Обзор предметного поля подготовлен по результатам изучения арктического бешенства в тундрах и таежных лесах на северо-востоке России с 1855 по 2024 г. Цель исследования – проследить эволюцию научных знаний о бешенстве в Якутии, выделить наиболее значимые результаты и перспективные направления исследований на основе обзора данных, накопленных за весь период наблюдений. Прослежена смена парадигм и приоритетов на различных этапах изучения. Пространственно-временной анализ распространения бешенства проведен в сравнении по двум периодам – с начала XXI в. и за предшествующие годы. Картографирование выполнено на основе электронной карты Natural Earth в программе QGIS 3.2.1. Статистический анализ динамики заболеваемости бешенством по годам выполнен в Rstudio. Опубликованные данные о бешенстве различных видов животных суммированы в таблице по периодам с разными возможностями диагностики. Единичные случаи бешенства у человека в Якутии (n=6) выявлены в 1926 г. и 1974–1975 гг. Ранние сообщения о высокой зараженности леммингов и обнаружении классического вируса бешенства в Якутии подвергнуты критическому анализу с позиций современных знаний. Все депонированные нуклеотидные последовательности генов вируса бешенства из Якутии (n=28) принадлежали к генетической линии Arctic. Обоснована актуальность геномного эпидемиологического надзора при расследовании вспышек в центральных и южных районах Якутии. Представленные в обзоре данные предлагается использовать для планирования научных исследований и прогнозирования эпизоотий бешенства в Арктике.

В работе представлены результаты эпизоотолого-эпидемиологического мониторинга за геморрагической лихорадкой с почечным синдромом (ГЛПС) в Российской Федерации в 2024 г. и прогноз на 2025 г. В 2024 г. в Российской Федерации зарегистрировано 3396 случаев заболевания ГЛПС (3,32 на 100 тыс. населения) – отмечено снижение заболеваемости ГЛПС на 32,3 % по сравнению с данными предыдущего года. В возрастной структуре заболевших преобладали лица 30–59 лет (66,3 %, за некоторыми исключениями); среди детей до 17 лет отмечен 161 случай болезни. Доля мужского населения составила 72 %. Летальность зафиксирована на уровне 0,29 % (10 летальных исходов). На 2025 г. прогнозируется сохранение сложной эпидемиологической обстановки по ГЛПС в субъектах Приволжского и Центрального федеральных округов. В Северо-Западном, Уральском и Дальневосточном федеральных округах сохранятся условия для возникновения спорадических случаев ГЛПС. Не исключены спорадические случаи заболевания на отдельных территориях субъектов Южного, СевероКавказского и Сибирского федеральных округов. Сформулированы предложения по минимизации возможных эпидемиологических осложнений на территории страны на прогнозируемый период и ближайшую перспективу. Представлены основные направления научных разработок, ориентированные на повышение качества эпидемиологического надзора за ГЛПС, осуществляемые в настоящее время с использованием высокопродуктивных современных технологий обработки, анализа и визуализации данных.

В аналитическом обзоре представлены сведения о современной ситуации по бруцеллезу в Российской Федерации. Согласно многолетним данным в России в среднем ежегодно регистрировалось более 400 случаев бруцеллеза среди людей, показатель заболеваемости на 100 тыс. населения составлял 0,29. Более 70 % случаев бруцеллеза было выявлено на территории с активным разведением скота на юге европейской части страны. С 2022 г. отмечается рост числа заболеваний людей бруцеллезом в регионах с развитым животноводством на энзоотичной по бруцеллезу территории (преимущественно Республика Дагестан) и в ранее относительно благополучных субъектах (Брянская, Смоленская области, Республика Татарстан, Пензенская область, Красноярский край). В 2024 г. зарегистрировано 530 случаев бруцеллеза (0,36 на 100 тыс. населения), что превышает средние многолетние показатели на 27,4 %. В качестве новых угроз по бруцеллезу можно рассматривать возникновение групповых эпидемических вспышек среди профессионального контингента в хозяйствах общественного сектора и семейных эпидемиологических очагов в личных подсобных хозяйствах. Учитывая тенденции развития ситуации по бруцеллезу, в 2025 г. прогнозируется уровень заболеваемости на 30–40 % выше среднего многолетнего уровня, что может составить 480–530 новых случаев (0,32–0,36 на 100 тыс. населения).

Цель обзора – охарактеризовать эпидемиологическую ситуацию по иксодовыми клещевым боррелиозам (ИКБ) в Российской Федерации в 2024 г., дать прогноз развития эпидемического процесса ИКБ на 2025 г. на основе анализа его тенденций в период 2010–2024 гг., за исключением 2020–2021 гг. – периода пандемии COVID-19. Дана оценка эпидемического потенциала по ИКБ в России и других странах, где отмечается повышение активности очагов и расширение ареала возбудителей. Проведен анализ заболеваемости ИКБ в РФ в 2024 г. в сравнении со среднемноголетними показателями 2010–2019 гг. В 2024 г. в РФ зарегистрировано 7365 случаев ИКБ. Уровень заболеваемости составил 4,84 ⁰/₀₀₀₀, что статистически значимо ниже аналогичного показателя за 2023 г. (6,25 ⁰/₀₀₀₀), но находится в пределах среднемноголетнего показателя (СМП) заболеваемости (СМП_2010–2019 – 4,99 ⁰/₀₀₀₀). В 2024 г. большинство федеральных округов (Северо-Западный, Приволжский, Уральский, Сибирский, Дальневосточный) не достигают или находятся в пределах СМП заболеваемости ИКБ, наблюдавшихся в 2010–2019 гг., тогда как в Центральном, Южном и Северо-Кавказском федеральных округах, наоборот, уровни инцидентности в 2024 г. выше представленных среднемноголетних значений. Эпидемиологическая ситуация по ИКБ в Российской Федерации продолжает оставаться напряженной. Исходя из прогнозируемых показателей заболеваемости, в Центральном, Северо-Западном и Приволжском федеральных округах в 2025 г. следует ожидать снижения заболеваемости ИКБ. Эффективный контроль эпидемической ситуации по ИКБ возможен при условии сохранения объемов профилактических мероприятий, усиления зоолого-энтомологического мониторинга активности и структуры природных очагов.

Проведен обзор эпизоотолого-эпидемиологической ситуации по сибирской язве в мире в 2024 г., представлены динамика заболеваемости сибирской язвой в период 2015–2024 гг. и прогноз заболеваемости на 2025 г. в Российской Федерации. В 2024 г. в России выявлена одна вспышка сибирской язвы в субъекте Центрального федерального округа с заболеванием двух сельскохозяйственных животных и трех человек. По сравнению с 2023 г., когда было зарегистрировано семь вспышек в пяти субъектах, в 2024 г. в России отмечено снижение числа случаев заболевания на 12 среди сельскохозяйственных животных и на 16 среди людей. Сибирская язва проявлялась в четырех государствах ближнего зарубежья, с наиболее неблагополучной обстановкой, сложившейся в Казахстане и Кыргызстане. Очаги инфекции среди сельскохозяйственных и диких животных фиксировались на всех континентах, с наибольшим числом заболевших в Африке и Азии. Случаи сибирской язвы у людей учтены в ряде стран Африки, Азии, Северной и Южной Америки и Европы и обусловлены контактом с больными сельскохозяйственными животными в процессе их вынужденного убоя, разделки туш и мяса, употреблением в пищу мяса больных и павших животных. Также в одной из стран Азии (Пакистан) реализован акт биотерроризма с рассылкой писем, содержащих споры сибирской язвы, который не привел к заражению людей. Уровень заболеваемости сибирской язвой животных и людей в 2025 г. в Российской Федерации будет зависеть от масштабности мероприятий по учету и вакцинации животных, полноты включения в планы иммунизации лиц из групп риска и реализации планов профилактических прививок. При строгой реализации противосибиреязвенных мониторинговых и надзорных мер заболевание сибирской язвой на территории России не превысит единичных случаев.

Цель исследования – создание на примере COVID-19 и гриппа аналитической модели тестовой пандемии болезни Х, требующей приоритетного подхода при обеспечении биологической безопасности. Созданная модель пандемии состоит из двух частей: самого явления пандемии на примере COVID-19 и постпандемического периода на примере гриппа «испанка». Определены с помощью эпидемиологического метода, закона больших чисел (ЗБЧ в теории вероятностей), глобального применения цифровых и геномных технологий формализованная структура, признаки, параметры, свойства и негативные последствия пандемии COVID-19 как явления с экстраординарным масштабом эпидемического распространения, социально-экономических и других дезорганизующих общество критических последствий, сопоставимых с угрозами национальной и международной безопасности, готовность к которым является функцией обеспечения биологической безопасности в широком формате. При углубленном изучении пандемии COVID-19 установлено значение ключевого критерия определенной структурности клиникоэпидемиологического содержания эпидемической фазы пандемии, обусловившей высокие количественные параметры распространения и смертности. Установлен 10-кратный диапазон изменения ключевого критерия как в сторону повышения, так и снижения, несовместимый с возникновением и существованием пандемии как явления. Доказательством действенности, эффективности, научной и практической значимости созданной на основе COVID-19 модели пандемии болезни Х является реализация в полной мере в 2024 г. разработанного нами эпидемиологического прогноза продолжительности пандемии COVID-19 по всем его элементам и параметрам. Имитация постпандемического периода болезни Х представлена данными о циркуляции на протяжении более 100 лет вируса гриппа подтипа H1N1, сезонными вспышками и эпидемиями с 1920 до 1957 г., четырьмя умеренными относительно «испанки» пандемиями после 1957 г., получением особо патогенных потенциально эпидемических вариантов вируса гриппа. В целом модель предлагается использовать для мониторинга и оценки готовности к будущим пандемиям формата биологических катастроф при формировании государственной политики в области биологической безопасности, а также для предупреждения возникновения чрезвычайных ситуаций в рамках реализации Международных медико-санитарных правил (2005 г.).

Цель – определение инфицированности различными геномовидами лептоспир диких и синантропных мелких млекопитающих, собранных на территории Санкт-Петербурга. Материалы и методы. Сбор диких и синантропных мелких млекопитающих проводился с сентября по октябрь 2021 г. с использованием ловушек типа Геро в Курортном и Кировском районах Санкт-Петербурга. Исследование образцов на наличие ДНК Leptospira spp. проводилось методом ПЦР с использованием праймеров, подобранных по фрагменту гена lipL32. Генотипирование образцов проводили с использованием праймеров по фрагментам генов secY и rpoB. Результаты и обсуждение. ДНК патогенных лептоспир выявлена в 8 образцах, что составило (4,2±1,5) % от общего количества образцов (190). Инфицированность серых крыс, собранных на территории Кировского района, составила (11,1±5,2) % (4/36). Инфицированность диких грызунов, собранных на территории Курортного района, – у желтогорлых мышей (3,7±2,6) % (2/54), а у рыжих полевок (2,0±1,4) % (2/100). По результатам анализа последовательностей, полученных при секвенировании, выявлена циркуляция двух патогенных видов лептоспир – L. interrogans и L. borgpetersenii. Полученные нами результаты подтверждают циркуляцию лептоспир как среди диких, так и среди синантропных мелких млекопитающих. Филогенетические виды патогенных лептоспир, выявленные в нашем исследовании, типичны и ассоциированы с исследованными грызунами. С целью профилактики заболевания людей необходимо продолжать исследования, направленные на выявление циркуляции возбудителей в популяциях диких и синантропных мелких млекопитающих. Необходимо проведение дератизационных мероприятий и мероприятий, направленных на разъяснение жителям Санкт-Петербурга мер защиты и профилактики.

Цель работы – определить связь доступных погодно-климатических показателей с межэпизоотическим периодом в Центрально-Кавказском высокогорном природном очаге чумы. Задачи: определить погодно-климатические показатели, потенциально связанные с активностью природного очага, – оптимальные и пессимальные для регистрации эпизоотий чумы значения показателей; определить, есть ли различия в количестве пессимальных для регистрации эпизоотий факторов в эпизоотический и межэпизоотический периоды. Материалы и методы. Изучены данные об эпизоотической активности Центрально-Кавказского высокогорного природного очага чумы с 1987 по 2021 г. Использованы сведения по месяцам: о минимальной, максимальной и средней температурах воздуха, сумме осадков, средней влажности воздуха, величине атмосферного давления – всего 72 погодных показателя (метеостанция «Шаджатмаз»). Статистическая обработка проводилась с использованием непараметрической последовательной статистической процедуры распознавания, корреляционного анализа Спирмена, критерия Манна – Вилкоксона – Уитни. Для расчетов статистик использована библиотека Python sсipy.stat. Результаты и обсуждение. При высокой эпизоотической активности значения погодных показателей находились в основном в благоприятных диапазонах. После 2008 г. значения погодных показателей переместились большей частью в неблагоприятные диапазоны. Значения погодных показателей, не относящихся к информативным, также имеют тенденцию на выход из пределов толерантности. Климатические изменения неблагоприятно сказываются на эпизоотической активности очага. В то же время, вероятно, происходит постепенная адаптация экосистемы очага к изменению климата. Можно ожидать, что эпизоотическая активность очага будет регистрироваться спорадически, при некотором улучшении погодно-климатических условий.

Цель работы – сравнение способности к выживанию вирулентных штаммов эндемичных для России голарктического и среднеазиатского подвидов туляремийного микроба в водной среде и в условиях организма животного. Материалы и методы. Использовали 11 вирулентных штаммов различных подвидов из Государственной коллекции «ГКПМ-Оболенск». Для оценки выживаемости бактериальные клетки исследуемых штаммов в концентрации 5·10⁶ КОЕ/мл инкубировали в течение 5 недель в автоклавированной водопроводной воде. Жизнеспособность бактериальных клеток Francisella tularensis определяли непосредственно перед экспериментом и далее еженедельно методом высева на плотную питательную среду. Для сравнения штаммов подвидов holarctica и mediasiatica по выживаемости in vivo смесь штаммов трижды пассировалась через мышей с подсчетом соотношения колоний каждого штамма в селезенке при каждом пассаже. Дифференциацию колоний проводили, оценивая длину VNTR-локуса Ft-M20 методом ПЦР с последующим гель-электрофорезом. Результаты и обсуждение. Подвид mediasiatica показал достоверно меньшую способность к выживанию в воде по сравнению с подвидом holarctica. В то же время анализ результатов высевов после сочетанного заражения мышей штаммами голарктического и среднеазиатского подвидов свидетельствует, что подвид mediasiatica размножается в организме хозяина более эффективно, чем подвид holarctica.

Цель – определение филогеографических и фенотипических характеристик штамма Burkholderia mallei, вызвавшего в 2023 г. вспышку сапа лошадей на территории Забайкальского края. Материалы и методы. Культуру B. mallei из секционного материала выделяли согласно МУ 4.2.3744-22. Фенотипические характеристики исследовали бактериологически и с использованием системы VITEK®2 GN. Молекулярно-генетический анализ генома B. mallei 16050 в сравнении с 103 геномами из публичных баз данных проводили с использованием ресурсов PubMLST, NGphylogeny и iTOL v6. Результаты и обсуждение. Выделенные от сапной лошади из Читы штаммы B. mallei 16050 и 15747, идентифицированные методом ПЦР, отличались по морфологическим характеристикам, но имели идентичные атипичные биохимические профили, определившие их ошибочную идентификацию системой Vitek 2 (GN) как Sphingomonas paucimobillis. Анализ шотган полногеномных последовательностей подтвердил идентичность этих штаммов, последующее исследование проводили с использованием сиквенса штамма B. mallei 16050, имеющего более высокое качество сборки. Филогенетический анализ на основании результатов cgMLST методом максимального правдоподобия показал вхождение штамма B. mallei 16050 в отдельный кластер (бутстреп 91 %). В ближайший кластер (бутстреп 100 %) вошли пять штаммов, три из которых (В-120, Ц-5 и Ц-4) имеют достоверно монгольское происхождение, для еще двух (Z-12 и 10230) высокое сходство с монгольскими штаммами показано в настоящей работе. Выявлено, что 87 локусов штамма 16050 имели новые аллели, что может послужить в качестве маркера при проведении геномного надзора и расследования заносных случаев сапа. Полученные данные позволяют с высокой долей вероятности предположить, что штамм B. mallei, вызвавший в 2023 г. вспышку сапа лошадей в г. Чите, имеет монгольское происхождение.

Территория Юго-Восточной Азии, включая Вьетнам, относится к числу неблагополучных в отношении лептоспирозов. Согласно исследованиям 10 % населения Вьетнама инфицировано лептоспирами, но в то же время информация о циркулирующих видах лептоспир и основных носителях инфекции в различных районах Вьетнама ограничена. Цель работы состояла в изучении циркуляции возбудителей лептоспироза в различных провинциях Вьетнама, для чего проведено исследование суспензий органов мелких млекопитающих, а также определен уровень иммунной прослойки населения, проживающего на обследуемых территориях. Материалы и методы. Работу выполняли на базе мобильной лаборатории мониторинга и диагностики, а также лаборатории токсикологии и тропических болезней Института тропической медицины. Молекулярно-генетическими методами (ПЦР и секвенирование) проведено исследование 2790 проб суспензий органов мелких млекопитающих, собранных с 2019 по 2024 г. в 14 провинциях, расположенных в северной, центральной и южной части страны. Дополнительно для оценки напряженности иммунитета к лептоспирам методом ИФА исследовано 576 сывороток крови, полученных от практически здоровых людей в пяти северных провинциях Вьетнама. Результаты и обсуждение. В 282 образцах, полученных от 20 различных видов мелких млекопитающих, методом ПЦР обнаружены маркеры патогенных лептоспир, при этом положительные результаты выявлены в пробах из всех обследуемых провинций. Проведено секвенирование 76 положительных образцов, в результате чего установлена их принадлежность к видам Leptospira interrogans, Leptospira borgpetersenii, Leptospira mayottensis. Специфические антитела класса IgG к лептоспирам обнаружены в 8,0 % случаев. Выявлена группа риска – лица, занятые в сельском хозяйстве. Полученные результаты показывают повсеместное распространение возбудителей лептоспироза во Вьетнаме. Перспективным направлением является районирование территорий страны по интенсивности эпидемических проявлений лептоспироза, определение видового состава циркулирующих лептоспир и основных носителей среди млекопитающих с учетом ландшафтно-географических и социально-экономических условий.

Волго-Уральский песчаный природный очаг чумы является трансграничным. Большая его часть (66 036 км² ) расположена на территории двух областей Республики Казахстан, меньшая (8625 км² ) – на территории Российской Федерации. Цель работы – провести эпизоотологическую дифференциацию южной части Волго-Уральского песчаного очага чумы. Материалы и методы. Использованы ретроспективные данные эпизоотологического обследования очага Астраханской (Российская Федерация) и Атырауской (Республика Казахстан) противочумными станциями. Определены координаты (широта и долгота) 865 мест обнаружения возбудителя чумы за период 1936–2005 гг. Методом круговой экстраполяции каждого пункта с проявлениями чумы получены ежегодные карты эпизоотических участков. Последовательным совмещением созданных электронных карт выявлена дислокация ядер активности природного очага и зон кратковременной регистрации эпизоотического процесса, определены их количественные характеристики. Результаты и обсуждение. Выявление детальной конфигурации наиболее активных зон проявления эпизоотического процесса имеет существенное прогностическое значение при поиске зараженных чумой животных, особенно в межэпизоотические периоды. Картографическая модель дифференциации очаговой территории по активности и продолжительности эпизоотий предназначена для обоснованного планирования мероприятий эпидемиологического надзора, профилактики и дальнейшего изучения проблем энзоотии чумы. Полученные данные могут быть использованы для эпидемиологического районирования территории по чуме.

Широкое распространение природных очагов туляремии на территории Российской Федерации обусловливает необходимость создания новых и совершенствования имеющихся методов иммунодиагностики возбудителя. На сегодняшний день актуальной задачей остается поиск антигенов Francisella tularensis, которые смогли бы обеспечить высокую чувствительность и специфичность разрабатываемых на их основе диагностических тест-систем. При этом большие надежды возлагаются на поверхностные структуры клеток туляремийного микроба (ЛПС и белки наружной мембраны) и секретируемые стресс-белки. Цель работы – оценка диагностической значимости кроличьих поликлональных антител к комплексным антигенам внешних мембран и секретируемым стресс-белкам туляремийного микроба. Материалы и методы. В работе использовали вакцинный штамм, его бескапсульный дериват, 6 вирулентных штаммов F. tularensis разных подвидов и биоваров, а также 10 штаммов гетерологичных микроорганизмов. Оценку диагностической значимости полученных кроличьих гипериммунных сывороток проводили с использованием иммуноферментного анализа, иммуноблоттинга, реакции микроагглютинации и непрямой гемагглютинации. В качестве образцов использовали чистые культуры микроорганизмов, суспензии органов лабораторных животных, вакцинированных F. tularensis 15 НИИЭГ (белые мыши) и зараженных F. tularensis 503/840 (морские свинки). Результаты и обсуждение. Получены кроличьи поликлональные антитела к антигенам внешних мембран и секретируемым стресс-белкам F. tularensis. С помощью иммуноблоттинга определена их эпитопная направленность. Показана способность полученных поликлональных антител вступать в реакции со специфическими антигенами F. tularensis разных подвидов в иммунологических тестах. Установлено, что полученные антитела могут использоваться для выявления возбудителя в суспензиях органов вакцинированных и зараженных лабораторных животных. При этом наибольшей диагностической значимостью обладают антитела к сложным антигенам F. tularensis, в состав которых кроме белкового входит углеводный компонент клеток туляремийного микроба. Поликлональные антитела к отдельным секретируемым стресс-белкам (Bfr и GroEL/GroES) специфичны, но не позволяют выявить возбудитель при его низкой концентрации в образце, что может быть связано с разной интенсивностью экспрессии этих антигенов в процессе жизнедеятельности микроорганизма.

Деятельность с использованием особо опасных патогенов сопряжена с профессиональными биорисками: вероятностью антропогенных аварий, лабораторного инфицирования работников – и требует приобретения и совершенствования знаний, умений и навыков безопасного выполнения манипуляций. Одним из базовых компонентов системы обеспечения биобезопасности при обучении специалистов является комплекс регламентированных профилактических (противоэпидемических) мероприятий для снижения биориска и оперативного выявления инфицирования: медицинские осмотры, вакцинация и обсервация (по показаниям), проверка знаний правил обеспечения биобезопасности, ежедневное медицинское наблюдение (опрос, осмотр, термометрия). Постепенное, начиная с 1990 г., сокращение практической части профессиональной переподготовки работников с шести до трех месяцев при сохранении цели обучения – надежной, безопасной профессиональной деятельности – обусловливает необходимость повышения интенсивности выработки умений и навыков безопасной работы и соответственно дополнительных мер для снижения биориска при работе с патогенами слушателей курсов, изначально не имеющих профессиональных умений и навыков. Цель работы – совершенствование комплекса профилактических (противоэпидемических) мероприятий для снижения риска антропогенных аварий и лабораторного инфицирования при обучении безопасной работе с патогенными биологическими агентами I–II групп (ПБА). Проведен анализ законодательных, нормативно-методических документов, подзаконных актов, информационно-патентный поиск в области обеспечения биобезопасности работ с ПБА и дополнительного профессионального образования. Предложен перечень дополнительных профилактических (противоэпидемических) мероприятий к регламентированному комплексу мер обеспечения биобезопасности, разработаны средства обучения для снижения биориска на практических занятиях: пять учебных наборов штаммов особо опасных бактерий и алгоритмы их безопасного применения; комплект стандартных операционных микробиологических процедур; методы персонифицированной оценки профессионально важных качеств и индивидуальной модели безопасного поведения, уровней профессионального здоровья, подготовленности, надежности профессиональной деятельности и риска их снижения у обучающегося.

Цель работы – определение генетических маркеров, ассоциированных с аттенуацией (делеции в RD-18, RD‑19, единичные мутации), у природных штаммов возбудителя туляремии. Материалы и методы. В работе использованы 107 штаммов Francisella tularensis из Государственной коллекции патогенных бактерий ФКУН Российский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, а также 1077 геномов F. tularensis из базы данных NCBI GenBank. Культивирование осуществляли на чашках Петри с FT-агаром (ФБУН ГНЦ ПМБ), рН 7,2, посевы инкубировали в течение 36–48 ч при температуре (37±1) °С. Сборку чернового генома осуществляли с помощью пакета программ Unicycler v.0.4.7. С использованием программы snippy v.4.6.0 получена матрица из коровых SNPs. Дендрограмму получали в программе PhyML методом Likelihood c моделью замен GTR. Результаты и обсуждение. Среди изученных штаммов туляремийного микроба выявлено 11 эритромицин-резистентных штаммов F. tularensis филогенетических групп B.12 B.24 и B.12 B.20, содержащих делеции в областях RD-18 и RD-19. Также определены эритромицин-резистентные и эритромицин-чувствительные культуры патогена групп B.12 B.24, B.12 B.20, B.12 B.39 и B.4, B.6 B.10, B.6 B.7 соответственно, имеющие делецию только в области RD-18 – 11 штаммов, и только в RD-19 – 8. Из 11 культур, имеющих делеции в обеих областях, 9 относились к филогенетической группе B.12 B.24 и формировали отдельный кластер, оставшиеся две – к B.12 B.20. Для кластера таких штаммов характерно наличие семи уникальных мутаций, ассоциированных с формированием липолисахарида, метаболизмом ароматических соединений и размножением в макрофагах. У штаммов группы B.12 B.24 выявлены три дополнительные специфичные мутации. Нами определены 29 штаммов возбудителя туляремии (вакцинные, их производные и природные), несущие в разном количестве генетические маркеры, ассоциированные с аттенуацией.

Цель исследования – разработка агентной модели эпизоотического процесса, основанной на анализе взаимодействия возбудителя и хозяев на популяционном уровне, для совершенствования методов прогнозирования распространения чумы. Материалы и методы. Проведен анализ течения эпизоотий чумы, сформулированы основные допущения и упрощения модели. Сформирована структура многоуровневой древовидной системы целей, согласованной с функциями, обеспечивающими достижение целей. Определены типы агентов, их количество и характеристики, механизм взаимодействия друг с другом и с внешней средой. Результаты и обсуждение. Опыт применения имитационной модели для анализа и прогнозирования эпизоотических проявлений в природных очагах чумы свидетельствует о ее практической ценности для решения задач, связанных с управлением рисками, возникающими при данной инфекции. Имитационные модели позволяют учитывать сложные взаимодействия между различными факторами и оценить влияние различных стратегий вмешательства на развитие ситуации. Важным преимуществом агентного моделирования является возможность воспроизведения гетерогенности популяции хозяев и учета индивидуальных особенностей их поведения и восприимчивости к инфекции. Имитационное моделирование является перспективным инструментом для совершенствования системы эпидемиологического надзора и контроля чумы. Разработанная модель может быть использована для принятия обоснованных управленческих решений, направленных на снижение риска заболевания населения. Дальнейшие исследования будут направлены на расширение модели за счет включения дополнительных факторов (например, климатических и социальных) и ее адаптацию для использования в конкретных природных очагах чумы. Модель можно масштабировать и применять не только для локальных вспышек чумы, но и для моделирования распространения инфекции на более широких территориях.

Цель работы – определить эволюционно-филогеографическое происхождение штаммов возбудителя сибирской язвы, вызвавших вспышки заболевания в Центральном федеральном округе Российской Федерации в 2023 г. Материалы и методы. Выполнено полногеномное секвенирование 13 штаммов возбудителя сибирской язвы, выделенных в Рязанской и Воронежской областях. Полногеномное секвенирование осуществляли с использованием платформ высокопроизводительного секвенирования Ion GeneStudio S5 Plus System (Life Technologies, США) и DNBSEQ-G50 (MGI, Китай). Выполнен полногеномный SNP-анализ 1245 штаммов Bacillus anthracis из 50 стран, включая 304 штамма из 44 субъектов Российской Федерации. Результаты и обсуждение. Установлено, что штаммы возбудителя сибирской язвы, выделенные на территории субъектов Центрального федерального округа в 2023 г., относятся к филогенетической ветви A.Br.117, принадлежащей к монофилетической кладе TEA Tsiankovskii. Штаммы 1394, 1395 (Рязанская область) и 1402, 1404 (Воронежская область, Панинский район) относятся к генотипу A.Br.117-2, а штаммы 1405–1420 (Воронежская область, Богучарский район) – к генотипу A.Br.117-4. Штаммы, вызвавшие случаи заболевания в Панинском районе, имеют общее происхождение со штаммами 988/717 и 546/714, выделенными на территории области в 1980–1990-х гг., а штаммы из Богучарского района филогенетически близки со штаммом 991/178, выделенным в 1991 г. в Днепропетровской области Украины. Описана максимально детализированная на данный момент топология филогенетической ветви A.Br.117, включающая четыре генотипа, для которых определены вероятные временные интервалы дивергенции и описаны особенности филогеографического распространения 165 штаммов B. anthracis. Штаммы, относящиеся к генотипу A.Br.117-1, обнаружены в Молдавии и на Украине, штаммы генотипа A.Br.117-2 преобладают на территории Центрального и Южного федеральных округов, штаммы генотипа A.Br.117-3 – в Приволжском, Южном и Северо-Кавказском федеральных округах, а штаммы генотипа A.Br.117-4 – в Северо-Кавказском и Южном федеральных округах.

Цель работы – совершенствование эпидемиологического надзора за клещевыми трансмиссивными инфекциями посредством риск-ориентированной дифференциации территорий на муниципальном уровне с использованием новых информационных технологий и ГИС-технологий. Материалы и методы. В работе использованы данные формы № 2 федерального статистического наблюдения за 2000–2023 гг. в разрезе муниципальных образований, полученные из 14 субъектов Российской Федерации, эндемичных по трем основным клещевым трансмиссивным инфекциям (клещевому вирусному энцефалиту, иксодовому клещевому боррелиозу, сибирскому клещевому тифу). Для расчета уровней риска на основе среднемноголетних показателей заболеваемости применялась программа для ЭВМ «Территория риска: расчет и отображение на карте территорий риска по инфекционной заболеваемости», разработанная и запатентованная авторами, и методика, утвержденная ГОСТ Р ИСО 16269‑7‑2004. Результаты и обсуждение. Проведена дифференциация 412 муниципальных образований в 14 субъектах Российской Федерации по уровням риска заболевания населения тремя клещевыми трансмиссивными инфекциями. Рассчитаны среднемноголетние показатели заболеваемости населения клещевыми трансмиссивными инфекциями, на основе анализа которых определены пороговые показатели для пяти уровней риска. С помощью компьютерной программы QGIS v.2.18.12 построены классифицированные фоновые картограммы. В исследованных субъектах Российской Федерации установлены муниципальные образования с различными уровнями риска по клещевому вирусному энцефалиту, иксодовому клещевому боррелиозу, сибирскому клещевому тифу. Результаты проведенного исследования по дифференциации природно-очаговых территорий по уровням риска заболевания клещевыми трансмиссивными инфекциями на муниципальном уровне позволят специалистам Роспотребнадзора и здравоохранения точнее определять стратегию и тактику противоэпидемических мероприятий.

Цель работы – изучить присутствие антифаговых систем в геноме нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae О1 биовара Эль Тор и определить устойчивость штаммов с разной структурой данных систем к холерному диагностическому бактериофагу эльтор. Материалы и методы. В работе использовали 126 нетоксигенных (ctxА^– tcpА⁺ и ctxА^– tcpА^– ) штаммов V. cholerae О1 Эль Тор, выделенных на территории Российской Федерации и сопредельных стран из внешней среды и от больных острыми кишечными инфекциями с 1972 по 2018 г. Секвенирование проводили на платформе MGI DNBSEQ-G50. Для биоинформационного анализа использовали программы fastp v0.23, unicycler v0.4.7, Blast 2.16.0 и MEGA X. Взаимодействие холерного диагностического бактериофага эльтор с поверхностью бактерий исследовали методом атомно-силовой микроскопии. Результаты и обсуждение. В геноме изученных штаммов не выявлены фагоиндуцируемые острова PLE и BREX-системы. В то же время 75 % ctxА^– tcpА⁺ штаммов содержат гены рестрикции-модификации I типа, у ctxА^– tcpА^– штаммов данные гены не обнаружены. Гены CBASS-системы присутствуют у единичных штаммов обеих групп. Установлено наличие системы CRISPR-Cas I типа в геноме 36 (33 %) ctxА^– tcpА^– штаммов, выделенных в разных регионах нашей страны. При этом 78 % штаммов, содержащих данную систему, резистентны к холерному диагностическому бактериофагу эльтор. Таким образом, установлена гетерогенность изученных нетоксигенных штаммов V. cholerae О1 Эль Тор по наличию антифаговых систем, что расширяет сведения об их генетической организации. Нетоксигенные ctxAB^– tcpA^– штаммы V. cholerae О1 Эль Тор более устойчивы к литическому действию холерного диагностического бактериофага эльтор, чем ctxAB^– tcpA⁺. Одной из причин их резистентности может быть присутствие системы CRISPR-Cas I типа.

Целью исследования является проведение дифференциации территории Ростовской области по потенциальному риску инфицирования населения возбудителями иксодовых клещевых боррелиозов (ИКБ). Материалы и методы. Анализ эпидемиологической ситуации в 2012–2022 гг. проводили по материалам, предоставленным ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Ростовской области» и Управлением Роспотребнадзора по Ростовской области. Основой эпизоотологических исследований послужили данные мониторинга ИКБ, проведенного в 2015– 2022 гг. сотрудниками зоолого-паразитологической группы отдела эпидемиологии ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, материалы, предоставленные ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Ростовской области» и ФКУЗ «Северо-Кавказская противочумная станция» Роспотребнадзора. В процессе работы использовали традиционные эпидемиологические, зоолого-паразитологические, генодиагностические и аналитические методы исследования. Результаты и обсуждение. Проведено районирование Ростовской области на основании балльной системы оценки следующих факторов: величины эпизоотического потенциала, плотности населения, заболеваемости в границах административных районов. Ростовская область является территорией с наличием устойчиво функционирующего природного очага ИКБ, имеющего эпизоотические и эпидемические проявления. Для совершенствования эпидемиологического надзора за ИКБ применено районирование территории области, основанное на риск-ориентированном подходе.

В статье рассмотрена организация научных исследований и образовательной деятельности института «Микроб» в годы Великой Отечественной войны. Отмечены основные научные достижения и вклад научных сотрудников института в обеспечение эпидемиологического благополучия страны. Методической основой для проведения исследования явились документы из фондов института «Микроб» и Государственного архива Саратовской области. Представленный фотоматериал публикуется впервые.

Статья посвящена известному ученому-чумологу Роберту Робинсону Брубейкеру. Отмечены вклад Р.Р. Брубейкера в изучение чумного микроба, его основные научные достижения, а также заслуги как исследователя, педагога, наставника.