Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из проб мокроты больных пневмонией в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии COVID-19 (май–июнь 2020 г.)

Цель исследования: изучить бактериальную микрофлору в мокроте больных пневмонией, вызванной SARS-CoV-2 или другими возбудителями.

Материалы и методы. Исследовали бактериальную микрофлору мокроты 173 больных пневмонией, госпитализированных в лечебные учреждения г. Хабаровска и   Хабаровского края в мае–июне 2020 г. Бактериологический анализ мокроты проводили с использованием дифференциально-диагностических сред, идентификацию выделенных патогенов – с помощью микробиологического анализатора Vitec 2 Compact. Выявление РНК вируса SARS-CoV-2 проводили методом ПЦР с тест-системой «Вектор-ПЦР РВ - 2019-nCoV-RG» (производство ФБУН «ГНЦ ВБ «Вектор», р.п. К ольцово). Определение ДНК  возбудителей микоплазмоза и хламидиоза проводили с тест-системой «АмплиСенс® Mycoplasma pneumoniae/Chlamydophila pneumonia» (производство ФБУН ЦНИИЭ ). Статистическую обработку данных выполняли с использованием программы Exсel.

Результаты и обсуждение. Обе группы больных (Covid-19+ и Covid-19–) характеризуются высоким уровнем выделения бактериальной флоры (81,4 и 74,7 %), в том числе обычных возбудителей внебольничных пневмоний, существенной частотой выделения грибов рода Candida и микробных ассоциаций. Группа больных Covid-19+ характеризуется более широким спектром возбудителей, выявлением полирезистентных грамотрицательных энтеробактерий, грамотрицательных неферментирующих полирезистентных бактерий, более выраженным проявлением микробных ассоциаций. В группе наблюдения Covid-19– лекарственно устойчивая флора представлена в основном стафилококками групп MRSA, MRSE. 

1. Чучалин А.Г., Синопальников А.И., Козлов Р.С., Тюрин И.Е., Рачина С.А. Внебольничная пневмония у взрослых: практические рекомендации по диагностике, лечению и профилактике: пособие для врачей. М.; 2010. 106 с.

2. Баязитова Л.Т., Тюпкина О.Ф., Чазова Т.А., Тюрин Ю.А., Исаева Г.Ш., Зарипова А.З., Патяшина М.А., Авдонина Л.Г., Юзлибаева Л.Р. Внебольничные пневмонии пневмококковой этиологии и микробиологические аспекты назофарингеального носительства Streptococcus pneumoniae в Республике Татарстан. Инфекция и иммунитет. 2017; 7(3):271–8.

3. Brun-Busson Ch. Des germes si ordinaires. Le recherché. 1994; 25:706–9.

4. Головерова Ю.А., Марьин Г.Г., Шабалина С.В., Тутельян А.В., Орлова О.А., Акимкин В.Г. Уровень заболеваемости инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи, в отделениях высокого эпидемиологического риска инфицирования. Инфекционные болезни. 2019; 17(3):69–73.

5. Орлова О.А., Акимкин В.Г. Организация эпидемиологической диагностики вентилятор-ассоциированных инфекций дыхательных путей. Медицинский алфавит. 2017; 3(30):15–9.

6. Брико Н.И., Брусина Е.Б., Зуева Л.П., Ковалишена О.В., Ряпис Л.А., Стасенко В.Л., Фельдблюм И.В., Шкарин В.В. Госпитальный штамм – непознанная реальность. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2013; 1(68):30–5.

7. Брусина Е.Б. Эпидемиология инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, вызванных возбудителями группы сапронозов. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2015; 14(2):50–6.

8. Kreitmann L., Monard C., Dauwalder O., Simon M., Argaud L. Early bacterial co-infection in ARDS related to COVID-19. Intensive Care Med. 2020; 46(9):1787-9. DOI: 10.1007/s00134-020-06165-5.

9. Cucchiari D., Pericàs J.M., Riera J., Gumucio R., Coloma E., Nicolás D. Pneumococcal superinfection in COVID-19 patients: A series of 5 cases. Med. Clin. (Barc). 2020 Jun 5; S0025-7753(20)30349-3. DOI: 10.1016/j.medcli.2020.05.022.

10. Chaudhary W.A., Chong P.L., Mani B.I., Asli R., Momin R.N., Abdullah M.S., Chong V.H. Primary respiratory bacterial coinfections in patients with COVID-19. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2020; 103(2):917–9. DOI: 10.4269/ajtmh.20-0498.

11. Hughes S., Troise O., Donaldson H., Mughal N., Moore L.S. Bacterial and fungal coinfection among hospitalised patients with COVID-19: a retrospective cohort study in a UK secondary care setting. Clin. Microbiol. Infect. 2020; 26(10):1395–9. DOI: 10.1016/j.cmi.2020.06.025.

12. Слепакова С.А. Возбудители кандида-инфекций в отделениях реанимации и интенсивной терапии. Инфекция и иммунитет. 2012; 2(1–2):495.

13. Петрухина М.И., Мартынова А.М., Политова Н.Г., Старостина Н.В., Каира А.Н. Результаты микробиологического мониторинга циркуляции грибов рода Candida в детском и взрослом многопрофильных стационарах. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2018; 1(98):33–9.

14. Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2):266–75. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.05.

15. Teng F., Liu X., Guo S.-b., Li Z., Ji W.-Q., Zhang F., Zhu X. Community-acquired bacterial co-infection predicts severity and mortality in influenza-associated pneumonia admitted patients. J. Infect. Chemother. 2019; 25(2):129–36. DOI: 10.1016/j.jiac.2018.10.014.

16. Борисова О.Ю., Алешкин В.А., Пименова А.С., Крюков А.И., Кунельская Н.Л., Гуров А.В., Шадрин Г.Б., Товмасян А.С., Ефимов Б.А., Кафарская Л.И. Микробный состав микрофлоры ротоглотки у больных с тонзиллярной патологией. Инфекция и иммунитет. 2015; 5(3):225–32.

17. Демиховская Е.В. Беседы с микробиологом. Болезни и антибиотики. 2011; 2(05):13–9.

18. Демиховская Е.В. Ванкомицин-резистентные энтерококки как возбудители внутрибольничных инфекций. Болезни и антибиотики. 2013; 1(8):68–71.

19. Симонова Е.В. Значение микробных ассоциантов в развитии госпитальных инфекций. Инфекция и иммунитет. 2012; 2(1–2):495.

20. Чезганова Е.А., Ефимова О.С., Созинов С.А., Ефимова А.Р., Сахарова В.М., Кутихин А.Г., Основа М.В., Исмагилов З.Р., Брусина Е.Б. Больничная пыль как потенциальный резервуар госпитальных штаммов. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019; 19(4):82–92.

21. Sêkowska A., Bogiel T., Woźniak M., Gospodarek-Komkowska E. Raoultella spp. – reliable identification, susceptibility to antimicrobials and antibiotic resistance mechanisms. J. Med. Microbiol. 2020; 69(2):233–8. DOI: 10.1099/jmm.0.001150.