В обзоре обобщены данные современных отечественных и зарубежных исследований по механизмам эволюционной адаптации возбудителя чумы к трансмиссивному распространению с помощью артропод. Приведены сведения по молекулярным основам быстрого образования высокопатогенной бактерии за счет приобретения новой генетической информации; структурно-функциональным изменениям генома, вызвавшим нарушение функциональности некоторых генов, препятствующих выживанию в переносчике. Рассматривается стадия сложного жизненного цикла возбудителя, связанная с особенностями пребывания в организме переносчика и выработанной им тактикой уклонения от действия образуемых блохой антибактериальных веществ. Обсуждается значение образования биопленки для эффективной трансмиссии возбудителя. Рассматривается сложный каскад транскрипционных регуляторов биопленки у Yersinia pestis, включающих активаторы и репрессоры образования биопленок, а также регуляторы синтеза или модификации/транспортировки экзополисахарида. Подробно описан hms-зависимый механизм образования биопленки у Y. pestis, а также воздействие на образование биопленки через регуляцию генов, связанных с липополисахаридом, и его роли в модификации и транспортировке экзополисахарида биопленки. Приводятся данные собственных исследований по вариабельности генов, участвующих в образовании биопленки, у основного подвида в сравнении с неосновными подвидами возбудителя чумы, а также по способности штаммов разных подвидов образовывать биопленку не только в преджелудке блохи, но и на кутикуле почвенных нематод отрядов Tylenchida и Rhabditida, рода Panagrolaimus. Последнее позволяет предположить возможное участие почвенных и энтомопаразитических нематод в выносе биопленок Y. pestis из почвенного в наземный биоценоз природного очага чумы.

В 2023 г. на территории Российской Федерации зарегистрировано 305 случаев инфицирования человека возбудителем туляремии. Эпизоотические проявления инфекции различной степени интенсивности выявлены в 65 субъектах Федерации, а спорадические случаи заболевания людей туляремией зарегистрированы в 15 регионах страны. Неблагоприятная эпидемическая обстановка продолжается на территориях Республики Карелия (189 больных туляремией), Ставропольского края (35 человек), а также регистрируется всплеск заболеваемости на территории Донецкой Народной Республики (53 заболевших), что вместе составляет 91 % от всех случаев заболевания туляремией в стране. Всего выделено 82 культуры Francisella tularensis в 9 субъектах Российской Федерации. На территории Российской Федерации в 2023 г. вакцинировано и ревакцинировано против туляремии 923 729 человек. На основании анализа данных, полученных в 2023 г., наиболее вероятны в 2024 г. эпидемические осложнения в виде спорадических случаев заболевания среди невакцинированного населения на территориях: Центрального федерального округа – во Владимирской, Орловской, Рязанской и Тверской областях и г. Москве; Северо-Западного федерального округа – в Республике Карелия, Архангельской, Вологодской областях и г. Санкт-Петербурге; Южного федерального округа – в Республике Крым, Волгоградской и Ростовской областях; Северо-Кавказского федерального округа – в Ставропольском крае; Приволжского федерального округа – в Республике Мордовия, а также в Кировской и Саратовской областях; Уральского федерального округа – в Ямало-Ненецком, Ханты-Мансийском автономных округах и Тюменской области; Сибирского федерального округа – на территориях отдельных районов Красноярского края, Омской, Кемеровской, Томской, Новосибирской и Иркутской областей; Дальневосточного федерального округа – в Республике Саха (Якутия).

В обзоре представлены ситуация по Крымской геморрагической лихорадке (КГЛ) в мире и анализ эпидемиологической и эпизоотологической обстановки в 2023 г. в Российской Федерации. Число заболеваний КГЛ (26 случаев) в России в 2,3 раза меньше, чем в 2022 г., и на 71,6 % ниже среднемноголетних значений (в 2013–2022 гг. – в среднем 88,8 случая в год), летальность (8 %) выше средней многолетней в 2,4 раза (3,3 %). Эпидемически значимый показатель численности основного переносчика вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ) – клещей Hyalomma marginatum – в апреле в точках долговременного наблюдения был в 5 раз выше порогового значения (индекс обилия на крупном рогатом скоте – 15,5). Впервые зарегистрированы по одному случаю заболевания КГЛ на новой эпидемически активной территории – в Ботлихском и Новолакском районах Республики Дагестан. Впервые в Запорожской области у клещей H. marginatum и Rhipicephalus rossicus выявлена РНК вируса ККГЛ. На территории России в 2023 г. маркеры вируса ККГЛ обнаружены в 0,67–18,27 % проб, циркулировали варианты вируса ККГЛ генетической линии Европа-1. В соответствии с прогнозом в 2024 г. вероятен рост заболеваемости КГЛ на юге европейской части Российской Федерации. Даны рекомендации по проведению профилактических мероприятий.

Обзор посвящен обсуждению результатов исследований в Гиссарском высокогорном природном очаге чумы на территории Республики Таджикистан в 2015–2023 гг. Регулярное исследование в очаге проводилось в 1970–1991 гг. По его результатам основным носителем возбудителя чумы является арчовая полевка, в популяции которой устойчиво циркулировал штамм неосновного центральноазиатского подвида (0.PE4) возбудителя чумы гиссарского биовара (0.PE4h), считающегося авирулентным для человека. За этот период в очаге выделено 853 штамма, из которых 799 (93,7 %) пришлось на долю арчовой полевки и ее блох. Второстепенные носители – серебристая полевка, малая лесная мышь и серый хомячок – вовлекались в эпизоотии редко. Особое положение в очаге занимает красный сурок, имеющий эпидемиологическое значение в связи с его промыслом местным населением. Социально-политические явления в конце XX – начале XXI столетия обусловили длительный перерыв в работе Таджикской противочумной станции. В 2008 г. станция преобразована в Республиканский центр по борьбе с карантинными заболеваниями при Министерстве здравоохранения и социальной защиты населения Республики Таджикистан. В 2015 г. исследования были возобновлены, но осуществлялись в небольших объемах. В 2021–2023 гг. эпизоотологический мониторинг в Гиссарском очаге проводился совместно с российскими специалистами с исследованием проб полевого материала на чуму и другие природно-очаговые инфекции. В настоящее время на фоне низкой численности и заселенности мелкими млекопитающими и их кровососущими эктопаразитами – потенциальными носителями и переносчиками зоонозов – циркуляция возбудителей чумы, туляремии, псевдотуберкулеза, клещевого вирусного энцефалита, иксодового клещевого боррелиоза, гранулоцитарного анаплазмоза человека, моноцитарного эрлихиоза человека не зарегистрирована. Выявлены маркеры (ДНК) возбудителей лептоспироза и кишечного иерсиниоза. Совместное таджикско-российское сотрудничество по вопросам обеспечения эпидемиологического благополучия населения Республики Таджикистан необходимо продолжить.

.

Цель обзора – провести сравнительный анализ эпидемиологической ситуации по клещевому вирусному энцефалиту (КВЭ) за 2014–2023 гг. в субъектах Российской Федерации, расположенных в европейской и азиатской частях страны, и дать прогноз заболеваемости на 2024 г. Заболеваемость КВЭ в 2023 г. лишь незначительно снизилась по отношению к пиковым значениям 2022 г., что нивелировало десятилетний тренд к ее снижению. Группировка субъектов Российской Федерации по среднему за 10 лет уровню заболеваемости КВЭ позволила отнести 17 из них к регионам низкого, 15 – среднего и 17 – высокого эпидемиологического риска. В целом в азиатской части страны эпидемиологическая обстановка по КВЭ более неблагополучная. Приведен список видов иксодовых клещей – основных переносчиков вируса клещевого энцефалита, а также субтипы и генетические варианты последнего, выявленные в европейской и азиатской частях страны. Рассмотрены особенности эпидемиологической ситуации по КВЭ и объемы примененных мер профилактики инфекции в России в 2023 г. Показано, что тренды в характере изменения уровня заболеваемости КВЭ в эндемичных по инфекции федеральных округах и субъектах страны отсутствуют и ожидаемые показатели инцидентности будут находиться в 2024 г. на среднемноголетнем уровне.

На протяжении чуть более 200 лет с момента открытия Э. Дженнера вакцинация продолжает оставаться ведущей стратегией эффективной защиты от инфекционных болезней, однако выпускаемые в настоящее время коммерческие живые аттенуированные и инактивированные вакцины обладают целым рядом серьезных недостатков. Бактериальные штаммы в живых вакцинах должны быть полностью аттенуированы, сохраняя при этом высокую степень иммуногенности. Однако большинство используемых в настоящее время способов аттенуации делают потенциальные вакцинные штаммы более восприимчивыми к воздействию защитных механизмов хозяина, снижая способность сохраняться в организме вакцинируемого индивидуума в количествах и в течение сроков, достаточных для формирования длительного и напряженного иммунитета. Инактивация же микроорганизмов с помощью различных химических реагентов и/или физических факторов, лежащая в основе получения убитых вакцин, может с высокой долей вероятности нарушить нативную конформацию эпитопов антигенов, расположенных на поверхности бактериальной клетки, что ведет к снижению иммуногенности. В обзоре рассмотрена перспективная биотехнологическая платформа для разработки вакцин на основе методологии регулируемой отсроченной экспрессии и репрессии генов, разработанная для решения указанных выше противоречий.

Целью обзора является оценка эпидемиологической ситуации в природных очагах чумы Российской Федерации, стран ближнего и дальнего зарубежья в 2023 г. и прогноз их эпизоотической активности на 2024 г. В 2023 г. в мире случаи заболевания чумой зарегистрированы в пяти государствах: Демократической Республике Конго (60 случаев), Республике Мадагаскар (14), Соединенных Штатах Америки (2), Китайской Народной Республике (3) и Монголии (5). Всего зарегистрировано 84 случая заболевания чумой, из которых 22 (26,2 %) закончились летальным исходом. В Российской Федерации в 2023 г., вследствие выполнения учреждениями Роспотребнадзора комплекса профилактических мероприятий, эпидемические риски в эпизоотически активных природных очагах были значительно снижены, что явилось гарантом обеспечения эпидемиологического благополучия по чуме. В 2023 г. в РФ эпизоотии чумы выявлены на территории двух (Горно-Алтайского высокогорного и Тувинского горного) из 11 природных очагов чумы. Эпизоотии зарегистрированы на территории Кош-Агачского района Республики Алтай и Монгун-Тайгинского кожууна Республики Тыва. Общая площадь эпизоотий в 2023 г. в РФ составила 731,2 км2 (в 2022 г. – 248,3 км2 ). Всего в 2023 г. изолировано 55 культур античного биовара основного подвида Yersinia pestis pestis (в 2022 г. – 19). Обоснован прогноз на сохранение в 2024 г. напряженной эпидемиологической обстановки на территории республик Алтай и Тыва. Отмечено сохранение тенденции роста эпизоотического потенциала Восточно-Кавказского высокогорного и Дагестанского равнинно-предгорного очагов чумы. Обоснована перспективность внедрения в практику автоматизированной электронной системы оценки эпидемического потенциала природных очагов чумы.

Представлены анализ и оценка рисков осложнения эпидемиологической ситуации по холере в Российской Федерации и прогноз на 2024 г. Дана краткая характеристика эпидемиологической ситуации по холере в мире в течение десятилетнего периода (2013–2022 гг.). Прогноз завоза холеры в РФ, обусловленный активностью эпидемического процесса в эндемичных странах, подтвердился. В 2023 г. зарегистрировано два случая завоза холеры из Индии. Установлено, что выделенные от больных токсигенные штаммы относились к доминирующей в настоящее время в мире, в том числе в Индии и Бангладеш, «постгаитянской» группе, имеющей генотип ctxB7 tcpA^CIRS rtxA4a VSP-IIΔ0495-0512. Из проб биологического материала от лиц, прибывших из Индии, также выделены нетоксигенные штаммы Vibrio cholerae О1, содержащие профаг preCTX и отличающиеся от штамма (ctxAB^– tcpA^EТ–), изолированного от больного острой кишечной инфекцией (ОКИ) (Запорожская область, г. Мелитополь). От 13 больных ОКИ изолированы нетоксигенные НАГ-вибрионы, что в 1,9 раза больше, чем в 2022 г. Независимо от завозов, из пробы воды поверхностного водоема выделен штамм V. cholerae O1 (ctxB1⁺tcpA^EТ) «предгаитянской» группы. На территории 11 субъектов РФ изолировано 52 нетоксигенных штамма V. сholerae О1, что на 18,9 % больше, чем в 2022 г. В 2024 г. сохранятся эпидемиологические риски завоза холеры из эндемичных стран на любую административную территорию РФ. Особенно высоки риски эпидемического проявления холеры на территориях субъектов РФ, находящихся в условиях продолжающейся чрезвычайной ситуации, способствующих увеличению степени контакта населения с водными объектами, контаминированными холерными вибрионами. При возникновении эпидемических очагов холеры на территории соседней страны возникнет высокая вероятность распространения этой инфекции в вышеуказанных субъектах РФ и на других территориях юга России. В условиях отсутствия эпидемических проявлений холеры не исключается вероятность эпизодического обнаружения в пробах воды токсигенных штаммов О1-серогруппы вследствие неустановленных заносов с неблагополучных по холере территорий.

Анализ эпидемиологической ситуации по лихорадке Западного Нила (ЛЗН) в Российской Федерации в 2023 г. установил рост числа заболевших (210 случаев) относительно 2022 г. в 6,3 раза, среднемноголетнего значения – в 1,2 раза. Проявления эпидемического процесса характеризовались существенным расширением числа территорий, где подтверждены случаи заболевания (24 субъекта, в том числе в 13 – впервые), длительным эпидемическим сезоном, ростом доли случаев с тяжелым клиническим течением и летальностью, значительно превысившей среднемноголетний показатель по России (8,5 и 1,2 % соответственно). Пациенты с лихорадкой и другими сходными проявлениями ЛЗН обследованы на наличие маркеров возбудителя в 50 субъектах Российской Федерации. Установлено сохранение тенденции снижения объемов проведения диагностических исследований медицинскими организациями и увеличения сроков этиологической расшифровки случаев заболевания. Серологическое обследование выборочных групп здорового населения выполнено в 65 субъектах. Эпизоотологический мониторинг проведен в 74 субъектах, инфицированность носителей и переносчиков вирусом Западного Нила (ВЗН) подтверждена в 14 субъектах. На территории европейской части России и на Северном Кавказе установлена циркуляция ВЗН 1, 2 и 4-го генотипов с доминированием ВЗН 2-го генотипа. Получены данные о генетической гетерогенности штаммов ВЗН 2-го генотипа, циркулировавших в России в 2023 г. На основе анализа климатических факторов подготовлен прогноз заболеваемости ЛЗН в Российской Федерации на 2024 г.

Представлен анализ результатов совместной работы российских и конголезских инфекционистов и эпидемиологов по расшифровке этиологии и причин вспышки кишечных инфекций в г. Долизи (Республика Конго) летом 2023 г. Установлено, что подъем заболеваемости кишечными инфекциями вызван преимущественно возбудителями брюшного тифа и дизентерии, в качестве сочетанной патологии выступала тропическая малярия. Случаев выявления больных холерой не зарегистрировано. Активной передаче возбудителей способствовали проблемы систем водоснабжения г. Долизи, бытовая неблагоустроенность, низкая осведомленность населения о профилактике кишечных инфекций. Сочетание проявлений эпидемического процесса свидетельствовало о водном характере вспышки, также зарегистрированы случаи передачи возбудителя контактно-бытовым путем, не исключался и пищевой. Больные с тяжелыми и осложненными формами брюшного тифа и шигеллеза составляли 50 % госпитализированных. Отмечалось позднее обращение за медицинской помощью. Имеющиеся схемы антибактериальной терапии были малоэффективны, так как отсутствовала возможность лабораторного подтверждения диагноза с определением чувствительности к препаратам. Бесконтрольное лечение способствовало возникновению антибиотикорезистентности возбудителей, длительному бактериовыделению и последующему распространению инфекции. Инфекционистами и эпидемиологами Роспотребнадзора оказана консультационная и практическая помощь конголезским коллегам, разработаны и представлены рекомендации по оптимизации противоэпидемических и лечебных мероприятий с учетом результатов анализа причин возникновения и развития вспышки.

Дана характеристика эпидемиологической ситуации в странах мира по заболеваемости хантавирусными болезнями. Представлены результаты эпидемиологического анализа по заболеваемости геморрагической лихорадкой с почечным синдромом (ГЛПС) в Российской Федерации в 2023 г. в разрезе федеральных округов и подготовлен прогноз на 2024 г. В 2023 г. в Российской Федерации зарегистрировано 5093 случая заболевания ГЛПС (3,47 на 100 тыс. населения). Заболеваемость отмечена в 7 из 8 федеральных округов страны. В возрастной структуре преобладали лица 30–59 лет (65,7 %); среди детей до 17 лет отмечено 247 случаев болезни. Доля мужского населения составила 70,3 %. Среди городского населения зарегистрировано 63,2 % от общего числа заболевших. Летальность зафиксирована на уровне 0,49 % – зарегистрировано 25 летальных исходов. По результатам анализа установлено снижение заболеваемости ГЛПС в России на 27,2 % по сравнению с показателями предыдущего года, однако данные эпизоотологического мониторинга и результаты лабораторного исследования полевого материала свидетельствуют о сохраняющейся напряженной ситуации в целом по стране. В ряде регионов прогнозируется высокий риск осложнения эпидемиологической обстановки (в основном в субъектах Приволжского и Центрального федеральных округов). Умеренные риски развития локальных осложнений эпидемиологической обстановки на уровне среднемноголетней заболеваемости ожидаются в субъектах Северо-Западного, Уральского и Дальневосточного федеральных округов. Не исключены спорадические случаи заболевания на территории субъектов Южного федерального округа. Обострения ситуации по ГЛПС на территории Северо-Кавказского и Сибирского федеральных округов в 2024 г. не ожидается.

В обзоре представлены обобщенные и актуализированные данные о современном распространении клеща Hyalomma marginatum в очаге Крымской геморрагической лихорадки (КГЛ) на территории России. В основу работы положены материалы анализа многочисленных литературных источников, а также данные личных сборов авторов во время многолетних полевых исследований. Помимо этого, использована коллекция иксодовых клещей ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора и база данных сборов H. marginatum в различных регионах юга России. При оконтуривании границ ареала H. marginatum и очага КГЛ использовали также сведения из карт эпидемиологического обследования очага инфекционного заболевания, еженедельные и ежегодные итоговые донесения по заболеваемости КГЛ управлений Роспотребнадзора. H. marginatum населяет все регионы Южного и Северо-Кавказского федеральных округов, а также Крымский полуостров и юг Саратовской области. Северная граница ареала доходит до Луганской Народной Республики, Ростовской, Волгоградской и Саратовской областей. H. marginatum широко населяет территорию Калмыкии и Астраханской области. На Северном Кавказе населяет всю равнинную часть вплоть до предгорий Большого Кавказа. Широко распространен в Ставропольском крае, где заселяет всю территорию региона. В горной части Краснодарского края этот вид отсутствует, но обычен на остальной его территории. Помимо этого, обитает на черноморском побережье. В Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии, Северной Осетии и Ингушетии обитает в северных степных районах республик, кое-где проникает в предгорья. В Чечне и Дагестане вид широко населяет степи и полупустыни Терско-Кумского междуречья. Причем в Дагестане H. marginatum обитает по всей равнинной и предгорной территории республики и даже проникает в высокогорья до высоты более 2000 м над уровнем моря. Кроме того, широко населяет Крымский полуостров, как равнинную его часть, так и горную.

Цель работы – ранжирование территории Прикаспийского песчаного природного очага чумы (43) по риску возникновения эпизоотий с использованием MaxEnt-модели.

Материалы и методы. При создании модели использованы архивные данные Ставропольского противочумного института, Дагестанской, Элистинской, Астраханской противочумных станций по эпизоотическим проявлениям чумы в очаге за последние 35 лет. Преобразованы в систему координат 615 архивных точек выявления чумы (с 1980 по 2015 г.). Для построения MaxEnt-модели использованы 87 общедоступных биоклиматических переменных BioClim. Погодно-климатические факторы базы BioClim являются усредненными за многолетний период.

Результаты и обсуждение. Полученная MaxEnt-модель имеет очень высокую степень достоверности (AUC=0,975) с достаточно большой прогностической способностью (AUC=0,973). Согласно полученной модели, Прикаспийский песчаный природный очаг чумы имеет неоднородную структуру по вероятности регистрации эпизоотий и может быть разделен на пять зон. Наиболее значимыми факторами для модели являются следующие показатели: средняя температура самого влажного квартала, солнечное излучение в ноябре, средняя температура самого сухого квартала, количество осадков в самом холодном квартале, скорость ветра в мае, количество осадков самого влажного квартала и средняя температура воздуха в сентябре. Полученные данные дают возможность для целенаправленного поиска эпизоотий чумы и в дальнейшем могут быть использованы для корректировки границ изучаемого природного очага.

Цель работы – оценить современную эпидемиологическую ситуацию по иксодовому клещевому боррелиозу (ИКБ) (2017–2022 гг.) на территории Черноморского побережья Краснодарского края, изучить видовой состав боррелий.

Материалы и методы. На зараженность возбудителями ИКБ исследовали иксодовых клещей Ixodes ricinus, Haemaphysalis concinna, H. inermis, Rhipicephalus sanguineus с последующим секвенированием изолятов ДНК. Видовую идентификацию боррелий проводили на основе анализа нуклеотидной последовательности фрагмента гена 16S рРНК по алгоритму BLAST. Дополнительно для изолятов патогенных геновариантов определен OspC-генотип путем сравнения полученных последовательностей с референсными в программе MEGA 5. Данные проанализированы картографическим методом с применением программы QGIS 2.18.

Результаты и обсуждение. В период с 2017 по 2022 г. на территории Черноморского побережья Краснодарского края зарегистрирован 101 заболевший, что составило 1,6 % всех случаев ИКБ в Краснодарском крае. Количество обращений с укусами в г. Сочи составляло до 191,4 на 100 тыс. населения. В ходе исследования методом секвенирования определен преобладающий на территории Черноморского побережья Краснодарского края геновид боррелий – Borrelia lusitaniae (78,1 %). Также отмечена циркуляция геновидов B. garinii (6,8 %), B. valasiana (5,7 %), B. afzelii (3,6 %), B. miyamotoi (2,6 %), B. tanukii, B. bissettii (по 1,6 %). Для боррелий патогенных видов определена принадлежность к OspC-геногруппам: четыре изолята отнесены к инвазивным OspC-геногруппам, из них три изолята B. afzelii – к геногруппе A8, один изолят B. garinii – к G7. На анализируемой территории отмечается высокая зараженность клещей боррелиями (до 94,5 %). Боррелии патогенных видов составляют всего 10,4 % от общего числа исследованных изолятов. Преимущественно встречаются геноварианты, редко вызывающие заболевание у людей (B. lusitaniae, B. valasiana, B. bissettii), и непатогенные боррелии (B. tanukii), что свидетельствует о низком риске инфицирования возбудителями ИКБ.

Цель работы – определение цитотоксичности и влияния полициклических производных каркасного ряда на репликативные свойства вируса SARS-CoV-2 в культуре клеток Vero-E6 in vitro.

Материалы и методы. Изучено вирусингибирующее действие 50 производных адамантана и бицикло[3.3.1]нонана, имеющих карбоциклические и гетероциклические заместители. Исследования проводили на культуре клеток Vero-E6 методом оценки цитопатического действия вируса. Влияние соединений на репликативные свойства вируса SARS-CoV-2 оценивали по снижению титра вируса в присутствии соединений в сравнении с контролем. На основании значений титра вируса в присутствии ряда последовательно уменьшающихся концентраций соединения вычисляли 50 % эффективную концентрацию.

Результаты и обсуждение. При исследовании полициклических производных каркасного ряда выявлено два соединения с антивирусными свойствами в отношении вируса SARS-CoV-2. Среди производных бицикло[3.3.1]нонана, содержащих гетероциклические фрагменты, ингибирующее действие в отношении вируса SARS-CoV-2 показало соединение № 15144. Защитное действие соединения проявлялось в максимально переносимой концентрации (МПК) (70,0 мкг/мл) и в ½ МПК (35,0 мкг/мл). Обнаружено снижение титров вируса под воздействием МПК на 0,95 lg ТЦД₅₀/мл, в ½ МПК (35,0 мкг/мл) – на 0,35 lg ТЦД₅₀/мл. Значение 50 % эффективной концентрации (ЕС50) соединения № 15144 составило 64,0 мкг/мл, отношение МПК/ЕС50 – 1,09. Менее выраженной антивирусной активностью обладало соединение № 14838 (производное адамантана, содержащее карбоциклические фрагменты). В результате исследований установлено, что образец № 14838 в дозе МПК (45,0 мкг/мл) снижает инфекционный титр на 0,78 lg ТЦД₅₀/мл, в ½ МПК (22,5 мкг/мл) – на 0,15 lg ТЦД₅₀/мл по сравнению с контролем. Значение ЕС50 соединения № 14838 составило 37,0 мкг/мл, отношение МПК/ЕС50 – 1,22.

Цель работы – проведение сравнительного филогенетического анализа на основе gSNP полных геномов штаммов Brucella melitensis, циркулирующих на территории Российской Федерации.

Материалы и методы. Выполнено wgSNP-типирование 412 штаммов B. melitensis основных генетических линий бруцелл из разных регионов мира, включая 64 штамма, выделенных в регионах европейской и азиатской части Российской Федерации. Секвенирование ДНК проводили на платформе Ion GeneStudio S5 Plus (Life Technologies, США) при использовании набора для быстрой подготовки библиотек ДНК Ion Plus Fragment Library Kit (Life Technologies, США), по протоколу Ion 520™ & Ion 530™ Kit – Chef (Revision D.0).

Результаты и обсуждение. Установлено, что штаммы, циркулирующие в России, принадлежат главным образом к генотипу II, который имеет широкое географическое распространение на территории Евразии. При этом в регионах Сибири преобладает подгенотип IIh, а на европейской территории страны – IIi. Впервые определены наборы специфичных SNP, позволяющие осуществлять внутривидовую дифференциацию штаммов B. melitensis. Полученные результаты позволили определить вероятные пути проникновения возбудителя бруцеллеза на территорию Российской Федерации из Китая и стран Ближнего Востока. Показана перспектива применения оптимизированной схемы wgSNP-типирования для решения актуальных задач в области молекулярной эпидемиологии бруцеллеза, в том числе определения генотипа и подгенотипа патогена, ассоциированного с вероятным географическим регионом происхождения инфекции, выявления генетической связи между штаммами с высокой точностью.

Риккетсии, являющиеся облигатными внутриклеточными бактериальными паразитами, имеют жизненный цикл, как правило, связанный с членистоногими переносчиками и животными-хозяевами. Грызуны считаются их естественными резервуарами-хозяевами и играют определенную роль в передаче бактерий человеку через членистоногих-переносчиков. Истинные масштабы риккетсиозных инфекций во Вьетнаме остаются недооцененными из-за ограниченного понимания эпидемиологии заболевания, что приводит к значительным нагрузкам на общественное здравоохранение.

Цель исследования состояла в оценке распространенности риккетсий у диких грызунов в провинциях Дьенбьен, Шонла и Футхо Северного Вьетнама в период с 2020 по 2022 г.

Материалы и методы. Всего в 2020–2022 гг. в северных провинциях Вьетнама добыто 396 диких грызунов. Полимеразная цепная реакция в реальном времени (ПЦР) использовалась для определения доли образцов, содержащих риккетсии. В дальнейшем гены ompB и 17kDa были извлечены, амплифицированы и секвенированы.

Результаты и обсуждение. Среди 396 исследованных грызунов большинство относились к виду Rattus norvegicus (56,1 %), на втором месте вид R. tanezumi (37,4 %), затем R. nitidus (2,5 %) и R. germaini (1,8 %). Остальные грызуны относились к видам R. korodentsensis и R. argentiverter, что составляло 2,2 % от общего числа. ПЦР-анализ в реальном времени показал, что 27 образцов крови от 396 добытых грызунов дали положительный результат на риккетсии (6,81 %). Обнаружено, что R. germaini имеет самый высокий показатель положительных результатов – 1/8 (12,5 %), за ним следуют R. nitidus – 1/10 (10,0 %), R. tanezumi – 14/149 (9,5 %) и R. norvegicus – 11/222 (4,9 %). Других возбудителей, переносимых клещами, ни в одной из провинций не выявлено. Секвенирование положительных образцов по генам ompB и 17kDa выявило наиболее близкое родство с R. felis. Эти данные подчеркивают потенциально высокий риск инфицирования R. felis для людей и животных, находящихся на исследуемых территориях.

Энтомопаразитическим нематодам блох отводится определенная роль в персистенции Yersinia pestis в природных очагах, однако их естественное микробное окружение не изучено.

Цель исследования – поиск бактерий – ассоциантов нематод, паразитирующих в блохах – переносчиках чумы в Тувинском природном очаге.

Материалы и методы. Блох собирали в процессе плановых эпизоотологических обследований в мае 2017 и 2018 гг. При проведении таксономической идентификации насекомых регистрировали наличие паразитических нематод. В 2017 г. бактериологическое исследование блох, пораженных нематодами и свободных от них, проводили отдельно, без вскрытия. Учитывали присутствие и количество бактериальных колоний на агаровых пластинках. Результаты оценили общепринятыми методами с применением программы Excel. Использовали t-критерий, однофакторный дисперсионный анализ. В 2018 г. вскрыты 84 инвазированные блохи. Извлеченных нематод посеяли в бульон Хоттингера с последующим культивированием выросших бактерий на агаре Хоттингера. Систематическую принадлежность выделенных культур определили методами масс-спектрометрического анализа (MALDI-TOF) и частичного секвенирования 16S РНК.

Результаты и обсуждение. В 2017 г. бактериологически исследовано 30 проб блох с гельминтами и 276 без них, в том числе 23 пробы инвазированных и 145 неинвазированных особей основного переносчика Citellophilus tesquorum. Статистические различия в доле образцов, обсемененных неприхотливыми бактериями, и влияние количества блох в пробе на число выросших колоний не выявлены. В 2018 г. из 23 образцов энтомопаразитических нематод выделены 26 культур бактерий родов Serratia, Staphylococcus, Pseudomonas, Acinetobacter, Macrococcus, Bacillus. Обсуждаются возможные пути их проникновения в имаго блох.

Цель исследования – сборка полноразмерных нуклеотидных последовательностей хромосомы и плазмид для 13 штаммов Yersinia pestis из 11 природных очагов чумы, находящихся на территории Российской Федерации, используя данные двух технологий секвенирования.

Материалы и методы. Штаммы Y. pestis выращивали на агаре Хоттингера (рН 7,2) при 37 °С. Выделение ДНК проводили методом фенол-хлороформной экстракции. Для генетического анализатора MinIon (Oxford Nanopore) подготовку ДНК-фрагметов проводили методом лигирования по модифицированному протоколу. Для генетического анализатора Ion S5 (IonTorrent) подготовку образцов проводили по стандартному протоколу получения библиотеки с размером фрагментов ДНК 400 пар нуклеотидов (п.н.). Полученные единичные прочтения отфильтровывались по среднему качеству Q30 для IonTorrent и Q7 для Oxford Nanopore.

Результаты и обсуждение. Проведена подготовка фрагментов ДНК, содержащих 50000 и более пар нуклеотидов, для последующего секвенирования с использованием технологии секвенирования через нанопоры (Oxford Nanopore). Использован алгоритм Trycycler для гибридной сборки генома штаммов Y. pestis и коррекции возникающих при этом процессе ошибок, позволяющий собрать полноразмерные нуклеотидные последовательности хромосомы и плазмид для каждого генома штамма. В международную генетическую базу данных NCBI GenBank депонированы нуклеотидные последовательности хромосом геномов 13 штаммов Y. pestis из 11 природных очагов чумы, находящихся на территории Российской Федерации. Установлено, что для сборки полноразмерных геномов штаммов Y. pestis необходимо значительное количество прочтений размером 50000 п.н. и более, а использование алгоритма Trycycler позволяет получить более точную сборку полных геномов бактерий.

В настоящее время бактериофаги рассматриваются как альтернатива антибиотикам для профилактики и терапии инфекционных заболеваний, вызываемых бактериями, в частности холеры.

Цель работы – продемонстрировать метод получения синтетического бактериофага, специфически активного в отношении Vibrio cholerae. В качестве объекта выбран вибриофаг N4.

Материалы и методы. Последовательность генома вибриофага N4 (38,5 тыс. п.о.) взята из базы данных NCBI GenBank. Последовательность была разбита на генные блоки (1500– 2000 п.о.). Генные блоки, в свою очередь, разбиты на олигонуклеотиды. Разбиение последовательности проводилось с помощью разработанного нами программного обеспечения BAC-browser. Олигонуклеотиды были химически синтезированы. Из них собраны генные блоки. Затем из полученных генных блоков синтезирован полный геном вибриофага N4. Сборка синтетического генома проходила в два этапа. На первом этапе получены кассеты генных блоков по 5–7 штук размером от 7 до 10,5 тыс. п.о. с помощью гомологичной рекомбинации в дрожжах. Затем полученные кассеты амплифицированы и использованы для сборки in vitro с помощью 5’-3’-экзонуклеазы и термостабильной ДНК-полимеразы. Полученный препарат использовался для электропорации клеток В настоящее время бактериофаги рассматриваются как альтернатива антибиотикам для профилактики и терапии инфекционных заболеваний, вызываемых бактериями, в частности холеры. Цель работы – продемонстрировать метод получения синтетического бактериофага, специфически активного в отношении Vibrio cholerae. В качестве объекта выбран вибриофаг N4. Материалы и методы. Последовательность генома вибриофага N4 (38,5 тыс. п.о.) взята из базы данных NCBI GenBank. Последовательность была разбита на генные блоки (1500– 2000 п.о.). Генные блоки, в свою очередь, разбиты на олигонуклеотиды. Разбиение последовательности проводилось с помощью разработанного нами программного обеспечения BAC-browser. Олигонуклеотиды были химически синтезированы. Из них собраны генные блоки. Затем из полученных генных блоков синтезирован полный геном вибриофага N4. Сборка синтетического генома проходила в два этапа. На первом этапе получены кассеты генных блоков по 5–7 штук размером от 7 до 10,5 тыс. п.о. с помощью гомологичной рекомбинации в дрожжах. Затем полученные кассеты амплифицированы и использованы для сборки in vitro с помощью 5’-3’-экзонуклеазы и термостабильной ДНК-полимеразы. Полученный препарат использовался для электропорации клеток V. cholerae. Результаты и обсуждение. Синтетический геном вибриофага N4 был доставлен с помощью электропорации в штамм V. cholerae M818 O1 биовар Эль Тор. В результате наблюдалось образование литических бляшек на газоне V. cholerae. Разработанный нами спектр технологий: программное обеспечение для дизайна сборок, ферменты и буферы для синтеза генных блоков и их сшивки методом гомологичной рекомбинации in vitro, метод получения сборок крупного размера в дрожжах – можно использовать для получения искусственных бактериофагов с рациональным дизайном генома. Ключевые слова: холера, бактериофаг, синтез генома.

Результаты и обсуждение. Синтетический геном вибриофага N4 был доставлен с помощью электропорации в штамм V. cholerae M818 O1 биовар Эль Тор. В результате наблюдалось образование литических бляшек на газоне V. cholerae. Разработанный нами спектр технологий: программное обеспечение для дизайна сборок, ферменты и буферы для синтеза генных блоков и их сшивки методом гомологичной рекомбинации in vitro, метод получения сборок крупного размера в дрожжах – можно использовать для получения искусственных бактериофагов с рациональным дизайном генома.

В настоящее время в ФКУН Российский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора осуществляется выпуск диагностических иммуноглобулинов, используемых в лабораторной диагностике возбудителя чумы. Одним из важных этапов получения данной категории препаратов является процесс адсорбции и удаления перекрестнореагирующих антител для повышения специфичности препарата. С этой целью используются инактивированные клетки штаммов Yersinia pseudotuberculosis.

Цель работы – оценка возможности применения иммунохимических методов для анализа адсорбционных свойств бактериальных клеток, с последующим анализом влияния условий культивирования, способа культивирования, варианта используемого штамма на адсорбционные свойства бактериальных клеток.

Материалы и методы. Культивирование проводили на плотной и жидкой питательных средах, инактивацию клеток проводили путем температурного и химического воздействия. Оценку адсорбционной активности осуществляли методами иммуноблоттинга и ингибирующего иммуноферментного анализа. Статистическую обработку результатов проводили с применением двухфакторного дисперсионного анализа.

Результаты и обсуждение. Показана применимость методов иммуноблоттинга и ингибирующего ИФА для качественной и количественной оценки адсорбционных свойств бактериальных клеток. Установлено, что на адсорбционные свойства бактериальных клеток влияет способ инактивации и внесение субстратной подкормки, способ культивирования не оказывает воздействия на адсорбционные свойства клеток.

22 марта 2024 г. исполнилось 80 лет одному из старейших сотрудников института «Микроб» – главному научному сотруднику Владимиру Петровичу Топоркову, доктору медицинских наук, профессору, заслуженному деятелю науки Российской Федерации, известному ученому-эпидемиологу.

24 марта 2024 г. на 82-м году жизни после болезни скончался Федоров Юрий Михайлович – эпидемиолог, доктор медицинских наук, большую часть своей более чем полувековой профессиональной деятельности посвятивший системе противочумных учреждений, являющейся неотъемлемой составляющей государственной санитарно-эпидемиологической службы страны.