Ретроспективный молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии холеры в Республике Дагестан в 1994 г.


https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-4-33-41

Полный текст:


Аннотация

Цель исследования. Ретроспективная оценка эпидемических проявлений холеры в Республике Дагестан в 1994 г. с учетом VNTR-генотипирования и исследования особенностей генома выделенных V. cholerae О1 биовара El Tor. Материалы и методы. Использованы данные о распространении инфекции в различные периоды эпидемии в Республике Дагестан в 1994 г. Штаммы исследованы с использованием VNTR-анализа и полногеномного cеквенирования. Результаты и выводы. Установлена гетерогенность популяции возбудителя по циркулирующим VNTR-генотипам. По данным полногеномного секвенирования. выявлено наличие у V. cholerae О1 El Tor в профаге CTXφ аллели В-субъединицы ctxB1. Штаммы, выделенные на первом и последующих этапах развития эпидемии, оказались генетически близкородственными штаммам из Индии, Бангладеш и Непала. У части штаммов выявлен кластер генов множественной антибиотикорезистентности SXTET: floR, strA, strB, sul2 – «индийского» типа – SXT-ICE-Ind, а также мобильные элементы ICE, содержащие детерминанты резистентности к антибиотикам тетрациклиновой группы – tetA. Филогенетическое родство дагестанских штаммов со штаммами из Азии указывает на происхождение штаммов, а также на имевшие место независимые завозы холеры на разных этапах эпидемии. Роль генетически измененных вариантов V. cholerae О1 El Tor с выявленными на молекулярно-генетическом уровне особенностями возбудителя как системообразующего фактора в возникновении и развитии эпидемии в Республике Дагестан была непосредственно связана с социальными условиями. 


Об авторах

Г. Г. Онищенко
Российская академия наук, Москва
Россия


Э. А. Москвитина
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону
Россия
344002, Ростов-на-Дону, ул. М.Горького, 117/40


А. С. Водопьянов
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону
Россия
344002, Ростов-на-Дону, ул. М.Горького, 117/40


Е. В. Монахова
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону
Россия
344002, Ростов-на-Дону, ул. М.Горького, 117/40


Р. В. Писанов
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону
Россия
344002, Ростов-на-Дону, ул. М.Горького, 117/40


С. О. Водопьянов
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону
Россия
344002, Ростов-на-Дону, ул. М.Горького, 117/40


О. С. Чемисова
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону
Россия
344002, Ростов-на-Дону, ул. М.Горького, 117/40


В. Д. Кругликов
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону
Россия
344002, Ростов-на-Дону, ул. М.Горького, 117/40


С. В. Титова
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону
Россия
344002, Ростов-на-Дону, ул. М.Горького, 117/40


Список литературы

1. Безопасность работы с микроорганизмами I–II групп па- тогенности (опасности). СП 1.3.3118-13.

2. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин М.Б., Сучков И.Ю., Мишанькин Б.Н. Вариабельные тандемные повто- ры, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio chol- erae. Биотехнология. 2001; 6:85–8.

3. Водопьянов А.С. Холера. Штаммы–VNTR. Свидетель¬ ство о государственной регистрации базы данных. 2007620389 РФ.

4. Использование метода времяпролетной масс- спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбци- ей/ионизацией (MALDI-ToF MS) для индикации и идентифика- ции возбудителей I–II групп патогенности. МР 4.2.0089-14.

5. Миронова Л.В., Балахонов С.В., Урбанович Л.Я., Кожевникова А.С. Молекулярно-генетический анализ эпидеми- чески опасных штаммов Vibrio cholerae El Tor, изолированных в Сибирском и Дальневосточном регионах России. Мол. генет., микробиол. и вирусол. 2012;2:13–20.

6. Онищенко Г.Г., Беляев Е.Н., Москвитина Э.А., Резайкин В.И., Ломов Ю.М., Мединский К.М. Холера в Дагестане: про- шлое и настоящее. Ростов/нД; 1995. 120 с.

7. Онищенко Г.Г., Ефременко В.И., Грижебовский Г.М. Противоэпидемическое обеспечение населения в условиях вооруженного конфликта в Чеченской Республике. Ставрополь: Ставрополье; 1996. 256 с.

8. Онищенко Г.Г., Ломов Ю.М., Мишанькин Б.Н., Мазрухо Б.Л., Подосинникова Л.С., Кудрякова Т.А., Москвитина Э.А., Водопьянов С.О., Рыжко И.В., Казакова Е.С., Шарова И.Н., Плотникова Е.А., Давыдова Н.А., Абрамова Е.Г., Королев Ю.С., Шестиалтынова И.С., Шарифулина Д.М., Куряева Н.Ю., Юмангулова Е.Ф., Чернышева А.В., Бугоркова Т.В., Русакова Т.Г., Масленикова А.Л., Милова М.В., Захарова Л.И., Билалов Т.Г., Шутько А.Г., Качкина Г.В. Характеристика холерных вибрионов, выделенных в Казани в 2001 году. Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2002; 2:3–6.

9. Онищенко Г.Г., Москвитина Э.А., Кругликов В.Д., Титова С.В., Адаменко О.Л., Водопьянов А.С., Водопьянов С.О. Эпидемиологический надзор за холерой в России в период седьмой пандемии. Вестник РАМН. 2015; 70(2):249–56.

10. Писанов Р.В., Ежова М.И., Монахова Е.В., Черкасов А.В., Краснов Я.М., Водопьянов А.С., Кульшань Т.А., Ливанова Л.Ф., Портенко С.А., Абдрашитова А.С., Кругликов В.Д., Титова С.В. Особенности структуры генома токсигенного штамма Vibrio cholerae El Tor Инаба, выделенного в 2014 г. из открытого водоема в Ростове-на-Дону. Пробл. особо опасных инф. 2015; 2:63–7.

11. Савельев В.Н., Савельева И.В., Бабенышев Б.В., Куличенко А.Н. Эволюция возбудителя и клинико- эпидемиологические особенности современной холеры Эль- Тор. Эпидемиол. и инф. бол. 2012; 5:31–5.

12. Смирнова Н.И., Горяев А.А., Заднова С.П., Краснов Я.М., Лозовский Ю.В., Кутырев В.В. Генетическая характе- ристика штаммов Vibrio cholerae, завезенных на территорию Российской Федерации в разные периоды 7 пандемии холеры. Журн. микробиол., эпидемиол и иммунобиол. 2011; 3:3–10.

13. Черкасский Б.Л., Сергиев В.П., Ладный И.Д. Эпидемиологические аспекты международной миграции насе- ления. М.; 1984. 208 с.

14. Bhuiyan N.A., Nusrin S., Ansaruzzaman M., Islam A., Sultana M., Alam M., Islam M.A., Cravioto A., Mukhopadhyay A.K., Nair G.B., Mwasna J.C., Endtz H.P. Genetic characterization of Vibrio cholerae O1 strains isolated in Zambia during 1996–2004 possessing the unique VSP-II region of El Tor variant. Epidemiol. Infect. 2012; 140(3):510–8. DOI: 10.1017/S0950268811000926.

15. Borkakoty B., Biswas D., Devi U., Yadav K., Mahanta J. Emergence of classical ctxB genotype 1 and tetracycline resis- tant strains of Vibrio cholerae O1 El Tor in Assam, India. Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 2012; 106(6):382–6. DOI: 10.1016/j. trstmh.2012.03.005.

16. Chin C.S., Sorenson J., Harris J.B., Robins W.P., Charles R.C., Jean-Charles R.R., Bullard J., Webster D.R., Kasarskis A., Peluso P., Paxinos E.E., Yamaichi Y., Calderwood S.B., Mekalanos J.J., Schadt E.E., Waldor M.K. The Origin of the Haitian Cholera Outbreak Strain. N. Engl. J. Med. 2011; 364(1):33–42. DOI: 10.1056/ NEJMoa1012928.

17. Dixit S.M., Johura F.T., Manandhar S., Sadique A., Rajbhandari R.M., Mannan S.B., Rashid M.U., Islam S., Karmacharya D., Watanabe H., Sack R.B., Cravioto A., Alam M. Cholera outbreaks (2012) in three districts of Nepal reveal clonal transmission of multi￾drug resistant Vibrio cholerae O1. BMC Infect. Dis. 2014; 14(1):392. DOI: 10.1186/1471-2334-14-392.

18. Dolores J., Satchell K.J. Analysis of Vibrio cholerae ge- nome sequences re-veals unique rtxA variants in environmental strains and an rtxA-null mutation in recent altered El-Tor isolates. mBio. 2013; 4(2):e00624. DOI: 10.1128/mBio.00624-12.

19. Goel A.K., Jain M., Kumar P., Bhadauria S., Kmboj D.V., Singh L. A new variant of Vibrio cholerae O1 El Tor caus- ing cholera in India. J. Infect. 2008; 57(3):280–1. DOI: 10.1016/j. jinf.2008.06.015.

20. Katz L.S., Petkau A., Beaulaurier J., Tyler S., Antonova E.S., Turnsek M.A., Guo Y., Wang S., Paxinos E.E., Orata F., Gladney L.M., Stroika S., Folster J.P., Rowe L., Freeman M.M., Knox N., Frace M., Boncy J., Graham M., Hammer B.K., Boucher Y., Bashir A., Hanage W.P., Van Domselaar G., Tarr C.L. Evolutionary dynam- ics of Vibrio cholerae O1 following a single-source introduction to Haiti. mBio. 2013; 4(4):e00398–13. DOI: 10.1128/mBio.00398-13.

21. Klinzing D.C., Choi S.Y., Hasan N.A., Matias R.R., Tayag E., Geronimo J., Skowronski E., Rashed S.M., Kawashima K., Rosenzweig C.N., Gibbons H.S., Torres B.C., Liles V., Alfon A.C., Juan M.L., Natividad F.F., Cebula T.A., Colwell R.R. Hybrid V. chol- erae El Tor lacking SXT identified as the cause of a cholera outbreak in the Philippines. mBio. 2015; 6(2):e00047-15. DOI: 10.1128/ mBio.00047-15.

22. Kumar P., Mishra D.K., Deshmukh D.G., Jain M., Zade A.M., Ingole K.V., Goel A.K., Yadava P.K. Vibrio cholerae O1 Ogawa El Tor strains with the ctxB7 allele driving cholera outbreaks in south-western India in 2012. Infect. Genet. Evol. 2014; 25:93–6. DOI: 10.1016/j.meegid.2014.03.020.

23. Mutreja A., Kim D.W., Thomson N.R., Connor T.R., Lee J.H., Kariuki S., Croucher N.J., Choi S.Y., Harris S.R., Lebens M., Niyogi S.K., Kim E.J., Ramamurthy T., Chun J., Wood J.L., Clemens J.D., Czerkinsky C., Nair G.B., Holmgren J., Parkhill J., Dougan G. Evidence for several waves of global transmission in the sev- enth cholera pandemic. Nature. 2011; 477:462–5. DOI: 10.1038/ nature10392.

24. Naha A., Pazhani G.P., Ganguly M., Ghosh S., Ramamurthy T., Nandy R.K., Nair G.B., Takeda Y., Mukhopadhyay A.K. Development and evaluation of a PCR assay for tracking the emer- gence and dissemination of Haitian variant ctxB in Vibrio cholerae O1 strains isolated from Kolkata, India. J. Clin. Microbiol. 2012; 50 (5):1733–6. DOI: 10.1128/JCM.00387-12.

25. Na-Ubol M., Srimanote P., Chongsa-Nguan M., Indrawattana N., Sookrung N., Tapchaisri P., Yamazaki S., Bodhidatta L., Eampokalap B., Kurazono H., Hayashi H., Nair G.B., Takeda Y., Chaicumpa W. Hybrid & El Tor variant biotypes of Vibrio chol- erae O1 in Thailand. Indian J. Med. Res. 2011; 133:387–94.

26. Pal B.B., Khuntia H.K., Samal S.K., Kar S.K., Patnaik B. Epidemics of severe cholera cause by El Tor Vibrio cholerae O1 Ogawa possessing the ctxB gene of the classical biotype in Orissa, India. Int. J. Infect. Dis. 2010; 14(5):е384–9. DOI: 10.1016/j. ijid.2009.06.020.

27. Ramamurthy T., Sharma N.C. Cholera outbreaks in India. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2014; 379:49–85. DOI: 10.1007/82_2014_368.

28. Reimer A.R., Van Domselaar G., Stroika S., Walker M., Kent H., Tarr C., Talkington D., Rowe L., Olsen-Rasmussen M., Frace M., Sammons S., Dahourou G.A., Boncy J., Smith A.M., Mabon P., Petkau A., Graham M., Gilmour M.W., Gerner-Smidt P. Comparative genomics of Vibrio cholerae from Haiti, Asia, and Africa. Emerg. Infect. Dis. 2011; 17(11):2113–21. DOI: 10.3201/eid1711.110794.

29. Robins W.P., Mekalanos J.J. Genomic science in under- standing cholera outbreaks and evolution of Vibrio cholerae as a hu- man pathogen. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2014; 379:211–29. DOI: 10.1007/82_2014_366.

30. Spagnoletti M., Ceccarelli D., Colombo M.M. Rapid detection by multiplex PCR of Genomic Islands, prophages and Integrative Conjugative Elements in V. cholerae 7th pandemic vari- ants. J. Microbiol Methods. 2012; 88(1):98–102. DOI: 10.1016/j. mimet.2011.10.017.

31. Talkington D., Bopp C., Tarr C., Parsons M.B., Dahourou G., Freeman M., Joyce K., Turnsek M., Garrett N., Humphrys M., Gomez G., Stroika S., Boncy J., Ochieng B., Oundo J., Klena J., Smith A., Keddy K., Gerner-Smidt P. Characterization of toxigenic Vibrio cholerae from Haiti, 2010–2011. Emerg. Infect. Dis. 2011; 17(11):2122–9. DOI: 10.3201/eid1711.110805.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Онищенко Г.Г., Москвитина Э.А., Водопьянов А.С., Монахова Е.В., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Чемисова О.С., Кругликов В.Д., Титова С.В. Ретроспективный молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии холеры в Республике Дагестан в 1994 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2016;(4):33-41. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-4-33-41

For citation: Onishchenko G.G., Moskvitina E.A., Vodop’janov A.S., Monakhova E.V., Pisanov R.V., Vodop’janov S.O., Chemisova O.S., Kruglikov V.D., Titova S.V. Retrospective Molecular-Epidemiological Analysis of Cholera Epidemic in the Republic of Dagestan in 1994 Problems of Particularly Dangerous Infections. 2016;(4):33-41. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-4-33-41

Просмотров: 200

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)
ISSN 2658-719X (Online)