В 2023 г. ситуация в мире по высокопатогенному гриппу птиц в эпизоотологическом и эпидемиологическом плане была напряженной. Вирусом оказались инфицированы 150 видов птиц и десятки видов млекопитающих. Зарегистрировано более 650 вспышек среди сельскохозяйственной птицы на территории 29 стран, в результате чего погибло или было уничтожено около 19 млн особей. Наблюдался высокий уровень заболеваемости гриппом среди диких птиц (порядка 3 тыс. вспышек на территории 65 стран) и млекопитающих (более 16 тыс. случаев). Большинство вспышек среди дикой и домашней птицы и млекопитающих вызвано вирусами гриппа подтипа А(H5N1) клады 2.3.4.4b. Вспышки регистрировались в течение всего года во многих странах Европы, Азии, Африки, Северной и Южной Америки. Впервые зарегистрирован случай гибели полярного медведя от вируса гриппа A(H5N1). При этом в 50 % вирусов гриппа А(H5N1), вызвавших гибель животных, в белке PB2 обнаружены молекулярные маркеры адаптации к млекопитающим. В 2023 г. зарегистрированы случаи заражения людей вирусами высокопатогенного гриппа птиц A(H5N1) в Камбодже, Чили, Китае и Великобритании. Кроме того, в Китае отмечены случаи инфицирования вирусами A(H3N8), A(H5N6), A(H9N2) и A(H10N5). В России в 2023 г. зарегистрированы вспышки среди дикой и домашней птицы на территории 25 регионов, а также вспышка среди морских котиков на территории Сахалинской области. Все вспышки вызваны высоковирулентным вирусом гриппа подтипа А(H5N1) генетической клады 2.3.4.4b. Все исследованные нами вирусы, циркулировавшие в России в 2023 г., генетически соответствовали предложенным ВОЗ кандидатным вакцинным штаммам A/Astrakhan/3212/2020 (H5N8), A/chicken/Ghana/AVL-763_21VIR7050-39/2021 (H5N1) и A/American Wigeon/ South Carolina/22-000345-001/2021 (H5N1) по последовательности гемагглютинина и антигенно сходны с вакцинным штаммом A/Astrakhan/3212/2020.

Во ФКУН Российский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора разрабатываются и внедряются методы получения и очистки биологически активных веществ возбудителей чумы, холеры, туляремии и сибирской язвы, которые используются при конструировании профилактических и диагностических препаратов.

Цель обзора – обобщение и систематизация накопленных данных по выделению, очистке и анализу антигенов и токсинов возбудителей чумы, холеры, туляремии и сибирской язвы. Также уделено внимание применению и перспективам использования полученных антигенов для конструирования медицинских иммунобиологических препаратов (МИБП). Институт «Микроб» является референс-центром по чуме, поэтому современные иммунодиагностические препараты необходимы и востребованы. Профилактические препараты антигенного уровня против перечисленных выше инфекций также являются предметом изучения сотрудников института. Основные этапы выделения, очистки и анализа антигенов включают в себя выбор или конструирование подходящего штамма, культивирование, экстракцию, концентрирование и очистку антигенов и токсинов с применением биотехнологических методик, позволяющих получить и сохранить интересующее исследователя биологически активное вещество. Для изучения антигенной активности очищенных антигенов используют лабораторных животных, фиксируют и анализируют иммунный ответ, получают антисыворотку. Затем следует этап анализа физико-химических и иммунобиологических свойств выделенных антигенных препаратов и составление паспорта антигена. Охарактеризованные антигены используются для конструирования профилактических и диагностических препаратов.

Цель обзора – анализ литературных данных о системах устойчивости штаммов Vibrio cholerae к литическим холерным фагам. Холерные фаги присутствуют как в воде открытых водоемов, так и выделяются совместно с возбудителем из организма больных холерой. Механизмы молекулярной защиты V. cholerae от фагов подобны данным системам других бактерий, действуют на всех этапах фаговой инфекции и включают следующие стадии: предотвращение адсорбции фага, деградация фаговых нуклеиновых кислот и ингибирование процесса формирования частиц фага. Блокирование взаимодействия фага с бактериальной клеткой происходит в результате модификации рецепторов, продукции внеклеточных полисахаридов, создающих физический барьер между фагами и поверхностью клетки. Если ДНК фага все же проникла в клетки, то она уничтожается посредством ферментов рестрикции-модификации, а также с помощью адаптивной иммунной системы CRISPR-Cas. Наиболее многочисленными являются механизмы блокирования формирования фаговых частиц в клетках. Данный процесс происходит при участии фагоиндуцируемых PLE-островов, системы исключения бактериофагов BREX и абортивной Abi-инфекции, включающей антифаговую сигнальную систему на основе циклических олигонуклеотидов (CBASS) и систему токсин-антитоксин. При Abi-инфекции зараженные фагом клетки самоуничтожаются и погибают раньше, чем формируются зрелые частицы фага, что способствует сохранению популяции V. cholerae. Молекулярные механизмы ряда антифаговых систем еще до конца не выяснены, что указывает на необходимость дальнейшего изучения взаимоотношений фаг – хозяин.

Цель работы – краткий обзор данных о развитии, основных задачах ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора и вкладе в обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения Российской Федерации. Обзор подготовлен на основе анализа отчетов о научно-исследовательских работах, архивных материалов и литературных источников. В настоящее время приоритетными и перспективными направлениями исследований в институте являются: эпидемиологический мониторинг за возбудителями холеры и природно-очаговых инфекций с проведением оценки эпидемиологических рисков и угроз на основе современных методов выявления и идентификации возбудителей; разработка мероприятий, направленных на предотвращение распространения инфекций; проведение эпизоотологического мониторинга природных очагов особо опасных инфекций; разработка прогнозно-моделирующих систем оценки рисков, новых методик и подходов для совершенствования лабораторной диагностики и эпидемиологического надзора; развитие высокопроизводительного секвенирования; осуществление модернизации мониторинга, в том числе с использованием молекулярно-биологических методов, и контроля инфекционных болезней с использованием геоинформационных технологий; переход к геномному эпиднадзору; совершенствование единых онлайн-баз данных, создание технологически независимых, унифицированных отечественных программных платформ биоинформационного анализа результатов полногеномного секвенирования; исследование генетических маркеров антибиотикорезистентности, а также иммунопатогенетических аспектов особо опасных и других инфекций; обеспечение взаимодействия со всеми заинтересованными службами и ведомствами при организации и проведении мероприятий в рамках санитарной охраны территории. ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, основываясь на огромном опыте предшественников и современных знаниях, принимает активное участие в решении важных вопросов по научному и практическому обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия и биологической безопасности населения Российской Федерации.

Приведены сведения о заболеваемости бруцеллезом и основных тенденциях развития ситуации по этой инфекции в странах мира в современных условиях. Дан подробный анализ эпизоотологической и эпидемиологической обстановки по бруцеллезу в Российской Федерации в последнее десятилетие и прогноз заболеваемости людей на 2024 г. Установлено, что глобальная ситуация по бруцеллезу в регионах мира в последние 15–20 лет претерпела изменения, можно отметить почти двукратное увеличение числа неблагополучных по этой инфекции стран. Относительно высокая заболеваемость бруцеллезом регистрировалась в ряде стран Африки, Ближнего Востока, Центральной Азии, Южной и Юго-Восточной Азии, Центральной и Южной Америки. В странах Европейского союза наблюдается тенденция к увеличению количества случаев заболевания населения, связанных с поездками в энзоотичные по бруцеллезу страны. В Российской Федерации в последние 10 лет отмечается неустойчивая эпидемиологическая ситуация, выявлено 3537 случаев. В 2022–2023 гг. отмечена тенденция к увеличению заболеваемости людей бруцеллезом на 30–50 % относительно среднемноголетних значений, связанная с возникновением эпизоотий крупного рогатого скота (КРС), в том числе на крупных животноводческих предприятиях, формированием групповых эпидемических очагов на ранее относительно благополучных по бруцеллезу территориях Центрального, Приволжского и Южного федеральных округов и ухудшением эпизоотической ситуации по бруцеллезу в Республике Дагестан, ряде субъектов Сибирского федерального округа. Требует повышенного внимания ситуация по бруцеллезу, сложившаяся в Смоленской и Брянской областях, где отмечаются признаки укоренения (энзоотичности) и дальнейшего распространения в 2023 г. бруцеллеза среди КРС. В 2024 г. можно прогнозировать уровень заболеваемости на 35–40 % выше среднемноголетних значений. Количество случаев заболеваний людей бруцеллезом может составить 480–530 (0,32–0,36 на 100 тыс. населения).

Оральные вакцины привлекают все больше внимания из-за простоты введения, меньшей инвазивности и большей безопасности в целом. В обзоре обсуждаются преимущества перорального способа вакцинации, позволяющего стимулировать гуморальные и клеточные иммунные реакции на системном уровне и слизистых оболочках для обеспечения более широкой и долговременной защиты. Проанализированы аспекты, связанные со строением кишечника и иммунологическим распознаванием антигена в ходе процесса трансформации после проникновения в кишечник. Рассмотрены подходы, применяемые для повышения эффективности оральных вакцин. Обсуждаются такие проблемы, как нестабильность и недостаточная эффективность оральных вакцин, а также недавние разработки адъювантов и систем доставки на основе минеральных солей, веществ микробного происхождения, сапонинов, полимеров, микро- и наночастиц, липосом, обладающих потенциалом для повышения эффективности оральных вакцин. Дан краткий анализ лицензированных оральных вакцин и обобщены данные по разработке прототипов вакцинных препаратов с использованием современных методов генетики, молекулярной биологии и иммунологии, а также механизмов индуцирования иммунного ответа.

Цель работы – оценить уровень токсинопродукции геновариантов Vibrio cholerae El Tor и определить локализацию холерного токсина в составе везикул.

Материалы и методы. В работе использовали типичные штаммы и геноварианты V. cholerae El Tor, жидкие питательные среды: AKI и среду по прописи J. Hyan, – обеспечивающие высокую токсинопродукцию в условиях аэрации. Обеззараженные супернатанты исследуемых штаммов служили источником выделения препаратов холерного токсина и мембранных везикул. Определение локализации холерного токсина (ХТ), внутри или на внешней поверхности везикул, осуществляли с помощью различных методов: ПААГ-электрофорез, иммуноблот, GM1-ИФА, непрямой неконкурентный ИФА, модель культуры клеток CHO-K1, HuTu 80.

Результаты и обсуждение. Из супернатантов типичного и геновариантов V. cholerae El Tor, обладающих высоким уровнем токсинопродукции, выделены препараты везикул, содержащие в своем составе холерный токсин. После разделения везикул с помощью ПААГ-электрофореза, а затем иммуноблота со специфической антитоксической сывороткой установлено, что холерный токсин сохраняет полную структуру, включая обе субъединицы. В отличие от ХТ, секретируемого в среду культивирования, везикулоассоциированный не связывается как с рецептором GM1 ганглиозидов, сенсибилизированных на планшетах, так и GM1 на клеточных культурах, что свидетельствует об его отсутствии на внешней поверхности везикул. Положительная реакция в GM1-ИФА специфических антитоксических антител с везикулами, после их деградации ЭДТА, предполагает локализацию ХТ в полости везикул. Отсутствие токсина на внешней поверхности везикул у типичных и штаммов геновариантов V. cholerae El Tor исключает его связь с GM1-рецептором и позволяет предположить возможность их проникновения в клетки-мишени GM1-независимым путем. Выбор пути, по которому происходит передача везикулоассоциированного токсина в клетки-хозяева, обусловлен, вероятно, его местонахождением, т.е. связан он с внутренними структурами везикул или локализован на их поверхности.

Цель работы – определить видовое разнообразие возбудителей иксодовых клещевых боррелиозов в клещах Ixodes persulcatus на территории Хабаровского края.

Материалы и методы. В течение эпидемического сезона (апрель – октябрь) 2017–2023 гг. исследовано 4751 удаленная после присасывания к человеку и 418 собранных с растительности на территории Хабаровского края особей I. persulcatus Schulze, 1930. Сбор иксодовых клещей проводили в бесснежный сезон 2021–2023 гг. в зеленых массивах г. Хабаровска, а также на территории Хабаровского района на флаг. В клещах методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени выявляли ДНК боррелий комплекса Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) и B. miyamotoi. Дифференцировку видов боррелий в образцах, содержащих генетический материал B. burgdorferi s.l., осуществляли в два этапа. На первом этапе определяли наличие в пробе ДНК боррелий группы B. garinii s.l. (B. garinii + B. bavariensis) и ДНК B. afzelii. На втором этапе позитивные образцы B. garinii s.l. были дифференцированы на B. garinii sensu stricto (s.s.) и B. bavariensis.

Результаты и обсуждение. В напитавшихся клещах генетический материал B. burgdorferi s.l. выявлен в 45,7 % случаев, ДНК B. miyamotoi обнаружена в 7,2 % проб. В клещах, собранных с растительности, ДНК B. burgdorferi s.l. выявлена в 38,0 % случаев. При дальнейшем изучении генетический материал B. afzelii и боррелий группы B. garinii s.l. определен в 47,2 % случаях для обоих возбудителей. Внутри группы B. garinii s.l. ДНК B. bavariensis выявлена в 18,6 %, B. garinii s.s. – в 8 % проб, при этом микст-инфицирование отмечено в 53,3 % случаев. Показатель инфицированности B. afzelii клещей I. persulcatus оказался существенно выше такового для B. garinii s.s. и B. bavariensis, при этом статистически значимых различий показателей инфицированности клещей B. garinii s.s. и B. bavariensis не обнаружено.

Цель работы – характеристика генов и белков споруляции штаммов Bacillus anthracis основных генетических линий.

Материалы и методы. Анализ геномов проводили in silico, используя геномы: B. anthracis Ames Ancestor в качестве референсного, 47 штаммов B. anthracis из базы данных GenBank NCBI, относящихся к основным генетическим линиям A, B, C, геном штамма CI Bacillus cereus biovar anthracis, 7 штаммов из коллекции ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, а также ресурс NCBI Protein Database. Идентификацию полиморфизмов осуществляли в программах BLASTn, BLASTp, MEGA X, MAUVE, Tandem Repeat Finder. Последовательности генов и белков выравнивали в программе MEGA X.

Результаты и обсуждение. Сравнение полиморфизмов белков и генов споруляции трех основных генетических линий показало, что количество всех форм у штаммов B. anthracis линий B, C и B. cereus biovar anthracis превышало таковые у штаммов линии A в 4,5–10, 6,8–92 и 160–2078 раз соответственно. Бóльшее количество несинонимичных SNP в генах споруляции c изменением аминокислотного состава и функции белков у штаммов B. anthracis основных генетических линий B, С и B. cereus biovar anthracis, чем у штаммов линии A, предполагает их ограниченные адаптационные возможности и может быть одним из объяснений меньшей распространенности по сравнению с линией A.

В исследовании обобщены и проанализированы новые вызовы санитарной охране Российской Федерации, связанные с динамикой эпидемиологической конъюнктуры в странах мира и тенденциями к изменению структуры международных пассажиропотоков.

Цель работы – совершенствование подходов к снижению рисков заноса опасных инфекционных болезней на основе разработки дополнительных критериев динамической оценки эпидемиологического неблагополучия в зарубежных странах и внедрения индивидуализации определения риска по отношению ко всем прибывающим рейсам.

Материалы и методы. Анализ актуальной эпидемиологической обстановки проводился с использованием данных отчетов и периодических изданий Всемирной организации здравоохранения, центров по контролю и профилактике заболеваний, министерств здравоохранения стран и научных публикаций. Сведения о структуре пассажиропотока приведены по данным портала Единой межведомственной информационно-статистической системы (допандемийный период – 2018 г., I полугодие 2023 г.). Статистическая информация, по транспортному сообщению получена из открытых отчетов Министерства транспорта Российской Федерации и Федерального агентства воздушного транспорта за 2022 г. и I полугодие 2023 г. Сведения о результатах санитарно-карантинного контроля (СКК) представлены по данным автоматизированной информационной системы «Периметр».

Результаты и обсуждение. С учетом проанализированных данных в аспекте новых угроз системе санитарной охраны территории Российской Федерации в пределах перечня инфекционных болезней, требующих проведения мероприятий по санитарной охране, следует дифференцировать две категории на основе критериев значимости для осуществления СКК. Для наиболее актуальной среднесрочной оценки риска заноса предложен комплекс критериев, включающий ретроспективный анализ заболеваемости, наличия сохраняющихся условий устойчивой циркуляции возбудителя и возможности распространения от человека к человеку в случае заноса на территорию Российской Федерации. Кроме того, нарастание угроз и вызовов санитарной охране диктует необходимость использования современных информационных технологий в рамках санитарно-карантинного контроля.

Обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения невозможно без развития международного сотрудничества в области предупреждения и реагирования на чрезвычайные ситуации биологического характера. На сегодняшний день на пространстве Содружества Независимых Государств (СНГ) фактически сформирована единая система мониторинга и оперативного реагирования на чрезвычайные ситуации в области общественного здравоохранения санитарно-эпидемиологического характера. Для осуществления легитимного взаимодействия стран Содружества необходима разработка нормативно-методической базы. С этой целью Координационным советом по проблемам санитарной охраны территорий государств – участников Содружества Независимых Государств от завоза и распространения особо опасных инфекционных болезней разработан ряд межгосударственных документов, которые в дальнейшем были введены в действие на пространстве СНГ. В статье представлена деятельность Координационного совета, направленная на создание и обеспечение функционирования единой системы мониторинга и оперативного реагирования на чрезвычайные ситуации и разработку нормативно-методической базы, позволяющей легитимно осуществлять взаимодействие стран Содружества.

Цель исследования – апробация возможности идентификации изолятов патогенных боррелий группы Borrelia burgdorferi sensu lato по специфичности сцепленных последовательностей локусов их генов recA и ospA, т.е. оптимизированным методом мультилокусного сиквенс-анализа (МЛСА).

Материалы и методы. Исследовано 25 изолятов боррелий от взрослых голодных клещей Ixodes ricinus, отловленных в лесостепной части Воронежской области. Изоляты получены посевом материала кишечника клещей на среду BSK. Их первичная идентификация проведена путем анализа сцепленных последовательностей локусов генов recA и ospA общей длиной 360 п.н. Выборочный контроль видовой принадлежности изолятов проведен в соответствии с протоколом полного МЛСА путем анализа нуклеотидных последовательностей 6 генов (recA, ospA, rrs, hbb, groEL, fla) и межгенного спейсера rrf-rrl (общей длиной всех 7 локусов 1187 п.н.) с использованием платформы BLAST, программ Sequence scanner 2 и MEGA11.

Результаты и обсуждение. Исследована гетерогенность нуклеотидных последовательностей генов recA и ospA у 25 изолятов боррелий. Путем построения дендрограмм среди изолятов выявлены пять различных вариантов последовательностей. Показано сходство изолятов внутри каждой из этих пяти групп, а также их отличие от аналогичных сцепленных последовательностей других видов патогенных боррелий комплекса B. burgdorferi sensu lato. Для подтверждения полученных результатов проведено выборочное исследование изолятов из каждой группы по полному протоколу МЛСА. Выявлено, что в исследованных экосистемах Воронежской области циркулируют боррелии пяти видов: B. afzelii, B. garinii, B. bavariensis, B. burgdorferi sensu stricto и B. valaisiana.

Рассмотрены ключевые направления международной деятельности Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по укреплению взаимодействия с профильными ведомствами иностранных государств в вопросах глобального обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения на современном этапе. Представлена последовательная работа по укреплению международной сети противодействия чрезвычайным ситуациям санитарно-эпидемиологического характера за счет эффективного взаимодействия в области оперативного реагирования со странами-партнерами в ближнем и дальнем зарубежье, в том числе посредством организации совместных научно-практических центров по изучению и профилактике инфекционных болезней. Показано, что реализуемые программы направлены на усиление национальных структур здравоохранения стран-партнеров для достижения самостоятельности в реализации мониторинговых и противоэпидемических мероприятий и построение единого эпидемиологического пространства, независимого от влияния глобальных и региональных геополитических колебаний. Рассмотрена актуальность наращивания межгосударственного взаимодействия в области анализа и купирования биологических угроз, прежде всего инфекционных болезней с потенциалом возникновения чрезвычайных ситуаций санитарно-эпидемиологического характера международного значения, в Южно-Американском регионе. Описано расширяющееся в настоящее время стратегическое сотрудничество в сфере биологической безопасности с Боливарианской Республикой Венесуэла посредством создания первого совместного научного центра в регионе Южной Америки. Приводятся первые результаты совместной работы российских и венесуэльских специалистов, подтверждающие успешную интеграцию российского опыта мониторинга и предотвращения биологических угроз в систему обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения Венесуэлы. Обсуждаются перспективные направления для дальнейших совместных исследований.

Цель исследования – определение филогенетического положения и особенностей организации геномов отдельных групп штаммов Vibrio cholerae, изолированных в Сибири и на Дальнем Востоке при разных эпидемиологических ситуациях в период седьмой пандемии холеры.

Материалы и методы. В исследование включено 275 штаммов V. cholerae, изолированных при эпидемических осложнениях или в благополучный по холере период в Сибири и на Дальнем Востоке, с разными профилями по основным геномным локусам патогенности. Для филогенетического анализа использованы геномы 969 изолятов V. cholerae из GenBank. Реконструкция филогении осуществлена методом расчета дистанций между штаммами на основе встречаемости k-меров. Поиск, анализ и визуализация структуры локусов мобильных генетических элементов в геномах V. cholerae осуществлены программами blastn и Prokka, а также авторскими скриптами R и Python.

Результаты и обсуждение. Выделенные на территории Сибири и Дальнего Востока штаммы холерного вибриона вошли в состав трех глобальных филогенетических линий – L2, L3, L4. Распределение штаммов на филогенетические линии согласуется с эпидемиологической ситуацией, при которой они были изолированы. Прослеживается распределение штаммов на группы с дифференциацией на глобальные волны распространения этиологического агента седьмой пандемии холеры и предварительным определением потенциальных направлений завоза возбудителя на территорию. Выявлено, что, наряду с токсигенными вибрионами Эль Тор, к филогенетической линии L2 относятся и спонтанные мутанты, утратившие гены холерного токсина при хранении и пассаже на питательных средах. Структурный анализ подтверждает различия их геномной организации со штаммами, не имеющими профага СТХ при первичном ПЦРскрининге. Целесообразен двухэтапный алгоритм филогенетического анализа в рамках геномного мониторинга возбудителя холеры: первый этап – упрощенный подход на основе встречаемости k-меров для оперативного эпидемиологического анализа; второй этап – углубленный анализ геномов с применением комплекса филогенетических методов для реконструкции звеньев эпидемической цепи в пределах отдельных эпидосложнений, установления закономерностей происхождения и времени дивергенции клонов возбудителя.

Цель работы – определение фено- и генотипических особенностей CTX+ штамма Vibrio cholerae, выделенного в 2023 г. из пробы воды, и сравнительный биоинформационный анализ данных полногеномного секвенирования.

Материалы и методы. Полногеномное секвенирование выполняли на платформах MiSeq (Illumina) и MinIon (Oxford Nanopore Technologies), гибридную сборку полного генома проводили с использованием алгоритма Trycycler, устранение ошибок сборки – с помощью алгоритма Medaka и программы Pilon. Построение дендрограммы и биоинформационный анализ осуществляли с использованием пакетов SciPy и Graphviz, программ BioEdit, BLASTN, BLASTP, CARD, ICE Genotyper, Vector NTI. Способность к токсинопродукции проверяли с помощью иммуноферментного анализа GM1ИФА.

Результаты и обсуждение. Выделенный штамм идентифицирован как V. cholerae О1 Огава, чувствительный к большинству антибиотиков. По совокупности генетических свойств он отнесен к первым геновариантам, отличающимся от типовых штаммов Эль Тор только наличием гена ctxB1 классического типа вместо ctxB3 типа Эль Тор. Установлено, что он содержит тандемно дуплицированный профаг СТХ в составе малой хромосомы и тандем из двух копий профага RS1 в составе большой. При этом ген rstR профага СТХ относился к классическому типу, а профага RS1 – к типу Эль Тор. Остальные критерии эпидемической опасности – tcpA^elt, rtxA1 и интактный VSP-II – не отличались от прототипов. В геноме штамма обнаружен ICE-элемент VchBan11, содержащий ген устойчивости к триметоприму dfrA1, и фенотипически штамм устойчив к этому антибиотику. В условиях in vitro штамм не продуцировал холерный токсин, как показали результаты ИФА. Возможно, это связано с наличием делеции в регуляторном гене toxR. Штаммы, подобные изоляту 2023 г., относят в основном ко второй волне седьмой пандемии. В настоящее время они практически вытеснены новыми геновариантами, но изредка могут встречаться и даже вызывать заболевания. Поэтому их заносы на территорию России потенциально могут представлять угрозу здоровью населения.

Цель работы – изучение видового разнообразия патогенных и непатогенных хантавирусов, циркулирующих в популяциях мелких млекопитающих на территории Республики Башкортостан, с помощью молекулярно-генетических методов.

Материалы и методы. Индивидуальные пробы мелких млекопитающих протестированы с помощью вложенной ПЦР с использованием родоспецифичных праймеров, амплифицирующих участок L-сегмента хантавирусов. Полученные продукты ПЦР секвенированы методом Сэнгера с внутренних праймеров вложенной ПЦР. Для образцов, содержащих вирус Пуумала, секвенированы фрагменты S-, М- и L-сегментов вирусного генома методом Сэнгера. Построение филогенетических деревьев выполнялось с помощью программы MEGА X.

Результаты и обсуждение. Из 300 исследованных проб мелких млекопитающих, добытых в 2023 г. на территории Республики Башкортостан, обнаружены 14 проб, содержащих РНК хантавирусов Сивис (8), Тула (3), Пуумала (3). Циркуляция непатогенного хантавируса Сивис и условно-патогенного хантавируса Тула на территории Республики Башкортостан установлена впервые. Циркуляция хантавируса Сивис установлена в популяциях обыкновенной бурозубки (Sorex araneus) и малой бурозубки (S. minutus), хантавируса Тула – в популяциях полевки обыкновенной (Microtus arvalis). В результате филогенетического анализа обосновано реассортационное происхождение одного из генетических вариантов хантавируса Пуумала на территории Республики Башкортостан. Обсуждены предпосылки к формированию сочетанных природных очагов хантавирусов Пуумала, Сивис, Тула на территории республики.

Цель исследования – разработка алгоритма внутривидовой дифференциации штаммов возбудителя туляремии с использованием комплекса подходов, основанных на амплификационных и секвенационных технологиях.

Материалы и методы. В работе использовали 97 штаммов Francisella tularensis различных подвидов, биоваров и субпопуляций. Внутривидовую принадлежность штаммов возбудителя туляремии осуществляли с использованием системы «F. tularensis-4c», анализа вариабельности области дифференциации RD1, гена sdhA, дискодиффузионным методом с использованием дисков с эритромицином. Фрагментное секвенирование по Сэнгеру осуществляли на генетическом анализаторе 3500 XL (Applied Biosystems, США) с учетом рекомендаций производителя. Оценку гомологии последовательностей – по алгоритму BLAST, используя базу данных GenBank NCBI, программы MEGA11 v11.0.13 и Unipro UGENE v50.0.

Результаты и обсуждение. Выявлены подвидо- и биовароспецифичные мутации в гене 23S рРНК. Определены перспективные для изучения участки данного гена с помощью фрагментного секвенирования. Предложена комплексная схема внутривидовой дифференциации штаммов туляремийного микроба, где на первом этапе проводится определение подвидовой принадлежности и биовара japonica, а на втором – верификация полученных результатов на основании определения мутаций в гене 23S рРНК. Эффективность предложенного комплексного подхода подтверждена при исследовании 97 коллекционных штаммов возбудителя туляремии. Проведенные исследования позволяют осуществить быструю идентификацию штаммов разных подвидов туляремийного микроба и верифицировать их таксономическую принадлежность с помощью молекулярно-генетических методов, дополняют данные о циркуляции различных подвидов, биоваров и субпопуляций патогена на территории Европы, Азии и других регионов мира.

Цель работы – изучение эпидемиологической ситуации по лихорадке Западного Нила (ЛЗН) в Республике Татарстан в 2023 г.

Материалы и методы. Проведен оперативный эпидемиологический анализ случаев ЛЗН, зарегистрированных на территории Республики Татарстан за 2023 г. С целью установления источников и факторов риска инфицирования населения исследовано на наличие маркеров вируса Западного Нила (ВЗН) 987 проб зооэнтомологического материала. Использован комплекс методов лабораторной диагностики: ИФА, ОТ-ПЦР, секвенирование.

Результаты и обсуждение. Установлено, что все случаи ЛЗН зарегистрированы на территории региона в летне-осенний период 2023 г., преимущественно в августе, у жителей г. Казани, не выезжавших за последние полгода за пределы Российской Федерации и Республики Татарстан. Показатель заболеваемости ЛЗН в Республике Татарстан составил 0,20 на 100 тыс. населения, летальность – 12,5 %. Признаки поражения центральной нервной системы установлены у 6 (75 %) из 8 пациентов. Большинство лиц с выраженной клинической симптоматикой принадлежали к старшим возрастным группам и имели сопутствующие заболевания. Случаи заболевания зарегистрированы во всех возрастных группах, за исключением детей и подростков. Изучена пространственная характеристика заболеваемости, свидетельствующая о диффузном характере распределения случаев. Комплексное использование методов, заключающееся в параллельном применении методов ПЦР и ИФА, позволило лабораторно подтвердить случаи ЛЗН у пациентов на разных сроках заболевания. Установлена циркуляция в Республике Татарстан субварианта ВЗН 2-го генотипа, в настоящее время доминирующего на территории южных и центральных регионов России. Предложен комплекс мероприятий по оптимизации эпидемиологического надзора и контроля ЛЗН в Республике Татарстан.

В работе представлены данные об организации лабораторных исследований проб клинического материала и из объектов окружающей среды при этиологической расшифровке вспышки острых кишечных инфекций специалистами объединенной СПЭБ Роспотребнадзора в г. Долизи (Республика Конго) в период с 7 по 24 августа 2023 г.

Материалы и методы. С целью выявления возбудителей холеры и других острых кишечных инфекций бактериальной и вирусной природы исследовано 177 проб клинического материала и из объектов окружающей среды, а также посевы на плотных питательных средах и бактериальные взвеси. Всего проведено 1023 исследования с помощью ПЦР и 305 – бактериологическим методом.

Результаты и обсуждение. Во всех исследованных пробах возбудитель холеры не обнаружен. Методом ПЦР маркеры возбудителей острых кишечных инфекций (Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Rotavirus A) выявлены в 23 пробах клинического материала и 1 пробе бактериальной взвеси. В объектах окружающей среды ДНК/РНК возбудителей не обнаружена. При проведении культуральных исследований из 8 клинических образцов выделены культуры Salmonella enterica serovar Typhi, определена их чувствительность к антибактериальным препаратам. Методом полногеномного секвенирования через нанопоры на платформе MinIon (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания) изучены нуклеотидные последовательности 4 изолятов S. Typhi и депонированы в международную базу данных NCBI GenBank (№ CP141260, CP141193, CP141194, CP141195). Также при исследовании образцов из стерильных локусов (кровь, перитонеальная жидкость, операционный материал) от пациентов Генерального и Референс госпиталей г. Долизи выделено 5 культур неферментирующих бактерий, определена их чувствительность к антибактериальным препаратам.

Целью работы явилось изучение особенностей инфекционного процесса в легких животных, применяемых как модели для оценки патогенности вируса SARS-CoV-2.

Материалы и методы. В работе использовали штамм геноварианта альфа вируса SARS-CoV-2. Эксперименты проводили на линейных и трансгенных мышах, сирийских хомячках, морских свинках, хорьках и двух видах приматов: макак-резус и зеленая мартышка. Патоморфологическое исследование проводили методом оптической микроскопии гистологических препаратов легких с использованием компьютеризированного микроскопа с цифровым микрофотографированием.

Результаты и обсуждение. Проведен сравнительный гистологический анализ легких шести различных видов лабораторных животных при моделировании новой коронавирусной инфекции, определены сходные морфометрические признаки тяжести течения заболевания, вызванного вирусом SARS-CoV-2 у чувствительных животных, выявлена дозозависимая корреляция патологических изменений в тканях легких при интраназальном введении различных инфицирующих доз. Охарактеризованы особенности патоморфологических изменений у шести различных видов животных при моделировании новой коронавирусной инфекции, определен их дозозависимый характер. Представленные результаты исследований могут быть применены для выбора модельного животного с целью углубленного изучения патогенеза COVID-19, вызванного вновь выделяемыми эпидемически значимыми геновариантами коронавируса, динамики иммунных реакций организма во время развития заболевания, а также при изучении in vivo протективного действия перспективных терапевтических препаратов и вакцин.

Цель исследования – изучение бессимптомной малярии среди населения, заботящегося о своем здоровье, в четырех районах Замбии. Бессимптомная малярия означает наличие малярийных паразитов in vivo без симптомов и является резервуаром для передачи заболевания.

Материалы и методы. Кровь, собранную в пробирки с ЭДТА, тестировали с помощью ИХА (наборы для одноэтапного экспресс-тестирования на антиген P.f. [HRP-II] SD Bioline [Южная Корея]), а окрашенные по Гимза тонкие и толстые мазки крови подвергались микроскопическому исследованию.

Результаты и обсуждение. Из 385 обследованных лиц 84 (21,8 %) дали положительный результат на малярию с помощью ИХА и 101 (26,2 %) – с помощью метода микроскопии. При микроскопическом исследовании у 27 (7,0 %) идентифицированы гаметоциты и у 74 (19,2 %) – трофозоиты. Показали отрицательные результаты при ИХА 17 (4,4 %) образцов, но при исследовании мазка обнаружили трофозоиты и гаметоциты. Анализ по районам показал, что в районе Канчибия наблюдается самый высокий показатель положительных результатов по малярии: 32 (8,3 %) выявлены с помощью экспресс-теста и 35 (8,5 %) – с помощью микроскопии. В провинции Читамбо показатели ИХА и микроскопии были 25 (6,5 %) и 33 (8,4 %) соответственно, в то время как результаты ИХА в округе Мпика и Серенье были 13 (3,4 %) и 14 (3,6 %), а при использовании микроскопии – 12 (3,1 %) в обоих округах [x² =16,3, p-значение=0,0118]. Продемонстрировали знания и серьезное отношение к малярии 365 из 385 (95 %) участников. Наши результаты подтверждают возможность бессимптомного течения болезни, вызванной возбудителями малярии, включая трофозоиты и гаметоциты, среди внешне здоровых людей, которые представляют риск для здоровья общества. Поэтому крайне важно проводить профилактическую химиотерапию и активизировать усилия по борьбе с переносчиками инфекции, чтобы снизить уровень инфицирования.

Возможность завоза холеры на территорию нашей страны и увеличение числа штаммов холерных вибрионов, обладающих устойчивостью к антибактериальным средствам, обусловливают необходимость разработки альтернативных лечебно-профилактических биопрепаратов на основе бактериофагов.

Цель работы – изучение эффективности применения холерных бактериофагов для профилактики экспериментальной холеры.

Материалы и методы. В работе использовали холерные бактериофаги Rostov-М3, Rostov-13, активные в отношении холерных вибрионов серогруппы О1, и ФБ1, обладающий литической активностью в отношении серогруппы О139. Оценку эффективности профилактики холеры проводили на модели изолированной петли тонкого кишечника взрослого кролика.

Результаты и обсуждение. Применение Rostov-М3 и Rostov-13 в течение пяти и, особенно, семи дней перед заражением вирулентными штаммами Vibrio choleraе серогруппы О1 предотвращает развитие инфекции в тонком кишечнике экспериментальных животных. Бактериофаг ФБ1 в отношении V. choleraе О139 такой способностью не обладал. Данные исследования свидетельствуют об эффективности использования фагов Rostov-М3 и Rostov-13 для профилактики экспериментальной холеры, вызванной холерными вибрионами серогруппы О1.