Анализ эффективности некоторых методов построения филогенетических деревьев, используемых при оценке эволюционного родства микроорганизмов
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2009-1(99)-35-41
Аннотация
В обзоре представлено описание некоторых методов построения филогенетических деревьев, используемых при оценке эволюционного родства различных организмов. Описаны преимущества и недостатки различных групп методов, применяемых при построении дендрограмм.
Об авторах
Ю. П. Волков
ФГУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Г. А. Ерошенко
ФГУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Россия
410005, Саратов, ул. Университетская, 46
Список литературы
1. Гасфилд Дж. Строки, деревья и последовательности в алгоритмах: Информатика и вычислительная биология. СПб.: Невский диалект, БХВ-Петербург; 2003. 654 с.
2. Baxevanis A.D., Francis-Ouellette B.F. Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. N.Y.: John-Willey; 2001. 470 p.
3. Chuang Peng. Distance based methods in phylogenetic tree construction. 2007. P. 1-11. Available from:http://biochem218. stanford.edu/Projects%20Winter%202007/Peng1.pdf
4. DeSalle R., Giribet G., Wheeler W. Techniques in molecular systematics and evolution. Birkhauser; 2002. 420 p.
5. Felsenstein J. PHYLIP -Phylogeny Inference Package (version 3.2). Cladistics. 1989; 5:164-6. Available from:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html.
6. Foley P.L., Humphries C.J., Kitching I.L. Cladistics: A practical course in systematics. Oxford: Oxford Univ. Press; 1992. 507 p.
7. Friedman A., Costner C. Tutorials in mathematical biosciences IV. Springer; 2007. 210 p.
8. Gascuel O. Mathematics of evolution and phylogeny. Oxford: Clarendon Press; 2004. 33 p.
9. Kitching I.J., Forey P.L., Humphries C.J., Williams D.M. Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. Oxford University Press; 1998. 228p.
10. Mount D.W. Bioinformatics. Sequence and genome analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2003. 550 p.
11. Page R. Parallel phylogenies: Reconstructing the history of host-parasite assemblages. Cladistics. 1994; 10: 155-73.
12. Semple C., Steel M. Phylogenetics. Oxford University Press; 2003. 256 p.
13. Skelton P., Smith A. Cladistics, a practical primer on CD-ROM. Cambridge University Press; 2002. 79 p.
14. Xiong Jin. Essential bioinformatics. Cambridge University Press; 2006. 361 p.
Рецензия
При поддержке: РФФИ, гранты № 07-0400100, 08-04-00731 и 08-04-12082 офи.
Для цитирования:
Волков Ю.П., Ерошенко Г.А. Анализ эффективности некоторых методов построения филогенетических деревьев, используемых при оценке эволюционного родства микроорганизмов. Проблемы особо опасных инфекций. 2009;(1(99)):35-41. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2009-1(99)-35-41
For citation:
Volkov Yu.P., Eroshenko G.A. Analysis of the Efficiency of Some Methods of Construction of Phylogenetic Trees Used in Evaluation of Microorganisms Evolutionary Relations. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2009;(1(99)):35-41. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2009-1(99)-35-41
Просмотров: 466
Послать статью по эл. почте 