Preview

Проблемы особо опасных инфекций

Расширенный поиск

Маркерные локусы генома бруцелл для дифференциальной ПЦР индикации патогенных штаммов

https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-3-88-93

Полный текст:

Аннотация

Цель работы  направлена  на  разработку  алгоритмов  дифференциальной ПЦР индикации  бактерий  рода Brucellaс использованием баз данных их геномов. Материалы и методы. В работе использовались ресурсы Национального центра биотехнологической информации (NCBI) и программные утилиты «BLAST» и «Vector NTI 9.1.0». Для ПЦР амплификации использовались нуклеиновые кислоты B. suis, B. abortus, B. melitensis,а также плазмидная ДНК с маркерными вставками. Результаты и обсуждение. Проанализированы последовательности генов бруцелл, одни из которых имеются у бактерий рода Brucella, другие лишь у представителей вида B. melitensis, третьи лишь у представителей вида B. abortus. В результате дизайна праймеров и зондов для индикации бактерий рода Brucella и представителей видов B. melitensis и B. abortus установлены критерии, позволяю-щие амплифицировать маркерные последовательности этих бактерий, с одновременной их дифференциацией в условиях одной реакции. Определение штаммовых различий в пределах одного вида бруцелл описано в методике мультилокусного VNTR анализа, а профили тандемных повторов различных штаммов B. melitensis и B. abortus имеются в открытом доступе. Для контроля хода амплификации разработан положительный контроль, имеющий нуклеотидную последовательность всех маркерных областей. По тексту статьи указаны все нуклеотидные последовательности праймеров, зондов и положительного контроля, что предоставляет возможность самостоятельного их приобретения в компетентных организациях.

Об авторах

Н. И. Хаммадов
ФГБНУ «Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности», Казань
Россия

420075, Татарстан, г.Казань, Научный городок-2



К. А. Осянин
ФГБНУ «Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности», Казань
Россия
420075, Татарстан, г.Казань, Научный городок-2


К. В. Усольцев
ФГБНУ «Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности», Казань
Россия
420075, Татарстан, г.Казань, Научный городок-2


Т. Х. Фаизов
ФГБНУ «Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности», Казань
Россия
420075, Татарстан, г.Казань, Научный городок-2


А. В. Хаммадова
ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет», Казань
Россия

420008, Татарстан, г.Казань, ул.Кремлевская, 18



Э. А. Шуралев
ФГБНУ «Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности», Казань; ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет», Казань; Казанская государственная медицинская академия – филиал ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, Казань
Россия

Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности, 420075, Татарстан, г.Казань, Научный городок-2;

Казанский (Приволжский) федеральный университет, 420008, Татарстан,
г.Казань, ул. Кремлевская, 18;

Казанская государственная медицинская академия – филиал ФГБОУ ДПО РМАНПО Минздрава России, 420012, Татарстан, г.Казань, ул. Бутлерова, 36.



Список литературы

1. Агольцев В.А., Веселовский С.Ю., Частов А.А., Попова О.М. Эпидемиологические и эпизоотологические особенности бруцеллеза в Саратовской и в Западно-Казахстанской областях. Научная жизнь. 2017; 7:92–100.

2. Адиева А.А, Израилова Г.Р., Халилов Р.А., Меджидова М.Г., Умарова Ю.А. Использование биоинформационных методов при конструировании праймеров конститутивного гена, кодирующего белок тубулин для проведения от-пцр. Современные проблемы науки и образования. 2016; 6:526–33.

3. Александрова Н.М., Хаммадов Н.И., Шуралев Э.А., Елизарова И.А. Дифференциальная диагностика туберкулеза у человека и животных с применением мультиплексной тест-системы. Молекулярная диагностика: сб. трудов IХ Всерос. науч.-практич. конференции с междунар. участием. Тамбов: ООО «Юлис»; 2017. т. 1. с. 493.

4. Желудков М.М., Церельсон Л.Е. Резервуары бруцеллезной инфекции в природе. Зоологический журнал. 2010; 89(1):53–60.

5. Лямкин Г.И., Головнева С.И., Худолеев А.А., Чеботарева Е.Н., Шакирова Л.И., Куличенко А.Н. Обзор эпизоотической и эпидемической ситуации по бруцеллезу в российской Федерации в 2013 г. и прогноз на 2014 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2014; 2:29–32. DOI: 10.21055/0370-1069-2014-2-29-32.

6. Ндайишимийе Э.В., Хаммадов Н.И., Осянин К.А., Фаизов Т.Х., Шуралев Э.А., Мукминов М.Н. Биоинформационный анализ олигонуклеотидов для молекулярно-генетической индикации возбудителей аспергиллеза и аскосфероза пчел. Ветеринарный врач. 2015; 2:3–9.

7. Садикалиева С.О., Строчков В.М., Орынбаев М.Б., Шораева К.А., Еспембетов Б.А., Сансызбай А.Р., Султанкулова К.Т. Молекулярно-генетическое типирование бактерии рода Brucella, циркулирующих в Республике Казахстан. Вестник башкирского университета. 2017; 22(2):403–8.

8. Сафина Г.М., Фомин А.М., Косарев М.А. Апробация новой системы специальных противобруцеллезных мероприятий на заключительном этапе оздоровления хозяйств от бруцеллеза крупного рогатого скота. Ветеринарный врач. 2016; 4:12–5.

9. García-Yoldi D., Marín C.M., de Miguel M.J., Muñoz P.M., Vizmanos J.L., López-Goñi I. Multiplex PCR assay for the identification and differentiation of all Brucellaspecies and the vaccine strains Brucella abortusS19 and RB51 and Brucella melitensisRev1. Clin. Chem. 2006; 52(4):779–81. DOI: 10.1373/clinchem.2005.062596.

10. Kang S.I., Her M., Kim J.W., Kim J.Y., Ko K.Y., Ha Y.M., Jung S.C. Advanced multiplex PCR assay for differentiation of Brucella species. Appl. Environ. Microbiol. 2011; 77(18):6726–8. DOI: 10.1128/AEM.00581-11.

11. Khammadova A.V., Shuralev E.A., Khammadov N.I., Oumarou B.M., Faizov T.K., Mukminov M.N. Design of primers for identification of honey bee viruses in multiplex-PCR. Astra Salvensis.2017; 5(1):481–9.

12. Lívia de Lima Orzil, Ingred Sales Preis, Iassudara Garcia de Almeida, Patrícia Gomes de Souza, Paulo Martins Soares Filho, Fabrício Barcelos JacintoI, Antônio Augusto Fonseca Júnior. Validation of the multiplex PCR for identification of Brucellaspp. Ciência Rural, Santa Maria. 2016; 46(5):847–52. DOI: 10.1590/0103-8478cr20150065.

13. Mustafa A.S., Habibi N., Osman A., Shaheed F., Khan M.W. Species identification and molecular typing of human Brucellaisolates from Kuwait. PLoS One. 2017; 12(8):e0182111. DOI: 10.1371/journal.pone.0182111.

14. Shevtsova E., Shevtsov A., Mukanov K., Filipenko M., Kamalova D., Sytnik I., Syzdykov M., Kuznetsov A., Akhmetova A., Zharova M., Karibaev T., Tarlykov P., Ramanculov E. Epidemiology of brucellosis and genetic diversity of Brucella abortus in Kazakhstan. PLoS One.2016; 11(12):e0167496. DOI: 10.1371/journal.pone.0167496.


Для цитирования:


Хаммадов Н.И., Осянин К.А., Усольцев К.В., Фаизов Т.Х., Хаммадова А.В., Шуралев Э.А. Маркерные локусы генома бруцелл для дифференциальной ПЦР индикации патогенных штаммов. Проблемы особо опасных инфекций. 2018;(3):88-93. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-3-88-93

For citation:


Khammadov N.I., Osyanin K.A., Usol’tsev K.V., Faizov T.K., Khammadova A.V., Shuralev E.A. Marker Loci in Brucella Genome for Differential PCR Indication of Pathogenic strains. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2018;(3):88-93. (In Russ.) https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-3-88-93

Просмотров: 82


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0370-1069 (Print)
ISSN 2658-719X (Online)