. J. Mol. Evol. 1980; 16:111-20.

9. Kumar S., Tamura K., Jakobsen I.B., Nei M. MEGA2: molecular evolutionary genetics analysis software. Bioinformatics. 2001; 17:1244-5.

10. Kuzmin I.V., Botvinkin A.D., McElhinney L.M. et al. Molecular epidemiology of terrestrial rabies in the former Soviet Union. J. Wildl. Dis. 2004; 40(4):617-31.

11. Poleshchuk Е.М., Tkachev S.E., Gribencha S.V., Sidorov G.N. Rabies virus in Russia: phylogenetic relationships based on N gene sequences. In: Japan-Russia International Workshop 2010. The 54th ISTC Japan Workshop. Current Life-Threatening Infections. Medical Countermeasures. Medical Exchange and Networks. Tokyo-Niigata; 2010. P. 28-9.

12. Roux V., Rydkina E., Eremeeva M., Raoult D. Citrate synthase gene comparison, a new tool for phylogenetic analysis, and its application for the rickettsiae. Int. J. Syst. Bacteriol. 1997;47:252-61.

13. Rudakov N.V., Schpynov S.N., Samoylenko I.E., Fournier P.-E., Reschetnikova T.A., Kumpan L.V., Raoult D. Characterisation of the Omsk collection of rickettsial strains. Clin. Microbiol. Infect. 2009; 15 Suppl 2:298-9.

14. Shpynov S.N., Fournier P.-E., Rudakov N.V., Samoilenko I.E., Reshetnikova T.A., Yastrebov V.K. et al. Short report: Molecular identification of a collection of spotted fever group rickettsiae obtained from patients and ticks from Russia. Am. J. Trop. Med. Hyg . 2006; 74(3):440-3.

15. Tordo N., Poch O., Ermine А., Keith G., Rougeon F. Walking along the rabies genome: Is the large G-L intergenic region a remnant gene? Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1986; 83:3914-8.