Диагностика ближневосточного респираторного синдрома человека

Ближневосточный респираторный синдром представляет опасное заболевание человека, вызываемое новым коронавирусом. В декабре 2012 г. ВОЗ опубликовала временные руководящие документы по диагностике этого вируса. ВОЗ рекомендует использовать два способа диагностики этого заболевания - двухэтапную обратно-транскриптазную ПЦР в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ) и иммуноферментный анализ. Первый этап ПЦР-диагностики должен включать ОТ-ПЦР-РВ с мишенью на фрагмент генома выше upE гена. Второй (подтверждающий) ПЦР-тест может быть направлен на альтернативные мишени в пределах вирусного генома, не перекрывающиеся с upE геном, и последующее секвенирование, по крайней мере, сегмента одного из вирусных генов и сравнение полученной последовательности с таковыми, депонированными в GenBank. Метод ИФА применяется ретроспективно с целью определения наличия вирусоспецифических антител в сыворотках крови реконвалесцентов. В статье рассмотрены основные характеристики данных методов выявления возбудителя заболевания или специфических антител к нему, и методические рекомендации ВОЗ при диагностике Ближневосточного респираторного синдрома.

коронавирус, Ближневосточный респираторный синдром, респираторные инфекции, обратная транскрипция, полимеразная цепная реакция, иммуноферментный анализ, секвенирование генома, филогенетический анализ, coronavirus, Middle-East respiratory syndrome, respiratory infections, reverse transcription, polymerase chain reaction, enzyme immunoassay, genome sequencing, phylogenetic analysis

1. Стовба Л.Ф., Лебедев В.Н., Петров А.А., Кулиш В.С., Борисевич С.В. Ближневосточный респираторный синдром - заболевание человека, вызываемое новым коронавирусом. Воен.-мед. журн. 2013; 11:76-7.

2. Bermingham A., Heinen P., Iturriza-Gomara M., Gray J., Appleton H., Zambon M.C. Laboratory diagnosis of SARS. Philos. Trans. R. Soc. Lond. В. Biol. Sci. 2004; 359(1447):83-9.

3. Boheemen S., Graaf M., Lauber C., Bestebroer T.M., Raj V.S., Zaki A.M., Osterhaus A.D.M.E., Haagmans B.L., Gorbalenea A.E., Snijder E.J., Fouchier R.A.M. Genomic characterization of a newly discovered coronavirus associated with acute respiratory distress syndrome in humans. MBio. 2012, 3(6):pii:e00473-12. (cited 20 Nov 2012). doi:10/1128/mBio.00473-12. Available from: http://mbio.asm.org/content/3/6/e00473-12.full.

4. Corman V.M., Müller M.A., Costabel U., Timm J., Binger T., Meyer B., Kreher P., Lattwein E., Eschbach-Bludau M., Nitsche A., Bleicker T., Landt O., Schweiger B., Drexler J.F., Osterhaus A.D., Haagmans B.L., Ditter U., Bonin F., Wolff T. Assays for laboratory confirmation of novel human coronavirus (hCoV-EMC) infections. Euro Surveill. 2012; 17(49):pii=20334. (cited 06 Dec 2012). Available from: http://www.eurosurveillance.org/ ViewArticle.aspx?ArticleId=20334.

5. Corman V.M., Eckerle I., Bleicker T., Zaki A., Landt O., Eschbach-Bludau M., Boheemen S., Goral R., Ballhause M., Bestebroer T.M., Muth D., Muller M.A., Drexler J.F., Zambon M., Osterhaus A.D., FouchierR.M. Detection of a novel human coronavirus by real-time reverse-transcription polymerase chain reaction. Euro Surveill. 2012; 17(39):pii=20285. (cited 27 Sep 2012). Available from: http://www.eurosurveillance.org/ViewArticle.aspx? ArticleId=20285.

6. de Groot R.J., Baker S.C., Baric R., Enjuanes L., Gorbalenya A.E., Holmes K.V., Brown C.S., Drosten C., Fouchier R.A., Galiano M. Family Coronaviridae. In: Virus Taxonomy, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses; King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. (Eds.). Elsevier Academic Press: Amsterdam, The Netherlands, 2012. P. 806-28.

7. de Souza Luna L.K., Heiser V., Regamey N., Panning M., Drexler J.F., Mulangu S., Sims A.C., Tilton S.C., Menachery V.D., Gralinski L.E., Schafer A., Matzke M.M., Webb-Robertson B.J., Chang J. Generic detection of coronaviruses and differentiation at the prototype strain level by reverse transcription-PCR and nonfluorescent low-density microarray. J. Clin. Microbiol. 2007; 45(3):1049-52.

8. Emery S.L., Erdman D.D., Bowen M.D., Newton B.R., Winchell J.M., Meyer R.F., Urbani C., Comer J.A., Lim W., Rollin P.E., Dowell S.F. Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction assay for SARS-associated coronavirus. Emerg. Infect. Dis. 2004; 10(2):311-16.

9. Khan G. A novel coronavirus capable of lethal human infections: an emerging picture. Virology Journal. 2013; 10:66. (cited 28 Feb 2013). doi:10.1186/1743-422X-10-66. Available from: http://www.virologyj.com/content/10/1/66.

10. Kindler E., Jonsdottir H.R., Muth D., Hamming O.J., Hartmann R., Rodriguez R., Geffers R., Fouchier R.A., Drosten C., Muller M.A., Dijkman R., Thiel R. Efficient replication of the novel human betacoronavirus EMC on primary human epithelium highlights its zoonotic potential. MBio. 2013; 4(1):e00611-12. (cited 19 Feb 2013). doi:10.1128/mbio.00611-12. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3573664/.

11. Li W., Shi Z., Yu M. Ren W., Smith C., Epstein J.H. Bats are natural reservoirs of SARS-like coronaviruses. Science. 2005; 310:676-9. (cited 29 Sep 2005). doi:10.1126/science.1118391. Available from: http://www.sciencemag.org/content/310/5748/676.

12. Masters P.S. The molecular biology of coronaviruses. Adv. Virus Res. 2006; 66:193-292.

13. Palm D., Pereyaslov D., Vaz J., Broberg E., Zeller H., Gross D., Brown C.S. Laboratory capability for molecular detection and confirmation of novel coronavirus in Europe. Euro Surveill. 2012; 49(17):pii=20335. (cited 5 Dec 2012). Available from: http://www.eurosurveillance.org/images/dynamic/EE/V17N49/art20335.pdf

14. Pollak M.P., Pringle C., Madoff L.S., Memish Z.A. Novel coronavirus - Middle East. J. Infect. Dis. 2013; 17(2):е143-4. (cited 27 Dec 2012). doi: 10.1016/j.ijid.2012.12.001. Available from: http://www.ijidonline.com/article/S1201-9712%2812%2901310-0/fulltext

15. European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Rapid risk assessment. Severe respiratory disease associated with a novel coronavirus. Stockholm: ECDC; 19 February 2013. (cited 22 Feb 2014). Available from: http://ecdc.europa.eu/en/ publications/Publications/novel-coronavirus-rapid-risk-assessment-update.pdf.

16. Snijder E.J., Bredenbeek P.J., Dobbe J.C., Thiel V., Ziebuhr J., Poon L.L., Guan Y., Rozanov M., Spaan W.J., Gorbalenya A.E. Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage. J. Mol. Biol. 2003; 331:991-1004.

17. Vijgen L., Moës E., Keyaerts E., Li S., Van Ranst M. A pancoronavirus RT-PCR assay for detection of all known coronaviruses. Methods Mol. Biol. 2008; 454:3-12.

18. WHO. Global Alert and Response (GAR): Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) - update. 07 Feb 2014 (cited 07 Feb 2014). Available from: http://www.who.int/csr/don/2014_02_07mers/en/index.html.

19. Zaki A.M., van Boheemen S., Bestebroer Т.M., Osterhaus A.D., Fouchier R.A. Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia. N. Engl. J. Med. 2012; 367:1814-20.