В обзоре кратко изложена текущая систематика наиболее известных штаммов видов семейства Francisellaceae. Из-за значительного генетического разнообразия в семействе обнаружение Francisella tularensis, особенно в образцах из окружающей среды, становится еще более сложной задачей и возможно получение ложноположительных результатов. Показано сравнение уровня заболеваемости за пять лет в России и странах Европы, в которых ежегодно регистрируются наибольшие эпидемические проявления туляремии, а именно в Швеции, Финляндии, Норвегии и Чехии. В обзоре приведена сравнительная динамика заболеваемости туляремией за последние годы на территориях федеральных округов Российской Федерации. Представлена динамика заболеваемости туляремией при эпидемических вспышках в Республике Карелия и Омской области в последние годы. На территории Российской Федерации в 2021 г. зарегистрировано 17 случаев инфицирования человека возбудителем туляремии. Эпизоотические проявления инфекции различной степени интенсивности выявлены в 45 субъектах. На этом фоне спорадические случаи заболевания людей туляремией зарегистрированы в 11 регионах страны. Выделено 6 культур Francisella tularensis subsp. mediasiatica из разных видов клещей на территориях Красноярского края, Республики Алтай и Алтайского края. На основании анализа представленных данных наиболее вероятны в 2022 г. эпидемические осложнения в виде спорадических случаев заболевания среди невакцинированного населения на территориях: Центрального федерального округа – в Воронежской, Рязанской, Смоленской областях и г. Москве; Северо-Западного федерального округа – в Архангельской области, Республике Карелия и г. Санкт-Петербурге; Приволжского федерального округа – на территориях Самарской, Кировской областей и Республики Татарстан; Уральского федерального округа – в Ханты-Мансийском и Ямало-Ненецком автономных округах; Сибирского федерального округа – на территориях отдельных районов Кемеровской, Новосибирской, Омской и Томской областей, Алтайского и Красноярского краев.

Цель работы – анализ эпидемиологической ситуации по клещевому вирусному энцефалиту (КВЭ) на эндемичных территориях Российской Федерации в 2021 г. в сравнении с динамикой за 2011–2020 гг. и краткосрочный прогноз на 2022 г. В России эндемичными по КВЭ являются 48 субъектов в семи федеральных округах. В Сибирском (характеризуется максимальным уровнем заболеваемости), Приволжском и Дальневосточном федеральных округах наблюдается статистически значимая тенденция к снижению инцидентности КВЭ. В Уральском федеральном округе (втором по уровню инцидентности КВЭ) с 2021 г. снижение заболеваемости приостановилось. Среднемноголетняя заболеваемость КВЭ в субъектах страны варьирует от спорадической (Республика Крым) до 12,5 на 100 тыс. населения (⁰/₀₀₀₀) (Красноярский край). В 2021 г. случаи КВЭ выявлены в 42 эндемичных субъектах и одном неэндемичном (Ставропольский край). В стране зарегистрировано 1015 случаев КВЭ, 0,69 ⁰/₀₀₀₀. Во всех федеральных округах заболеваемость КВЭ ниже среднемноголетних показателей. С использованием программы Quantum GIS заболеваемость КВЭ в 917 административных территориях субъектов страны ранжирована и сгруппирована по уровню эпидемиологического риска. Это позволило установить, что 65 % территорий формируют зону низкого эпидемиологического риска. Высокий и очень высокий эпидемиологический риск наблюдается в 13 % проанализированных районов. В структуре клинических проявлений КВЭ в 2021 г. Преобладали лихорадочная (59,7 %) и менингеальная (24,3 %) формы. Зарегистрировано 14 летальных исходов. В 2021 г. В стране вакцинировано 2889515 человек (в том числе 1433850 детей), из них 14 заболело. Специфический иммуноглобулин применен для предотвращения манифестного развития инфекции у 100704 человек, что составляет 22,6 % пострадавших от присасывания клещей (30,6 % среди детей). Акарицидные обработки выполнены на оперативной площади в 233125 га территорий социально значимых объектов. Объемы всех мер профилактики КВЭ в 2021 г. возросли по сравнению с 2020 г. В 2022 г. прогнозируется снижение заболеваемости КВЭ в эндемичных  федеральных округах и в целом по стране (до 0,64±0,192 ⁰/₀₀₀₀).

Цель работы – обобщение результатов мониторинга холеры в 2021 г., оценка современных тенденций развития эпидемического процесса и прогнозирование эпидемиологической ситуации в Российской Федерации на 2022 г. В период 2012–2021 гг. в мире зарегистрировано 4117264 случая холеры с распространением инфекции в 83 странах всех континентов с тенденцией снижения заболеваемости в странах Азии и Африки. Динамика помесячной заболеваемости в 2021 г. связана с чрезвычайными ситуациями как факторами эпидемиологического риска. Эпидемии и вспышки холеры регистрировались на фоне пандемии COVID-19 и представляли двойную нагрузку для систем здравоохранения. Вместе с тем обобщение результатов мониторинга холеры на территориях субъектов РФ показало, что прогноз об эпидемическом благополучии на 2021 г. полностью оправдался. Определено, что увеличение количества нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae О1 (67), выделенных из водных объектов, по сравнению с 2020 г. (25) в основном связано с принадлежностью ряда изолятов к клональным комплексам. Изучение филогенетических связей продемонстрировало, что обнаружение штаммов, имеющих генотипы, которые уже выявлялись у выделенных в предыдущие годы, свидетельствовало об их персистентном потенциале. Выявление штаммов с новыми генотипами, которые ранее устанавливались у штаммов, циркулирующих на других территориях, указывало на возможность их периодических завозов. Прогноз эпидемиологической ситуации по холере в России на 2022 г. связан с продолжением существования рисков завоза. При отсутствии реализации данных эпидемиологических рисков прогнозируется стабильная эпидемиологическая обстановка по этой инфекции на территории страны. Предполагается продолжение обнаружения в водных объектах окружающей среды эпидемически незначимых штаммов холерных вибрионов O1 серогруппы, в том числе их клонов и/или клональных комплексов, включая штаммы, которые могут явиться этиологическим фактором спорадических случаев или вспышек заболеваний.

Целью работы являлась оценка эпизоотической активности природных очагов чумы Российской Федерации в 2021 г. и прогноз на 2022 г. Выявлена активизация эпизоотического процесса, после перерыва с 2007 г., в Центрально-Кавказском высокогорном очаге чумы. Отмечено продолжение развития локальных эпизоотий в Тувинском горном, Горно-Алтайском высокогорном природных очагах. Общая площадь эпизоотий в 2021 г. в Российской Федерации составила 1649,5 км². Изолировано 28 культур чумного микроба. Не обнаружены зараженные чумой животные в Терско-Сунженском низкогорном, Дагестанском равнинно-предгорном, Прикаспийском Северо-Западном степном, Волго-Уральском степном, Забайкальском степном, Волго-Уральском песчаном, Прикаспийском песчаном, Восточно-Кавказском высокогорном природных очагах. Обосновано, что эпидемиологическое благополучие по чуме в Российской Федерации в 2017–2021 гг. достигнуто в результате ежегодного эпизоотологического мониторинга энзоотичных по чуме территорий, оперативного выявления эпизоотий и проведения упреждающего комплекса профилактических (противоэпидемических) мероприятий, направленных на снижение рисков заражения. Обоснован прогноз на сохранение в 2022 г. напряженной эпидемиологической обстановки на территории Карачаево-Черкесской и Кабардино-Балкарской республик, Республики Алтай, Республики Тыва. Обоснована перспективность использования программы Epitracker для оперативной оценки реально складывающейся эпидемиологической обстановки в природных очагах чумы.

Эпидемиологическая ситуация по лихорадке Западного Нила (ЛЗН) в России в 2021 г. Характеризовалась подъемом заболеваемости относительно 2020 г. (рост более чем в 6 раз). Определены особенности эпидемического процесса ЛЗН: территориальное распределение случаев (75 % – в субъектах Центрального федерального округа), расширение ареала возбудителя с вовлечением новых территорий (впервые официальная регистрация случаев в Москве и Тульской области), раннее окончание эпидемического сезона. В структуре заболеваемости отмечены увеличение доли нейроинвазивных форм, рост удельного веса лиц мужского пола и возрастной группы 30–39 лет, сокращение доли населения, контактировавшей с возбудителем в природных местах массового отдыха. По результатам исследований Референс-центра по мониторингу за возбудителем ЛЗН, на территории субъектов Центрального, Южного и Северо-Кавказского федеральных округов установлена интенсивная циркуляция возбудителя ЛЗН. Низкий уровень зарегистрированной заболеваемости был обусловлен недостаточно эффективным выявлением больных ЛЗН. Результаты молекулярно-генетического исследования показали, что на территории европейской части России как в эпизоотическом, так и в эпидемическом циклах циркулировал вирус Западного Нила (ВЗН) второго генотипа, только в эпизоотическом цикле – ВЗН второго генотипа на юге Западной Сибири (Омская область) и четвертого генотипа в Волгоградской области. Посредством филогенетического анализа установлено, что изоляты, выделенные из Астраханской, Волгоградской, Ростовской, Воронежской областей и Республики Дагестан в 2021 г., относятся к ранее не отмечаемому на территории России геноварианту ВЗН второго генотипа. Топология филогенетического древа указывает на возможное африканское происхождение изолятов, вероятно, занесенных в Россию перелетными птицами через побережье Каспийского моря. В Волгоградской области циркулировал ВЗН как укоренившейся клады второго генотипа (с 2007 г.), так и нового геноварианта. Специалистами Референс-центра на основе методики нейросетевого моделирования разработан прогноз развития эпидемиологической ситуации по ЛЗН в 2022 г. в Волгоградской области, согласно которому ожидается рост заболеваемости, сопоставимый с таковым в 2010 и 2012 гг. На основании климатического прогноза возможен подъем заболеваемости во всех федеральных округах европейской части России, южных территориях Урала, Западной Сибири и Дальнего Востока.

Цель обзора – охарактеризовать эпидемиологическую ситуацию по риккетсиозам группы клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ) в субъектах Российской Федерации в 2012–2021 гг. и дать долгосрочный прогноз на 2022–2026 гг. В 2020–2021 гг. показатели регистрируемой заболеваемости клещевыми риккетсиозами в целом по России снизились относительно среднемноголетнего допандемического уровня 2012–2019 гг. в среднем в два раза по всем нозоформам группы КПЛ (сибирскому клещевому тифу – СКТ, астраханской пятнистой лихорадке и средиземноморской лихорадке). При сравнительном анализе территорий выявлена корреляционная связь заболеваемости СКТ и обращаемости по поводу укусов клещей (r=0,67, р=0,015), что на фоне роста частоты контактов населения с переносчиками в 2020–2021 гг. в большинстве регионов и снижения заболеваемости в тех же регионах свидетельствует о регистрационном характере изменений. Ранжирование территорий по среднемноголетним показателям заболеваемости позволило отнести к группе регионов очень высокой эпидемической опасности по СКТ Республику Алтай и Алтайский край; высокой опасности – Республику Тыва; выше средней – Республику Хакасия, Хабаровский край и Еврейскую автономную область. Установившийся тренд на снижение показателей заболеваемости населения клещевыми риккетсиозами на ближайшие пять лет сохранится в большинстве субъектов РФ, исключая Республику Алтай, Алтайский край, Республику Крым и г. Севастополь, где следует ожидать сохранение заболеваемости или ее рост. Результаты проведенного анализа свидетельствуют о необходимости усиления внимания к природно-очаговым инфекциям в период пандемии COVID-19.

Представлен обобщенный анализ эпидемиологической и эпизоотологической ситуации по сибирской язве в 2021 г. в Российской Федерации и в мире, дан прогноз на 2022 г. в России. В 2021 г. в Российской Федерации зафиксировано два случая кожной формы сибирской язвы среди людей в Сибирском (Республика Тыва) и СевероКавказском (Республика Дагестан) федеральных округах. Эпизоотолого-эпидемиологическое неблагополучие по инфекции проявлялось в странах ближнего зарубежья: Азербайджане, Армении, Казахстане, Киргизии, Украине. Сибирская язва среди сельскохозяйственных и диких животных регистрировалась в ряде государств Азии, Африки, Европы, в Северной и Южной Америке, Австралии. Случаи заболевания людей отмечались преимущественно на территории Африки (Зимбабве, Кения, Уганда) и Азии (Индия, Индонезия, Ирак, Китай) и были обусловлены реализацией контактного и/или алиментарного путей передачи возбудителя в результате вынужденного убоя больных и/или разделки павших сельскохозяйственных животных, употребления в пищу мяса больного и павшего скота. Уровень заболеваемости сибирской язвой среди сельскохозяйственных животных и людей в 2022 г. в Российской Федерации будет определяться полнотой реализации регламентированных профилактических мероприятий и при строгом выполнении мер комплексного эпизоотолого-эпидемиологического надзора будет ограничен единичными случаями инфекции.

Цель исследования – изучить влияние экспериментальных основ на ростовые качества жидких питательных сред на этапе получения биомассы вакцинного штамма чумного микроба глубинным методом.

Материалы и методы. В работе использовали вакцинный штамм Yersinia pestis EV линии НИИЭГ. Выращивание проводили в биореакторе объемом 5 л с автоматической регулировкой мешалки. Использовали 28 вариантов питательных сред, полученных путем комбинации пяти видов основ и шести стимуляторов роста. В качестве контрольных использовали питательные среды без добавления ростостимулирующих добавок. В полученной биомассе исследовали параметры: общее количество микробных клеток, рН, процент живых микробных клеток.

Результаты и обсуждение. На экспериментальных питательных средах методом глубинного культивирования получены биомассы вакцинного штамма чумного микроба. После исследования бактериальных взвесей по основным показателям проведено сравнение качества полученных суспензий в зависимости от используемой питательной среды. Определены наиболее перспективные основы: панкреатический гидролизат казеина с пептоном сухим ферментативным и кислотный гидролизат кукурузной патоки, особенно в сочетании с такими стимуляторами роста, как сульфит натрия, соль Мора или молибденовокислый аммоний.

Цель работы – изучение поверхностных антигенных детерминант атипичных по признаку агглютинабельности штаммов Vibrio cholerae R‑варианта с помощью иммуноферментного анализа и панели моноклональных антител (МКА).

Материалы и методы. Исследовано 60 штаммов V. cholerae R‑варианта, выделенных из объектов окружающей среды на территориях бывшего СССР и субъектов Российской Федерации за 30-летний период (1988–2019 гг.), в реакции слайд-агглютинации с холерными диагностическими сыворотками, иммуноферментном анализе с использованием панели МКА к мембранным белкам и набора реагентов «Иммуноглобулины моноклональные диагностические, меченные пероксидазой хрена, сухие для серологической идентификации V. cholerae О1 и О139 (in vitro) методом ИФА и дот-ИФА».

Результаты и обсуждение. Проведен анализ поверхностных структур атипичных по агглютинабельности штаммов V. cholerae R‑варианта иммуноферментным методом, который показал, что среди исследуемых штаммов, идентифицированных при выделении как V. Cholerae R‑варианта, регистрируются отдельные штаммы с различным количеством О‑антигена (диапазон оптической плотности от 0,261±0,002 до 1,312±0,003). Эпитопы специфического О‑антигена обнаружены у части «консервативных» штаммов (30 %), агглютинирующихся только сывороткой RO, и у нескольких штаммов (20 %), которые не имеют гена wbeT, детерминирующего его синтез, и потерявших агглютинабельность со всеми диагностическими холерными сыворотками, в том числе и RO. Эпитопы белковой природы, узнаваемые комплементарными МКА, с различной частотой представлены в составе поверхностных антигенов R‑вибрионов; снижение их представленности или отсутствие на поверхности клетки коррелирует с модификацией или утратой R‑ЛПС и сопровождается отрицательной реакцией агглютинации.

Цель работы – разработка методического подхода к выделению гликопротеина вируса бешенства с использованием трехфазной экстракции и характеристика его антигенных свойств.

Материалы и методы. Инфекционную активность вируса бешенства (производственный штамм «Овечий» ГНКИ) после длительного хранения восстанавливали на белых мышах линии BALB/c. Штамм использовали для культивирования на клетках линии ВНК-21; культуральную жидкость концентрировали методом ультрацентрифугирования с последующим разделением ее по плавучей плотности в градиенте сахарозы, отбором визуально опалесцирующих зон, фазовым концентрированием, хроматографическим разделением на колонке ENrich™ SEC650 (Bio-Rad, США) и отбором мономерных фракций с высокой серологической активностью по результатам вестерн-блоттинга.

Результаты и обсуждение. Показано, что предварительное механическое разрушение суспензии головного мозга, извлечение вируссодержащего материала из клеточной суспензии путем последовательных этапов центрифугирования, разделение осадка, полученного в градиенте сахарозы, c дальнейшей очисткой фазовым концентрированием и хроматографическим разделением преципитата позволяет получать мономерный препарат с высокой серологической активностью. Данный подход позволил получить антиген, представляющий собой гликопротеин вируса бешенства с молекулярной массой 67 кДа и две его изоформы с молекулярной массой 60 и 54 кДа. Описанный подход можно рассматривать в качестве варианта выделения специфического антигена вируса бешенства при проведении работ по совершенствованию методов лабораторной диагностики. Полученный антиген является мономерным дискретом и содержит одну фракцию молекулярной массой 67 кДа. Результаты исследований подтверждают высокую специфичность антигена и его пригодность для конструирования иммуноферментных и иммунохроматографических тестов, получения специфических иммуноглобулинов, рецепторного изучения взаимодействия антиген/антитело, а также для оценки напряженности протективного иммунитета после вакцинации.

Цель – изучить особенности репродукции штаммов вируса SARS-CoV-2 различных генетических вариантов на культурах клеток Vero и Vero E6.

Материалы и методы. В работе использовали штаммы вируса SARS-CoV-2, относящиеся к вариантам, вызывающим обеспокоенность (VOC), циркулирующим на территории РФ. Штаммы вируса SARS-CoV-2 депонированы в Государственной коллекции возбудителей вирусных инфекций и риккетсиозов ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора. Эксперименты проводили на культурах клеток Vero и Vero E6. Динамику накопления инфекционного вируса определяли путем титрования образцов культуральной жидкости через 24, 48, 72, 96 часов после инфицирования (MOI – от 1 до 0,00001 ЦПД₅₀/клетку). Образование бляшек изучали на культуре клеток Vero E6 под 0,2 % агаровым покрытием. Анализ изображения и подсчет размеров бляшек проводили в графическом редакторе GIMP (GNU Image Manipulation Program).

Результаты и обсуждение. Описана динамика накопления инфекционного вируса в культуральной жидкости в зависимости от множественности инфицирования для штаммов вируса SARS-CoV-2, относящихся к разным генетическим линиям. Показаны различия морфологии бляшек на монослое культуры клеток Vero E6 под агаровым покрытием. Вирусы SARS-CoV-2, относящиеся к генетическим вариантам альфа и дельта, демонстрируют максимальную репродукцию среди изученных штаммов (инфекционный титр – более 7 lg ТЦД₅₀/100мкл). Вариант омикрон под агаровым покрытием образует самые мелкие бляшки и при низкой множественности инфицирования имеет низкий уровень репродукции. Таким образом, штаммы коронавируса SARS-CoV-2, относящиеся к разным генетическим линиям, имеют существенные отличия в скорости репродукции на культуре клеток Vero и Vero Е6.

Цель работы – оценка эпизоотологической ситуации по бактериальным трансмиссивным инфекциям в регионе Кавказских Минеральных Вод Ставропольского края в 2018–2020 гг.

Материалы и методы. Исследовано 3494 экземпляра клещей (473 пула), 257 экземпляров мелких млекопитающих, 9 погадок хищных птиц и млекопитающих, 7 проб экскрементов мелких млекопитающих, 2 пробы воды. Исследование полевого материала осуществлялось молекулярно-генетическим, серологическим, биологическим методами. Статистический анализ результатов лабораторных исследований проводили с использованием программы Microsoft Excel 2010. Данные проанализированы картографическим методом, с применением программы QGIS 2.18.

Результаты и обсуждение. Выявлена зараженность полевого материала (клещей) возбудителями иксодового клещевого боррелиоза (44,8 %), клещевых риккетсиозов (21,5 %), гранулоцитарного анаплазмоза человека (10,3 %), лихорадки Ку (2,7 %), туляремии (0,84 %). При этом отмечено увеличение процента проб, зараженных возбудителями боррелиоза (более чем в 3 раза), снижение данного показателя для гранулоцитарного анаплазмоза человека (в 1,5 раза) в сравнении с данными за 2010–2012 гг. Оценка зараженности клещей возбудителями лихорадки Ку и клещевых риккетсиозов в регионе ранее не проводилась. В анализируемый период установлено микст-заражение 19 пулов клещей, что свидетельствует о наличии на территории рекреационной зоны края сочетанных очагов бактериальных природно-очаговых инфекций с трансмиссивным механизмом передачи. Это обусловливает необходимость проведения профилактических мероприятий и регулярного эпизоотологического обследования региона Кавказских Минеральных Вод Ставропольского края.

Цель работы – анализ дифференциальной экспрессии генов у штаммов Burkholderia pseudomallei с различным уровнем выживаемости в условиях холодового стресса.

Материалы и методы. В качестве модельных использованы три штамма B. pseudomallei сиквенс-типов ST 46, ST 70 и ST 85; РНК выделяли методом мембранных колонок, стабилизировали дегидратированием; кДНК секвенировали на платформе Illumina MiSeq; функции генов классифицировали в базе данных KEGG PATHWAY.

Результаты и обсуждение. На основании анализа транскриптомов штаммов B. pseudomallei после длительного холодового стресса впервые описаны молекулярные механизмы адаптации B. pseudomallei к низким температурам. Показано, что адаптация B. pseudomallei к холодовому стрессу связана с регуляторными процессами, приводящими к значительному снижению общей транскрипционной активности. Обнаружено две стратегии адаптации к низким температурам: 1) модуляция регуляторных процессов, приводящая к подавлению экспрессии генов основных путей метаболизма до минимального уровня, обеспечивающего жизнеспособность клетки, и активация минимально необходимого набора генов стрессового ответа; 2) менее выраженное подавление общего метаболизма в сочетании с активацией экспрессии расширенного спектра генов холодового и теплового шока, общего, осмотического и универсального стрессов. Оба механизма обеспечивают возбудителю мелиоидоза выживание в условиях длительного холодового стресса при низких положительных температурах. При отрицательных – первая стратегия показала большую эффективность, переход B. pseudomallei в жизнеспособное, но некультивируемое состояние происходит в долгосрочной перспективе (не менее 2 лет), при реализации второй – в течение 2 месяцев. Оценка потенциала и молекулярных механизмов адаптации этой бактерии к холодовому стрессу необходима для понимания степени риска при возможном заносе B. pseudomallei в регионы с умеренным климатом и разработки эффективных мер обеспечения биобезопасности окружающей среды.

Цель исследования – изучение и оценка динамики серопревалентности к SARS-CoV-2 в различных группах населения в начальный период формирования коллективного иммунитета на основе многофакторного анализа с помощью моделей логит-регрессии.

Материалы и методы. Число участников исследования составило 1561 человек, представляющих три когорты: лица, живущие с ВИЧ/СПИД (ЛЖВС), доноры, медицинские работники. Наличие антител к SARS-CoV-2 определяли в сыворотке крови методом иммуноферментного анализа с использованием коммерческих наборов реагентов. Многофакторный анализ динамики серопревалентности к SARS-CoV-2 проводили с использованием моделей логистической регрессии.

Результаты и обсуждение. Установлено, что вероятность обнаружения IgG-антител к SARS-CoV-2 статистически значимо возрастает среди доноров и медицинских работников в ряду «весна – осень 2020 г.» (p=0,005 и p<0,001 соответственно), что согласуется с уровнем изменения серопревалентности в общей популяции. Группы доноров и медицинских работников можно рассматривать в качестве индикаторных групп, характеризующих коллективный иммунитет в отношении SARS-CoV-2, а также интенсивность эпидемического процесса распространения COVID-19. Серопревалентность к SARS-CoV-2 в группе ЛЖВС находилась на стабильно высоком уровне в течение всего периода наблюдений. Таким образом, сформированные модели логистической регрессии позволили определить тренды развития эпидемиологической ситуации на основе мультифакторного анализа динамики серопревалентности к SARS-CoV-2.

Цель работы – филогенетический анализ штаммов Yersinia pestis алтайского биовара центральноазиатского подвида, выделенных в 1965–2020 гг. в Горно-Алтайском высокогорном и Сайлюгемском природном очагах чумы на территории России и Монголии, по данным полногеномного секвенирования.

Материалы и методы. Для определения популяционной структуры алтайского биовара центральноазиатского подвида были использованы 34 полногеномные последовательности (включая 20 штаммов Y. pestis алтайского биовара, 18 из которых секвенированы нами). Для выделения ДНК штаммов Y. pestis использовали набор реагентов PureLink Genomic DNA Mini Kit (Invitrogen, США). Секвенирование нуклеотидных последовательностей штаммов Y. pestis проводили в Ion PGM system Lifetechnologies. Анализ и обработку полученных данных выполняли в Newblergs Assembler 2.6 и IonTorrent Suite soft warepackage, 3.4.2. Поиск SNPs проводили, используя программу Wombac 2.0. Дендрограмму Maximum Likelihood строили с помощью программ PhyML 3.1. Визуализацию дендрограммы проводили с помощью программы FigTree 1.4.3.

Результаты и обсуждение. По данным полногеномного анализа с учетом 1871 выявленного полиморфного нуклеотида определена пространственная структура алтайского биовара центральноазиатского подвида, включающая несколько филогеографических ветвей: Курайско-Тархатинскую (кластер 0.PE4a-1) и Уландрыкско-Монгольскую (0.PE4a-2), что находится в согласовании с географическими регионами выделения штаммов, образующих эти ветви в Горном Алтае. Курайско-Тархатинская ветвь делится с формированием Курайской (субкластер 0.PE4a-1-1, образованный штаммами 2009–2018 гг.) и Тархатинской (субкластер 0.PE4a-1-2, образованный штаммами 2012–2020 гг.) подветвей, а Уландрыкско-Монгольская ветвь эволюции делится на подветви, представленные штаммами из Уландрыкского мезоочага (субкластер 0.PE4a-2-2, штаммы 1965–2010 гг.) и Сайлюгемского очага Монголии (субкластер 0.PE4a-2-1, штаммы 1964–1990 гг.).

Цель работы – обобщение опыта Ростовского-на-Дону противочумного института по организационнофункциональному реагированию, направленному на обеспечение проведения комплекса оперативных и плановых противоэпидемических (профилактических) мероприятий на разных территориальных уровнях в условиях пандемии COVID-19. Своевременно проведено поэтапное перепрофилирование части научных и оперативных подразделений в гибком режиме для оперативного реагирования в условиях эпидемического распространения новой коронавирусной инфекции на территории Российской Федерации. Это позволило осуществить эффективный маневр сил и средств организации без ущерба для профильного функционирования по основным направлениям научно-практической деятельности. Обеспечено эффективное внутриведомственное взаимодействие с научными и территориальными практическими учреждениями Роспотребнадзора и профильными медицинскими организациями (МО). Оказана практическая, методическая и консультативная помощь специалистам специализированных МО в рамках перепрофилирования стационаров под госпитали для лечения больных COVID-19. Проведены приоритетные научные исследования уровня гуморального и клеточного иммунного ответа на SARS-CoV-2 среди населения Ростовской области, этиологического спектра возбудителей внебольничных пневмоний, ассоциированных с COVID-19. Силами специалистов оперативных формирований осуществлено кадровое усиление отдельных лабораторных баз в Москве, Республике Крым и Ростовской области. Реализована комплексная задача по эффективному функционированию: в оперативном режиме – участие в проведении противоэпидемических мероприятий в условиях изменения динамики и интенсивности эпидемического проявления новой коронавирусной инфекции; в плановом режиме – выполнение мероприятий, предусмотренных основными направлениями деятельности научной организации.

Цель работы – изучить распространенность разных типов SXT-элемента с различным составом генов резистентности к антибиотикам среди клинических штаммов возбудителя холеры Эль Тор, изолированных в России, Украине и эндемичных по холере странах Азии и Африки.

Материалы и методы. Объектами исследования служили 27 штаммов и нуклеотидные последовательности 77 штаммов Vibrio cholerae Эль Тор, представленные в NCBI GenBank. Определение структуры SXT-элемента и его типа проводили с помощью программ Mauve и BLAST v.2.9.0. Выявление филогенетических связей штаммов с разным типом SXT осуществляли с помощью программ Snippy v.4.6.0. и MrBayes v.3.2.7. Определение чувствительности к антибиотикам штаммов проводили в соответствии с МУК 4.2.2495-09.

Результаты и обсуждение. Среди изученных штаммов из России и Украины выявлено два типа SXT-элемента (ICEVchInd5 и ICEVchBan9), имеющих различный состав генов резистентности

к антибиотикам: floR, strAB, sul2, dfrA1 и floR, tetAR, strAB, sul2, dfrA1 соответственно. В то же время исследованные штаммы из стран Азии и Африки содержали пять типов SXT: ICEVchInd5, ICEVchBan9, ICEVchBan5, SXTTET, ICEVchInd5ΔVRIII, – различающихся между собой по размеру и/или составу генов резистентности. Из них три последних не обнаружены в России и Украине. В связи с высоким уровнем геномного разнообразия SXT в популяции холерных вибрионов в эндемичных регионах появляется риск завоза в Россию штаммов возбудителя холеры с измененной устойчивостью к антибиотикам. На основе SNP-анализа дана оценка филогенетических связей 76 штаммов с разным типом SXT и различными аллелями гена ctxB, кодирующего B-субъединицу холерного токсина. Показана тесная филогенетическая связь между штаммами с одинаковым типом SXT, изолированными в России и странах Азии, что подтверждает завоз возбудителя холеры с множественной резистентностью к антибиотикам из этого региона и необходимость постоянного мониторинга чувствительности холерных вибрионов к антимикробным препаратам.

Целью работы явилось изучение восприимчивости мышей разных линий к вновь возникающим вариантам вируса SARS-CoV-2.

Материалы и методы. В работе использовали штаммы вируса SARS-CoV-2, относящиеся к вызывающим обеспокоенность (VOC) вариантам, циркулирующим на территории РФ. Эксперименты проводили на трех инбредных линиях мышей (BALB/c, СВА и C57Bl/6z) и аутбредных мышах CD1, полученных из питомника ГНЦ ВБ «Вектор». Инфекционный титр коронавируса в образцах тканей, полученных от лабораторных животных, определяли на культуре клеток Vero E6. Дополнительным параметром контроля вирусной нагрузки в пробах считали пороговое значение Ct в ОТ-ПЦР. Тяжесть поражения тканей легких оценивали по гистологическим препаратам.

Результаты и обсуждение. Изучена восприимчивость различных линий мышей к генетическому варианту бета вируса SARS-CoV-2. При интраназальном заражении мышей инбредных линий и аутбредных мышей штаммами вариантов VOC в дозе 2·10³  ЦПД₅₀ показано размножение вируса в легких с максимальными значениями концентраций через 72 часа после заражения. Исследована патогенность генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 для мышей линии BALB/c, определена 50 % инфицирующая доза при интраназальном заражении (ИД₅₀), гистологический анализ показал специфические для COVID-19 поражения тканей легкого инфицированных животных. Наше исследование подтверждает, что мыши линии BALB/c могут использоваться в качестве модельного животного в скрининговых исследованиях при оценке эффективности терапевтических препаратов и вакцин, изучении патогенеза, вызванного вариантами вируса SARS-CoV-2: альфа (B.1.1.7), бета (B.1.351), гамма (P.1), омикрон (B.1.1.529) и им подобными.