Результаты выявления SARS-CoV-2 и других возбудителей внебольничных пневмоний методом ПЦР в Тюменской области

Целью настоящей работы являлось выявление возбудителей внебольничных пневмоний и ко-инфицирования с помощью исследования биоматериала от пациентов методом ПЦР .

Материалы и методы. Проведено исследование 268 проб от 258 пациентов методом ПЦР для выявления РНК /ДНК возбудителей респираторных инфекций вирусной и бактериальной природы.

Результаты и обсуждение. В 43,3 % проб выявлена РНК SARS-CoV-2, в 4,5 % – РНК /ДНК возбудителей ОРВИ , в одной пробе – ДНК Mycoplasma pneumoniae. Ко-инфекция  обнаружена только у пациентов противотуберкулезного диспансера (SARS-CoV-2 с микобактериями туберкулеза). У обследованных больных пневмонией РНК SARS-CoV-2 существенно чаще выявлялась в биоматериале из нижних дыхательных путей (52 %), чем в респираторных мазках (8,5 %). В первую неделю от начала заболевания обнаружено 19,2 % положительных проб, во вторую – 56,5 %. 

1. Базыкина Е.А., Троценко О.Е., Корита Т.В., Балахонцева Л.А., Котова В.О. 2020. Особенности пневмоний, вызванных новым коронавирусом SARS-CoV-2 (Обзор литературы). COVID19- PREPRINTS.MICROBE.RU. 23.07.2020. [Электронный ресурс]. DOI: 10.21055/preprints-3111730.

2. Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2):266–75. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.05.046.

3. Kim D., Quinn J., Pinsky B., Shah N.H., Brown I. Rates of co-infection between SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens. JAMA. 2020; 323(20):2085–86. DOI: 10.1001/jama.2020.6266.

4. Хафизов К.Ф., Сперанская А.С., Мацвай А.Д., Шипулин Г.А., Дедков В.Г. Передовые технологии в диагностике вирусных заболеваний неясной этиологии. Инфекция и иммунитет. 2020; 10(1):9–25.

5. Александрович Ю.С., Байбарина Е.Н., Баранов А.А., Вишнева Е.А., Зверева Н.Н., Иванов Д.О., Крючко Д.С., Коновалов И.В., Куличенко Т.В., Лобзин Ю.В., Мазанкова Л.Н., Намазова-Баранова Л.С., Петренко Ю.В., Прометной Д.В., Пшениснов К.В., Ртищев А.Ю., Сайфуллин М.А., Селимзянова Л.Р., Усков А.Н., Федосеенко М.В., Харькин А.В., Чумакова О.В., Эфендиева К.Е., Яковлев А.В. Ведение детей с заболеванием, вызванным новой коронавирусной инфекцией (SARSCoV-2). Педиатрическая фармакология. 2020; 17(2):103–18. DOI: 10.15690/pf.v17i2.2096.

6. Катаева Л.В., Степанова Т.Ф., Степанова К.Б., Бакштановская И.В., Посоюзных О.В., Ташланова В.В., Карпухина Н.Ф., Колотова О.Н., Калашникова Ю.Н., Вакарина А.А. Микробиоценоз нижних дыхательных путей при пневмонии, ассоциированной с SARS-CoV-2. COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. 29.07.2020. [Электронный ресурс]. DOI: 10.21055/preprints-3111755.

7. Lu X., Wang L., Sakthivel S.K., Whitaker B., Murray J., Kamili S., Lynch B., Malapati L., Burke S.A., Harcourt J., Tamin A., Thornburg N.J., Villanueva J.M., Lindstrom S. US CDC Real-Time Reverse Transcription PCR Panel for Detection of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerg. Infect. Dis. 2020; 26(8):1654–65. DOI: 10.3201/eid2608.201246.