Preview

Проблемы особо опасных инфекций

Расширенный поиск

Применение автоматизированных систем идентификации микроорганизмов для верификации таксономической принадлежности коллекционных штаммов патогенных бактерий

https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-1-79-83

Полный текст:

Аннотация

Цель работы. Оптимизация алгоритма установления аутентичности штаммов патогенных бактерий и оценка его эффективности при проведении номенклатурной ревизии изолятов рода Bacillus из Государственной коллекции патогенных бактерий ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб», аутентичность которых вызывала сомнения. Материалы и методы. В основу методического подхода заложено применение автоматизированных систем идентификации микроорганизмов: бактериологический анализатор Vitek 2, автоматическая станция риботипирования DuPont Qualicon RiboPrinter System и масс-спектрометр MicroFlex MALDI Biotyper с последующим проведением комплексного анализа полученных результатов в программе BioNumerics 7.1. Результаты и выводы. Установлено, что автоматизированные анализаторы достаточно точно идентифицировали изучаемые микроорганизмы по их видовой принадлежности. Наибольшую эффективность показал Vitek 2, который, в отличие от других анализаторов, оказался способен на основе ферментации альфа-маннозидазы выделить штамм B. anthracis СТИ-1 из группы бацилл вида B. cereus. Следует отметить, что штамм B. megaterium 5 идентифицирован до вида различными системами по-разному. Проведенный в программе BioNumerics 7.1 комплексный анализ результатов научных исследований, полученных с трех приборов, позволил с высокой степенью вероятности отнести штамм B. megaterium 5 к B. licheniformis. Таким образом, результаты исследования указывают на необходимость включения в алгоритм установления аутентичности и таксономической принадлежности коллекционных штаммов при проведении их номенклатурной ревизии нескольких подходов с последующим комплексным анализом полученных данных.

Об авторах

А. В. Осин
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


Н. С. Червякова
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


С. А. Портенко
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


А. С. Абдрашитова
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


В. Е. Куклев
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»
Россия


Список литературы

1. Васильев Д.А., Калдыркаев А.И., Феоктистова Н.А., Адёшкин А.В. Идентификация бактерий Bacillus cereus на основе их фенотипической характеристики. Ульяновск; 2013. 98 с.

2. Демидов Е.А., Старостин К.В., Попик В.М., Пельтек С.Е. Применение МАЛДИ времяпролетной масс-спектрометрии для идентификации микроорганизмов. Вавиловский журн. генетики и селекции. 2013; 17(4-1):758-64.

3. Идентификация микроорганизмов и определение их чувствительности к антибиотикам с применением автоматического микробиологического анализатора Vitek 2 Compact. МР 02.032-08. М.; 2008. 16 с.

4. Компания Дюпон в России. URL: http://www.dupont.ru (дата обращения 09.06.2015 г.).

5. Продукты пищевые. Метод определения Bacillus cereus. ГОСТ 10444.8-88. Стандартформ; 2010. С. 266-72.

6. Сафронова Л.А., Зеленая Л.Б., Клочко В.В., Авдеева Л.В., Рева О.Н., Подгорский В.С. Гено- и фенотипическая характеристика штаммов бацилл - компонентов эндоспорина. Микробиол. журн. 2012; 74:55-65.

7. Хоулт Дж., Криг Н., Снит П., Стейли Дж., Уилльямс С., редакторы. Определитель бактерий Берджи. Девятое издание. М.: Мир; 1997. Т. 2. 368 с.

8. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Volume 3: The Firmicutes. 2nd edition. Springer-Verlag New York; 2009. P. 19-128.

9. Cherkaoui A., Hibbs J., Emonet S., Tangomo M., Girard M., Francois P., Schrenzel J. Соmparison of two matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry methods with conventional phenotypic identification for routine identification of bacteria to the species level. J. Clin. Microbiol. 2010; 48(4):1169-75. DOI: 10.1128/JCM.01881-09.

10. Smith D. Culture Collections. Microbiology. 2012; 79:73-118. DOI: 10.1016/B978-0-12-394318-7.00004-8.

11. Skerman V.B.D., McGowan V., Sneath P.H.A. Approved Lists of Bacterial Names (Amended). Washington (DC); 1989. 420 p.

12. van Veen S.Q., Claas E.C.J., Kuijper E.J. High-throughput identification of bacteria and yeast by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry in conventional medical microbiology laboratories. J. Clin. Microbiol. 2010; 48(3):900-7. DOI: 10.1128/JCM.02071-09.


Для цитирования:


Осин А.В., Червякова Н.С., Портенко С.А., Абдрашитова А.С., Куклев В.Е. Применение автоматизированных систем идентификации микроорганизмов для верификации таксономической принадлежности коллекционных штаммов патогенных бактерий. Проблемы особо опасных инфекций. 2016;(1):79-83. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-1-79-83

For citation:


Osin A.V., Chervyakova N.S., Portenko S.A., Abdrashitova A.S., Kuklev V.E. Application of Automated Microorganism Identification Systems for Verification of Taxonomic Appurtenance of the Collection Strains of Pathogenic Bacteria. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2016;(1):79-83. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-1-79-83

Просмотров: 259


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)
ISSN 2658-719X (Online)