Принципы формирования коллекционных фондов штаммов микроорганизмов

Целью работы является рассмотрение принципов и критериев формирования фондов сервисных микробиологических коллекций и специализированной Государственной коллекции патогенных бактерий (ГКПБ) ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб». Быстрые темпы описания, изучения, использования микробного разнообразия делают актуальной задачу разработки критериев отбора микроорганизмов для постоянного хранения в коллекциях. Количество и форма этих критериев определяются задачами, стоящими перед коллекционными центрами разного уровня и специализации. Сервисные коллекции формируют свои фонды посредством депонирования или приобретения типовых, референтных, учебных штаммов. В последние годы признана целесообразность расширения спектра штаммов, депонирование которых желательно в сервисных коллекциях. Это штаммы, характеризующиеся филогенетической, геномной, метаболической, экологической уникальностью; с полностью секвенированным геномом; известные и новые патогены растений, животных и человека, вызвавшие вспышки заболеваний; использованные в международных исследовательских проектах; имеющие биотехнологическое и экономическое значение. Главная задача ГКПБ как специализированной государственной коллекции патогенных бактерий I–II групп состоит в сохранении штаммов, характеризующих внутривидовое разнообразие и популяции патогенов, циркулирующих в природных очагах или на определенных территориях Российской Федерации, выделенные в период эпизоотий, локальных или эпидемических вспышек. Критериями отбора штаммов для постоянного хранения являются их экологические, фенотипические, генетические особенности. Сохранение такой коллекции важно для будущих исследований с использованием новых технологий и прослеживания эволюции патогенных бактерий – возбудителей особо опасных инфекционных заболеваний. 

1. Culture Collections Information Worldwide. [Электронный ресурс]. URL: http://www.wfcc.info/ccinfo (дата обращения 02.12.2020).

2. Overmann J. Significance and future role of microbial resource centers. Syst. Appl. Microbiol. 2015; 38(4):258–65. DOI: 10.1016/j.syapm.2015.02.008.

3. Microbiology Collections – ATCC. [Электронный ресурс]. URL: http://www.atcc.org/en/Products/Cells_and_Microorganisms.aspx (дата обращения 02.12.2020).

4. Сайт Всероссийской коллекции микроорганизмов – ВКМ. [Электронный ресурс]. URL: http://www.vkm.ru/rus/ (дата обращения 02.12.2020).

5. Dijkshoorn L., Ursing B.M., Ursing J.B. Strain, clone and species: comments on three basic concepts of bacteriology. J. Med. Microbiol. 2000; 49(5):397–401. DOI: 10.1099/0022-1317-49-5397.

6. Lapage S.P., Sneath P.H.A., Lessel E.F., Skerman V.B.D., Seeliger H.P.R., Clark W.A., editors. International code of nomenclature of bacteria: bacteriological code, 1990 Revision. Washington (DC): ASM Press; 1992.

7. Lippi D., Gotuzzo E. The greatest steps towards the discovery of Vibrio cholerae. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20(3):191–5. DOI:10.1111/1469-0691.12390.

8. Judicial Commission of the International Committee on Bacteriological Nomenclature. Opinion 31. Conservation of Vibrio Pacini 1854 as a bacterial generic name, conservation of Vibrio cholerae Pacini 1854 as the nomenclatural type species of the bacterial genus Vibrio, and designation of neo-type strain of Vibrio cholerae Pacini. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 1965; 15(3):185–6. DOI: 10.1099/00207713-15-3-185.

9. Reference strains: How many passages are too many? Tech. Bulletin № 6. [Электронный ресурс]. URL: https://www.atcc.org/~/media/PDFs/Technical%20Bulletins/tb06.ashx (дата обращения 02.12.2020).

10. Dedeurwaerdere T. Global microbial commons: institutional challenges for the global exchange and distribution of microorganisms in the life sciences. Res. Microbiol. 2010; 161(6):414–21. DOI:10.1016/j.resmic.2010.04.012.

11. Catalogue of microorganisms. German Collection of Microorganism (GCM). [Электронный ресурс]. URL: https://www.dsmz.de/catalogues/catalogue-microorganisms.html (дата обращения 02.12.2020).

12. Reference strain catalogue pertaining to organisms for performance testing culture media. 29th version. [Электронный ресурс]. URL: http://refs.wdcm.org/pdf/WDCM%20Catalogue%20 Version_V29.pdf (дата обращения 02.12.2020).

13. Tindall B.J., Garrity G.M. Proposals to clarify how type strains are deposited and made available to the scientific community for the purpose of systematic research. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008; 58:1987–90. DOI: 10.1099/ijs.0.2008/006155-0.

14. De Vos P., Truper H.G. Judicial Commission of the International Committee on Systematic Bacteriology. IXth International (IUMS) Congress of Bacteriology and Applied Microbiology. Minutes of the meetings, 14, 15 and 18 August 1999, Sydney, Australia. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000; 50(6):2239–44. DOI: 10.1099/00207713-50-6-2239.

15. Tindall B.J., Kampfer P., Euzeby J.P., Oren A. Valid publication of names of prokaryotes according to the rules of nomenclature: past history and current practice. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006; 56(Pt 11):2715–20. DOI: 10.1099/ijs.0.64780-0.

16. Будапештский договор: практический кодекс для международных органов по депонированию. Микробиология. 1999; 68(3):423–30.

17. Ward N., Eisen, J., Fraser C., Stackebrandt E. Sequenced strains must be saved from extinction. Nature. 2001; 414(6860):148. DOI: 10.1038/35102737.

18. Stackebrandt E. Deposition of microbial strains in public resource centres: safeguarding valuable resources for academic and applied research. Res. Microbiol. 2012; 163(8):487–9. DOI: org/10.1016/j.resmic.2012.07.003.

19. Stackebrandt E., Smith D., Casaregola S., Varese G.C., Verkleij G., Lima N., Bridge P. Deposit of microbial strains in public service collections as part of the publication process to underpin good practice in science. SpringerPlus. 2014; 3:208. DOI: 10.1186/21931801-3-208.

20. Coenye T., Vandamme P. Bacterial whole-genome sequences: minimal information and strain availability. Microbiology (Reading). 2004; 150(Pt 7):2017–8. DOI: 10.1099/mic.0.27307-0.

21. Accession criteria of the CBS for new deposits of microorganisms. [Электронный ресурс]. URL: http://www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap22.html (дата обращения 02.12.2020).

22. Accession criteria of the DSMZ for new deposits of microorganisms. [Электронный ресурс]. URL: http://www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap23.html (дата обращения 02.12.2020).

23. BCCM Accession criteria for new deposits of microorganisms. [Электронный ресурс]. URL: http://www.cabri.org/guidelines/micro-organisms/M200Ap21.html (дата обращения 02.12.2020).

24. Уткина Е.А., Гаврилова Е.Б. Депонирование микроорганизмов для целей национальной патентной процедуры. Патенты и лицензии. 2011; 2:34–9.